基于SCoT、IRAP和SSR分子标记的柿属植物亲缘关系分析
发布时间：2021-08-29 23:36
柿（Diospyros kaki Thunb.）属于柿科（Ebenaceae L.）柿属（Diospyros L.）,柿属植物在我国栽培历史悠久,有着较为丰富的柿属种质资源,在我国现已经有一千多份柿属植物品种资源（杨勇等2005）。基于如此丰富的种质资源,前人对柿属植物种质资源亲缘关系进行了部分研究,但是所进行的研究所采用的材料大多有限,仅仅是对部分或者一类柿属种质资源进行了研究与分析。本实验在国家柿种质资源圃丰富的品种资源的背景下,在前人研究基础上,选取了柿种质资源圃268份柿属植物材料,利用三种分子标记,分别是SCoT、IRAP以及SSR对它们进行遗传多样性分析以及群体结构分析,并比较三者之间的差异,以期对柿属资源进行全面且系统的研究,为今后柿属植物遗传育种工作,优质资源推广提供实验与理论依据。通过本次试验,主要获得以下结果:1.通过计算SCoT、IRAP和SSR三种分子标记多态性条带比率发现三种分子标记方法多态性水平都比较高,利用NTsys-pc 2.01软件对三种分子标记数据进行分析分别得到268份柿属材料的遗传矩阵以及它们的遗传系数,并利用UPGMA方法对其进行聚类分析,聚类...
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
按世界区域划分的2006年至2016年的柿累计产量份额Fig.1-1Productionshareofpersimmonsbyregionfrom2006to2016
图 2-1 样品“襄汾七月红”在 DKES11 处扩增产物的毛细管电泳图谱Fig.2-1 Capillary electropherogram of obtained in locus DKES11 of “xiangfenqiyuehong”.3.4 柿属植物种间比较转录组分析基于单拷贝同源基因对 9 种柿属植物的进化树构建。首先对上述 9 份材料分别
图 3-4 a.SCoT 主坐标分析 b. IRAP 主坐标分析 c.SSR 主坐标分析Fig. 3-4 a.SCoT Principal Component Analysis b. IRAP Principal Component Analysis c.SSR PrincComponent Analysis3.5 群体结构（Structure）分析从聚类图和 PCoA 散点图可以直观的看出不同材料间的分类关系，但是柿属植是否存在基因交流，是否有杂交现象并无法得知，所以为了明确这 268 份材料的成，判断它们之间是否存在基因交流，使用 Structure2.3.4 软件对其 0-1 数值矩阵体结构分析，判断个体间的 “混血程度”，该方法需要先假设群体由若干亚群（K成，再通过模拟算法找出在 K=X 的情况下，最为合理的样本分类方法。最后再次模拟的最大似然值，找出最佳 K 值（Falush, et al. 2003）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]柿野生雄性资源调查及其遗传多样性研究[J]. 王丽媛,孙鹏,张嘉嘉,傅建敏,刁松锋,韩卫娟,索玉静,张悦. 园艺学报. 2018(02)
[2]蓝莓种质资源遗传多样性的EST-SSR分析[J]. 孙英新,白孝明,王丹丹. 辽东学院学报(自然科学版). 2018(01)
[3]167份西瓜种质材料的遗传多样性分析[J]. 郭禄芹,赵世豪,朱华玉,胡建斌,孙守如,马长生,杨路明. 中国瓜菜. 2018(01)
[4]基于SCoT与IRAP标记的金枣柿实生后代遗传变异分析及其生殖特性[J]. 唐冬兰,胡燕,龚榜初,张青林,罗正荣. 果树学报. 2016(08)
[5]罗田甜柿种质资源ISSR分子标记初步鉴定[J]. 程华,陈小玲,李琳玲,程军勇,邓先珍,张雪花,黄兵杰,程水源. 湖北农业科学. 2015(02)
[6]柿SCoT-PCR体系优化及品种遗传多样性分析[J]. 夏乐晗,杨婷婷,杨勇,夏宏义,张永芳,王仁梓. 西北植物学报. 2014(03)
[7]利用IRAP技术揭示部分柿属种间遗传关系[J]. 杜晓云,宿福园,张青林,王彦波,曾明,罗正荣. 果树学报. 2012(06)
[8]葡萄核心种质的构建[J]. 郭大龙,刘崇怀,张君玉,张国海. 中国农业科学. 2012(06)
[9]3种分子标记方法在红松家系图谱构建中的应用[J]. 陈敏敏,冯富娟,隋心,韩士杰. 经济林研究. 2011(04)
[10]32个柿主栽品种SSR图谱构建及遗传变异分析[J]. 艾呈祥,秦志华,陶吉寒,王长君. 西北植物学报. 2011(11)
博士论文
[1]柑橘亚科植物系统发育基因组学及野生枸橼、宜昌橙谱系地理学研究[D]. 杨晓明.华中农业大学 2017
[2]系列逆转座子分子标记的建立及其在柿属植物中的应用研究[D]. 杜晓云.华中农业大学 2008
[3]柿（Diospyros kaki Thunb.）优良品种AFLP指纹图谱构建及遗传多样性研究[D]. 王文江.河北农业大学 2004
硕士论文
[1]四川特异性资源德阳柿的观测与鉴定[D]. 张永芳.西北农林科技大学 2016
[2]柿及其近缘种亲缘关系及柿品种遗传多样性的研究[D]. 梁晋军.中国林业科学研究院 2015
[3]甜瓜种质遗传多样性分析及核心种质构建[D]. 苏艳.河南农业大学 2015
[4]枇杷属植物的遗传多样性分析和指纹图谱初步构建[D]. 龙治坚.西南大学 2013
[5]浙江省柿农家品种SSR亲缘关系分析与鉴别[D]. 熊春艳.中国林业科学研究院 2013
[6]78份杧果种质指纹图谱构建[D]. 应东山.海南大学 2012
本文编号：3371599
【文章来源】：西北农林科技大学陕西省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：65 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
按世界区域划分的2006年至2016年的柿累计产量份额Fig.1-1Productionshareofpersimmonsbyregionfrom2006to2016
图 2-1 样品“襄汾七月红”在 DKES11 处扩增产物的毛细管电泳图谱Fig.2-1 Capillary electropherogram of obtained in locus DKES11 of “xiangfenqiyuehong”.3.4 柿属植物种间比较转录组分析基于单拷贝同源基因对 9 种柿属植物的进化树构建。首先对上述 9 份材料分别
图 3-4 a.SCoT 主坐标分析 b. IRAP 主坐标分析 c.SSR 主坐标分析Fig. 3-4 a.SCoT Principal Component Analysis b. IRAP Principal Component Analysis c.SSR PrincComponent Analysis3.5 群体结构（Structure）分析从聚类图和 PCoA 散点图可以直观的看出不同材料间的分类关系，但是柿属植是否存在基因交流，是否有杂交现象并无法得知，所以为了明确这 268 份材料的成，判断它们之间是否存在基因交流，使用 Structure2.3.4 软件对其 0-1 数值矩阵体结构分析，判断个体间的 “混血程度”，该方法需要先假设群体由若干亚群（K成，再通过模拟算法找出在 K=X 的情况下，最为合理的样本分类方法。最后再次模拟的最大似然值，找出最佳 K 值（Falush, et al. 2003）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]柿野生雄性资源调查及其遗传多样性研究[J]. 王丽媛,孙鹏,张嘉嘉,傅建敏,刁松锋,韩卫娟,索玉静,张悦. 园艺学报. 2018(02)
[2]蓝莓种质资源遗传多样性的EST-SSR分析[J]. 孙英新,白孝明,王丹丹. 辽东学院学报(自然科学版). 2018(01)
[3]167份西瓜种质材料的遗传多样性分析[J]. 郭禄芹,赵世豪,朱华玉,胡建斌,孙守如,马长生,杨路明. 中国瓜菜. 2018(01)
[4]基于SCoT与IRAP标记的金枣柿实生后代遗传变异分析及其生殖特性[J]. 唐冬兰,胡燕,龚榜初,张青林,罗正荣. 果树学报. 2016(08)
[5]罗田甜柿种质资源ISSR分子标记初步鉴定[J]. 程华,陈小玲,李琳玲,程军勇,邓先珍,张雪花,黄兵杰,程水源. 湖北农业科学. 2015(02)
[6]柿SCoT-PCR体系优化及品种遗传多样性分析[J]. 夏乐晗,杨婷婷,杨勇,夏宏义,张永芳,王仁梓. 西北植物学报. 2014(03)
[7]利用IRAP技术揭示部分柿属种间遗传关系[J]. 杜晓云,宿福园,张青林,王彦波,曾明,罗正荣. 果树学报. 2012(06)
[8]葡萄核心种质的构建[J]. 郭大龙,刘崇怀,张君玉,张国海. 中国农业科学. 2012(06)
[9]3种分子标记方法在红松家系图谱构建中的应用[J]. 陈敏敏,冯富娟,隋心,韩士杰. 经济林研究. 2011(04)
[10]32个柿主栽品种SSR图谱构建及遗传变异分析[J]. 艾呈祥,秦志华,陶吉寒,王长君. 西北植物学报. 2011(11)
博士论文
[1]柑橘亚科植物系统发育基因组学及野生枸橼、宜昌橙谱系地理学研究[D]. 杨晓明.华中农业大学 2017
[2]系列逆转座子分子标记的建立及其在柿属植物中的应用研究[D]. 杜晓云.华中农业大学 2008
[3]柿（Diospyros kaki Thunb.）优良品种AFLP指纹图谱构建及遗传多样性研究[D]. 王文江.河北农业大学 2004
硕士论文
[1]四川特异性资源德阳柿的观测与鉴定[D]. 张永芳.西北农林科技大学 2016
[2]柿及其近缘种亲缘关系及柿品种遗传多样性的研究[D]. 梁晋军.中国林业科学研究院 2015
[3]甜瓜种质遗传多样性分析及核心种质构建[D]. 苏艳.河南农业大学 2015
[4]枇杷属植物的遗传多样性分析和指纹图谱初步构建[D]. 龙治坚.西南大学 2013
[5]浙江省柿农家品种SSR亲缘关系分析与鉴别[D]. 熊春艳.中国林业科学研究院 2013
[6]78份杧果种质指纹图谱构建[D]. 应东山.海南大学 2012
本文编号：3371599
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