基于转录组序列的羊肚菌EST-SSR标记开发与遗传多样性分析

发布时间：2021-05-13 11:39

　　利用羊肚菌（Morchella spp.）转录组数据开发EST-SSR（表达序列标签-简单重复序列）标记,并对33份羊肚菌材料进行遗传多样性分析。结果表明,转录组测序共获得73 781条Unigene序列,其中25 461条Unigene序列中含有41 814个简单重复序列（Simple sequence repeats, SSR）位点,SSR位点发生频率为34.51%,平均分布距离为2.51 kb。优势重复序列类型为单核苷酸,占总SSR位点数量的51.39%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR位点数量的28.04%和13.35%。A/T、AG/TC、AGC/TCG分别是单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸的优势重复基元。以33份羊肚菌和1份酵母菌为材料,从61对SSR引物中筛选出15对多态性引物,经扩增得到130条多态性条带,多态性比例为100%。遗传多样性分析结果显示,平均每个位点的等位基因数（N_a）为4.866 7个,平均有效等位基因数（N_e）为2.124 2个,平均多样性指数（I）为0.958 3,平均观察杂合度（H_o

【文章来源】：江苏农业学报. 2020,36(05)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 试验方法
        1.2.1 转录组测序
        1.2.2 基因组DNA的提取
        1.2.3 引物设计与合成
        1.2.4 PCR扩增及检测
        1.2.5 数据统计
2 结果与分析
    2.1 羊肚菌转录组中SSR位点的分布及特点
    2.2 羊肚菌转录组SSR基序重复类型和频率特征
    2.3 核心引物的筛选及通用性检测
    2.4 遗传多样性分析
    2.5 聚类分析
3 讨 论
4 结 论


【参考文献】：
期刊论文
[1]牡丹转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 贺丹,吴芳芳,张佼蕊,谢栋博,李小康,刘艺平,栗燕,何松林.  江苏农业学报. 2019(06)
[2]青海小海绵羊肚菌M12-10转录组SSR信息分析及其分子标记开发[J]. 孟清,谢占玲,戴大日,王晓芳,陈薇,薛治峰,唐佳斌.  青海大学学报. 2019(06)
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[4]北方地区黑木耳部分主栽品种与野生菌株遗传多样性SSR分析[J]. 张跃新,胡伟,郝艺铭,闫宝松,马凤,么宏伟.  中国食用菌. 2019(05)
[5]我国羊肚菌的产业发展[J]. 倪淑君,张海峰.  北方园艺. 2019(02)
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[7]甘薯引进种SSR遗传多样性分析[J]. 苏一钧,王娇,霍恺森,赵路宽,赵冬兰,唐君,陈艳丽,曹清河.  江苏农业学报. 2018(05)
[8]SSR分子标记技术在植物研究中的应用[J]. 王玲玲,陈东亮,黄丛林,邢震.  安徽农业科学. 2017(36)
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[10]粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析[J]. 刘伟,蔡英丽,何培新.  轻工学报. 2017(02)

博士论文
[1]蒙古白丽蘑的遗传多样性及其保育学研究[D]. 鲁铁.吉林农业大学 2018

硕士论文
[1]灰树花EST-SSR引物开发及遗传多样性研究[D]. 杨杨.吉林农业大学 2016
[2]野生香菇数量性状与SSR分子标记的关联分析[D]. 徐锐.华中农业大学 2013
[3]大型真菌黑松露EST-SSR信息分析[D]. 李明卫.浙江农林大学 2012



本文编号：3183949