葡萄扇叶病毒基因变异分析及分子检测技术研究
发布时间：2023-04-05 19:46
葡萄扇叶病毒(Grapevine fanleaf virus,GFLV)引起的葡萄扇叶病是全世界范围内最严重的葡萄病毒病害之一。GFLV可导致葡萄产量降低、品质下降,并且缩短葡萄园的使用寿命。我国对葡萄扇叶病的研究较晚,1980年首次在新疆发现,至今未获得中国GFLV分离物的全基因组序列。为了建立稳定、可靠、快速、灵敏的GFLV分子生物学检测方法,并调查GFLV在我国的发生分布情况以及分子变异特点,本研究针对GFLV开展了巢式RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR分子检测技术研究,对来自全国19个省、市、自治区的376株葡萄样品进行GFLV检测,以克隆测序得到的部分移动蛋白(movement protein,MP)和外壳蛋白(coat protein,CP)基因序列进行变异分析,并展开GFLV全基因组序列扩增,主要取得了以下研究结果:根据GFLV的MP和CP基因分别设计引物,研究建立了GFLV的巣式RT-PCR,该方法检测结果准确可靠,与常规RT-PCR相比,具有较高的灵敏度,其中巣式引物FL-MPn1检测效果较好。另外,通过引物选择、条件优化和扩增效率比较,建立了以FL-HP1为引物...
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 葡萄病毒种类
1.2 葡萄扇叶病简介
1.2.1 葡萄扇叶病
1.2.2 葡萄扇叶病症状及危害
1.2.3 葡萄扇叶病在我国的发生情况
1.2.4 扇叶病毒的传播途径
1.2.5 葡萄扇叶病病原
1.3 葡萄扇叶病毒检测方法
1.3.1 田间症状观察
1.3.2 电镜观察
1.3.3 生物学检测
1.3.4 血清学检测
1.3.5 分子生物学检测
1.4 葡萄扇叶病防治
1.5 研究展望
1.6 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 植物材料与试剂
2.1.1 植物材料
2.1.2 试剂
2.1.3 引物
2.1.4 实验所用仪器
2.2 研究方法
2.2.1 植物材料的采集
2.2.2 总RNA提取和c DNA合成
2.2.3 GFLV检测体系
2.2.4 GFLV全基因组扩增
2.2.5 PCR产物的克隆与测序
2.2.6 序列分析
2.2.7 草本指示植物摩擦接种
第三章 结果与分析
3.1 GFLV巢式PCR检测
3.1.1 总RNA提取
3.1.2 两套巢式PCR引物检测效果比较
3.1.3 葡萄不同部位巢式PCR检测结果
3.1.4 GFLV巢式PCR检测结果
3.2 GFLV荧光定量PCR的检测
3.2.1 引物的特异性
3.2.2 实时荧光定量RT-PCR反应条件优化
3.2.3 扩增效率的比较
3.2.4 灵敏度比较
3.2.5 重复性检测结果
3.2.6 内参基因的稳定性
3.2.7 不同样品间GFLV相对含量的比较
3.2.8 同一葡萄样品不同部位相对含量比较
3.2.9 田间葡萄样品实时荧光定量检测
3.3 GFLV MP、CP序列分析
3.3.1 样品选择
3.3.2 GFLV分离物多样性分析
3.3.3 GFLV分离物重组和进化树分析
3.3.4 GFLV分离物的遗传分化和基因漂移分析
3.4 GFLV全基因组序列扩增与分析
3.4.1 GFLV全基因组序列扩增
3.4.2 GFLV-SDHN分离物多样性分析
3.4.3 GFLV-SDHN分离物进化树分析
3.4.4 GFLV-SDHN分离物重组分析
3.4.5 GFLV-SDHN摩擦接种草本指示植物
第四章 讨论
4.1 GFLV巢式RT-PCR检测效果
4.2 GFLV实时荧光定量RT-PCR检测效果
4.3 我国GFLV MP、CP序列多样性
4.4 GFLV-SDHN的起源与进化
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
本文编号：3784016
【文章页数】：82 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
1.1 葡萄病毒种类
1.2 葡萄扇叶病简介
1.2.1 葡萄扇叶病
1.2.2 葡萄扇叶病症状及危害
1.2.3 葡萄扇叶病在我国的发生情况
1.2.4 扇叶病毒的传播途径
1.2.5 葡萄扇叶病病原
1.3 葡萄扇叶病毒检测方法
1.3.1 田间症状观察
1.3.2 电镜观察
1.3.3 生物学检测
1.3.4 血清学检测
1.3.5 分子生物学检测
1.4 葡萄扇叶病防治
1.5 研究展望
1.6 研究目的与意义
第二章 材料与方法
2.1 植物材料与试剂
2.1.1 植物材料
2.1.2 试剂
2.1.3 引物
2.1.4 实验所用仪器
2.2 研究方法
2.2.1 植物材料的采集
2.2.2 总RNA提取和c DNA合成
2.2.3 GFLV检测体系
2.2.4 GFLV全基因组扩增
2.2.5 PCR产物的克隆与测序
2.2.6 序列分析
2.2.7 草本指示植物摩擦接种
第三章 结果与分析
3.1 GFLV巢式PCR检测
3.1.1 总RNA提取
3.1.2 两套巢式PCR引物检测效果比较
3.1.3 葡萄不同部位巢式PCR检测结果
3.1.4 GFLV巢式PCR检测结果
3.2 GFLV荧光定量PCR的检测
3.2.1 引物的特异性
3.2.2 实时荧光定量RT-PCR反应条件优化
3.2.3 扩增效率的比较
3.2.4 灵敏度比较
3.2.5 重复性检测结果
3.2.6 内参基因的稳定性
3.2.7 不同样品间GFLV相对含量的比较
3.2.8 同一葡萄样品不同部位相对含量比较
3.2.9 田间葡萄样品实时荧光定量检测
3.3 GFLV MP、CP序列分析
3.3.1 样品选择
3.3.2 GFLV分离物多样性分析
3.3.3 GFLV分离物重组和进化树分析
3.3.4 GFLV分离物的遗传分化和基因漂移分析
3.4 GFLV全基因组序列扩增与分析
3.4.1 GFLV全基因组序列扩增
3.4.2 GFLV-SDHN分离物多样性分析
3.4.3 GFLV-SDHN分离物进化树分析
3.4.4 GFLV-SDHN分离物重组分析
3.4.5 GFLV-SDHN摩擦接种草本指示植物
第四章 讨论
4.1 GFLV巢式RT-PCR检测效果
4.2 GFLV实时荧光定量RT-PCR检测效果
4.3 我国GFLV MP、CP序列多样性
4.4 GFLV-SDHN的起源与进化
第五章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历
本文编号：3784016
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