基于基因组测序信息的西瓜种脐斑性状的精细定位
发布时间：2021-10-15 23:42
西瓜为葫芦科一年生蔓生藤本植物。水分充足、营养价值高,是世界上夏季经常食用的水果之一。西瓜种脐斑是指种脐部位有无和种子表面不一致的颜色,该性状可稳定遗传。一方面,该性状在西瓜资源、品种鉴定和遗传分类方面有一定的指导意义;另一方面,利用分子标记确定与种脐斑紧密连锁的标记,可为今后西瓜分子标记辅助育种提供思路与技术支撑。但就目前国内外研究现状,尚未有关于种脐斑性状基因精细定位的文献报道。本研究中,利用栽培西瓜品系B135（有种脐斑）作为父本与栽培西瓜品系B132（无种脐斑）作为母本杂交获得F1代B139,B139与B132回交获得BC1群体,通过BC1群体98个单株的性状形态学观察,分析其遗传规律。基于RAD-seq技术和QTL-seq技术,完成对种脐斑性状的初步区间定位。随后通过分子标记,在BC1群体94个单株（去除4个无法鉴定的单株）与B5-8、18CB83共96个单株的构图群体内筛选验证,逐步缩小QTL初定位的物理区域,在最终确定的区域内结合生物信息学分析,确定候选基因。在候选基因上设计开发分子标...
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RAD-seq实验流程
RAD-seq 可分为单酶切 RAD 测序和双酶切 RAD 测序，二者测序片段有所差异，单酶切 RAD 测序获得的片段无方向性，仅带酶切位点一侧的 Read 是对齐的，双酶切RAD获得的片段有方向性，两端Read都是对齐的（图1.2）。RAD-seq技术的适用性很强，其优点明显、突出，主要有以下几点：（1）性价比很高，所需测序量较低；（2）准确度高，拥有数字化信号，覆盖率较高；（3）高通量，可有效缩短实验开发周期；（4）可不依赖参考基因组，对没有参考基因组的物种也可进行测序筛选。RAD 测序已大规模应用于构建高密度遗传连锁图谱、生物性状 QTL 定位分析、群体遗传分析与分子标记的开发等方面[56-59]，图 1.2 单/双酶切 RAD 测序片段比较[60]Fig.1.2 Comparison of single/double digest RAD sequencing fragmentsRAD-seq 以更为低廉的价格，快捷且深入地分析基因组、转录组等领域的各类数据
根据不同的群体和标记数量，需要选择不同的 QTL 定位软件进行 QTL 定位，图1.3 为不同软件适用的群体类型。图 1.3 不同 QTL 作图软件的比较Fig.1.3 Comparison of different QTL mapping software1.4.2 QTL 定位的应用随着各生物遗传连锁图谱的构建与完善，关于动植物性状 QTL 的研究越来越多，发展也越来越快。进行 QTL 定位较早的作物当属番茄。1995 年 Eshed 等人定位出 18 个与番茄果重相关的 QTLs[68]；彭艳等人利用早熟番茄和晚熟番茄为亲本材料，杂交得到 F2群体，进行 QTL 定位分析，共检测出 21 个 QTLs 与番茄成熟期有关，可有效应用于育种实践中[69]。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于重测序的陆地棉InDel标记开发与评价[J]. 吴迷,汪念,沈超,黄聪,温天旺,林忠旭. 作物学报. 2019(02)
[2]黄瓜嫩果白色皮色性状的QTL初步定位[J]. 张婷婷,陈海旭,申晓青,陈书霞. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2018(12)
[3]我国西瓜甜瓜种质资源收集、保存与利用研究进展[J]. 王吉明,尚建立,李娜,周丹,马双武. 中国瓜菜. 2018(02)
[4]167份西瓜种质材料的遗传多样性分析[J]. 郭禄芹,赵世豪,朱华玉,胡建斌,孙守如,马长生,杨路明. 中国瓜菜. 2018(01)
[5]西瓜茎叶表型性状的多样性分析[J]. 李钰婷,安美忱,张兴雷,付丹阳,林凡,张慕月,王学征. 山西农业科学. 2017(07)
[6]西瓜常见病虫害及无公害防治技术[J]. 赵庆久,赵先国,明广增. 植物医生. 2017(05)
[7]西瓜种子大小相关性状分子标记与验证[J]. 陈欣,孙宇蛟,刘明坤,刘识,王学征,栾非时. 分子植物育种. 2018(01)
[8]基于CAPS标记的西瓜果实与种子相关性状QTL分析[J]. 迟莹莹,高鹏,朱子成,栾非时,李桂英,于鹏. 中国农业科学. 2017(07)
[9]苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选[J]. 刘源霞,兰进好,柏素花,孙晓红,刘春晓,张玉刚,戴洪义. 园艺学报. 2017(02)
[10]西瓜枯萎病生理小种1抗性QTL精细定位与InDel标记开发[J]. 李娜,王吉明,尚建立,李楠楠,徐永阳,马双武. 中国农业科学. 2017(01)
硕士论文
[1]西瓜种质资源表型多样性研究[D]. 纪海波.甘肃农业大学 2013
[2]西瓜苗期炭疽病抗性鉴定方法及其抗病机理研究[D]. 罗婷.西北农林科技大学 2008
本文编号：3438819
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：77 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
RAD-seq实验流程
RAD-seq 可分为单酶切 RAD 测序和双酶切 RAD 测序，二者测序片段有所差异，单酶切 RAD 测序获得的片段无方向性，仅带酶切位点一侧的 Read 是对齐的，双酶切RAD获得的片段有方向性，两端Read都是对齐的（图1.2）。RAD-seq技术的适用性很强，其优点明显、突出，主要有以下几点：（1）性价比很高，所需测序量较低；（2）准确度高，拥有数字化信号，覆盖率较高；（3）高通量，可有效缩短实验开发周期；（4）可不依赖参考基因组，对没有参考基因组的物种也可进行测序筛选。RAD 测序已大规模应用于构建高密度遗传连锁图谱、生物性状 QTL 定位分析、群体遗传分析与分子标记的开发等方面[56-59]，图 1.2 单/双酶切 RAD 测序片段比较[60]Fig.1.2 Comparison of single/double digest RAD sequencing fragmentsRAD-seq 以更为低廉的价格，快捷且深入地分析基因组、转录组等领域的各类数据
根据不同的群体和标记数量，需要选择不同的 QTL 定位软件进行 QTL 定位，图1.3 为不同软件适用的群体类型。图 1.3 不同 QTL 作图软件的比较Fig.1.3 Comparison of different QTL mapping software1.4.2 QTL 定位的应用随着各生物遗传连锁图谱的构建与完善，关于动植物性状 QTL 的研究越来越多，发展也越来越快。进行 QTL 定位较早的作物当属番茄。1995 年 Eshed 等人定位出 18 个与番茄果重相关的 QTLs[68]；彭艳等人利用早熟番茄和晚熟番茄为亲本材料，杂交得到 F2群体，进行 QTL 定位分析，共检测出 21 个 QTLs 与番茄成熟期有关，可有效应用于育种实践中[69]。
【参考文献】：
期刊论文
[1]基于重测序的陆地棉InDel标记开发与评价[J]. 吴迷,汪念,沈超,黄聪,温天旺,林忠旭. 作物学报. 2019(02)
[2]黄瓜嫩果白色皮色性状的QTL初步定位[J]. 张婷婷,陈海旭,申晓青,陈书霞. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2018(12)
[3]我国西瓜甜瓜种质资源收集、保存与利用研究进展[J]. 王吉明,尚建立,李娜,周丹,马双武. 中国瓜菜. 2018(02)
[4]167份西瓜种质材料的遗传多样性分析[J]. 郭禄芹,赵世豪,朱华玉,胡建斌,孙守如,马长生,杨路明. 中国瓜菜. 2018(01)
[5]西瓜茎叶表型性状的多样性分析[J]. 李钰婷,安美忱,张兴雷,付丹阳,林凡,张慕月,王学征. 山西农业科学. 2017(07)
[6]西瓜常见病虫害及无公害防治技术[J]. 赵庆久,赵先国,明广增. 植物医生. 2017(05)
[7]西瓜种子大小相关性状分子标记与验证[J]. 陈欣,孙宇蛟,刘明坤,刘识,王学征,栾非时. 分子植物育种. 2018(01)
[8]基于CAPS标记的西瓜果实与种子相关性状QTL分析[J]. 迟莹莹,高鹏,朱子成,栾非时,李桂英,于鹏. 中国农业科学. 2017(07)
[9]苹果抗炭疽菌叶枯病基因SNP和InDel标记的HRM筛选[J]. 刘源霞,兰进好,柏素花,孙晓红,刘春晓,张玉刚,戴洪义. 园艺学报. 2017(02)
[10]西瓜枯萎病生理小种1抗性QTL精细定位与InDel标记开发[J]. 李娜,王吉明,尚建立,李楠楠,徐永阳,马双武. 中国农业科学. 2017(01)
硕士论文
[1]西瓜种质资源表型多样性研究[D]. 纪海波.甘肃农业大学 2013
[2]西瓜苗期炭疽病抗性鉴定方法及其抗病机理研究[D]. 罗婷.西北农林科技大学 2008
本文编号：3438819
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