苹果砧木不定根发生相关非编码RNA鉴定与作用机制研究

发布时间：2023-04-01 09:59

　　不定根发生是苹果矮化砧木无性繁育的关键环节之一,非编码RNA在不定根发生调控中扮演着重要角色,苹果中相关研究较为薄弱。本研究以我国主栽苹果砧木‘M26’为主要试材,在不定根诱导期取样建库,进行全转录组测序,全面鉴定参与不定根发生调控的非编码RNA,并对miRNA160参与不定根发生的功能进行了初步分析,主要结果如下:1确定了苹果砧木‘M26’组培苗不定根发育过程的3个时期:不定根原基诱导期(0-3 d);不定根原基形成期(3-7 d);不定根原基伸长期(7-16 d)。组培苗茎基部内源激素测定结果表明,IBA处理后生长素(IAA),玉米素(ZR)和茉莉酸甲酯(JA-me)在处理第3 d显著增加随后降低,赤霉素(GA3)在诱导期(3 d)显著降低。对苹果砧木‘M26’组培苗茎基部诱导期进行全转录组测序,共发现855个长链非编码RNA(lncRNA),其中有63个被鉴定为响应IBA的lncRNA。15个响应IBA的lncRNAs被预测与94个miRNA存在靶向关系。通过软件匹配,共发现2014个lncRNA差异表达靶基因(DEGs),这些DEGs的注释功能主要与植物激素和蔗糖信号传导等生物...

【文章页数】：157 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 不定根发育相关研究进展
    1.2 生长素调控不定根形成的研究
    1.3 非编码RNA调控不定根发生的研究进展
    1.4 研究的目的及意义
第二章 苹果砧木不定根发生相关lncRNA全基因组鉴定筛选
    2.1 材料与方法
        2.1.1 试验材料处理
        2.1.2 显微观察
        2.1.3 内源激素测定
        2.1.4 全转录组测序与lncRNA鉴定
        2.1.5 lncRNA特征分析、靶基因预测和通路分析
        2.1.6 相对表达量验证与统计分析
    2.2 结果与分析
        2.2.1 苹果砧木不定根发生过程形态学观察
        2.2.2 苹果砧木不定根发生过程内源激素含量分析
        2.2.3 全转录组鉴定lncRNA及其表达模式分析
        2.2.4 lncRNA通过与miRNA互作来发挥作用
        2.2.5 lncRNA靶基因注释
        2.2.6 响应IBA的lncRNAs及其靶基因的表达模式
        2.2.7 苹果砧木'M26'中竞争性内源RNA(ceRNA)筛选
        2.2.8 参与苹果砧木不定根发生调控的ceRNA筛选
    2.3 讨论
        2.3.1 苹果砧木不定根发生过程观察
        2.3.2 内源激素水平变化影响不定根发生
        2.3.3 lncRNA和miRNA的互作调控不定根发生
第三章 苹果miRNA160家族鉴定及参与不定根发生调控的研究
    3.1 材料和方法
        3.1.1 试验材料和处理
        3.1.2 试验方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 mdm-miR160家族鉴定与进化模式分析
        3.2.2 外源IBA处理对不同生根能力苹果砧木组培苗不定根发生的影响
        3.2.3 mdm-miR160在不同苹果砧木品种中的克隆及表达模式分析
        3.2.4 mdm-miR160调控不定根发生功能验证
    3.3 讨论
        3.3.1 miR160家族在植物中广泛存在和高度保守
        3.3.2 mdm-miR160及其靶基因的表达模式
        3.3.3 mdm-miR160对不定根发生的抑制作用
第四章 结论
参考文献
附录
致谢
个人简介



本文编号：3776933