芜菁微型反向重复转座子DTM-Brr4的鉴定及特性分析

发布时间：2023-11-07 20:03

　　转座子是基因组中可移动的序列,由于转座子的存在,真核生物拥有动态基因组。基于其编码转座酶的能力,转座子可分为自主性转座子和非自主性转座子,非自主转座子失去独立转座能力,但仍可被自主转座元件产生的转座酶识别而被作为转座底物。尽管很多自主性转座子在进化过程中对基因组结构的塑造有重要影响,但是大部分基因组包含更多易“增殖”的微型非自主性转座子。微型反向重复转座元件(Miniature inverted-repeat transposable elements)简称MITE就是这样一类转座子,它广泛存在于真核基因组中,拥有较高的拷贝数,对宿主的基因表达的调控及基因组进化可能有重要作用,然而对其相关的分子调控机制研究较少。本研究以光诱导花青素合成野生型和缺陷型津田芜菁(Brasics rapa subsp.rapa’Tsuda’)为试材,在花青素合成基因启动子区的多态性位点处克隆到一个芜菁转座子DTM-Brr4,该转座子早前已由软件预测出,但其对芜菁特异性状的影响,其来源及进化,在基因组上的分布及转座特性与功能尚未得到系统研究。本论文首先进行回交群体转座子侧翼PCR验证及下游基因表达模式分析;利...

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
1 绪论
    1.1 转座子简介
        1.1.1 转座子分类及其转座特点
        1.1.2 转座子对宿主基因组的影响
        1.1.3 转座子的沉默和激活
    1.2 Brassica中转座子的研究进展
    1.3 MITE转座子的研究进展
        1.3.1 MITE的发现
        1.3.2 MITE的分布
        1.3.3 MITE的活动和增殖
    1.4 本研究的目的及意义
2 芜菁特异性转座子DTM-Brr4的发现
    2.1 引言
    2.2 材料与试剂
        2.2.1 试验材料
        2.2.2 试验试剂
    2.3 试验方法
        2.3.1 DNA甲基化的检测
        2.3.2 目的片段克隆测序
        2.3.3 g75突变体群体插入片段基因型检测
        2.3.4 花青素合成基因表达分析
        2.3.5 插入序列的初步比对分析
    2.4 结果与分析
        2.4.1 芜菁花青素积累相关多态性位点的发现
        2.4.2 多态性位点与芜菁花青素积累表型的连锁分析
        2.4.3 多态性位点与花青素积累关键基因的表达
        2.4.4 多态性位点处插入序列的初步比对分析
    2.5 讨论
    2.6 本章小结
3 芜菁DTM-Brr4生物信息学分析
    3.1 引言
    3.2 试验方法
    3.3 结果与分析
        3.3.1 DTM-Brr4的序列特点
        3.3.2 DTM-Brr4在十字花科植物中的进化分析
        3.3.3 DTM-Brr4芜菁基因组中的分布
    3.4 讨论
    3.5 本章小结
4 DTM-Brr4的转座活性及功能分析
    4.1 引言
    4.2 材料与试剂
        4.2.1 试验材料
        4.2.2 试验试剂
    4.3 试验方法
        4.3.1 DTM-Brr4在多个芜菁重测序样本中的拷贝数差异分析
        4.3.2 DTM-Brr4在芜菁重测序样本中的共有(或稳定)位点及侧翼序列分析
        4.3.3 McrBC-PCR法检测DTM-Brr4稳定位点侧翼序列的甲基化情况
        4.3.4 重亚硫酸盐克隆测序法(BS)检测基因附近多态性位点的DTM-Brr4及侧翼序列的甲基化情况
        4.3.5 芜菁特异小RNA与DTM-Brr4的比对
    4.4 结果与分析
        4.4.1 DTM-Brr4在芜菁中的转座活性分析
        4.4.2 DTM-Brr4在芜菁中靶向插入保守基序的探索
        4.4.3 DTM-Brr4插入相对稳定位点和非稳定位点的的甲基化差异分析
        4.4.4 基因附近DTM-Brr4的内部及外侧甲基化情况检测
        4.4.5 DTM-Brr4与芜菁特异小RNA的关系
    4.5 讨论
    4.6 本章小结
结论
参考文献
攻读学位期间发表的学术论文
致谢



本文编号：3861366