瓠瓜幼叶转录组功能基因测序及分析

发布时间：2024-10-04 22:34

　　 为探讨瓠瓜转录组功能基因信息,对福州芋瓠瓠瓜叶片进行了Illumina Hiseqxten高通量无参转录组测序分析,共获得664 252 268个reads片段,经序列组装共计获得87 518个Unigene,总长度高达91 405 320 bp,76.03%的Unigene长度主要集中在1～1 000 bp。功能注释结果显示,有55 725个Unigene在Nr数据库获得注释,注释到葫芦科的Unigene数量最多,有26 354个,占总Unigene的47.29%。GO数据库注释到18 278个Unigene,可以分为分子功能、细胞组分和生物学过程共三大类的55个亚类。COG数据库中有41 635个Unigene获得注释,分布在信息存储与处理、细胞过程和信号传递、新陈代谢、无特征基因四大类的25个功能区域,其中参与氨基酸运输和代谢的Unigene数量最多。KEGG数据库中有24 770个Unigene获得注释,涉及到220个KEGG代谢途径。SSR位点检索结果显示,包含SSR序列的8 617条Unigene中存在11 029个SSR位点,发生频率为9.846%。本研究结果为进一步深入...

【文章页数】：15 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 试验材料
    1.2 RNA的提取纯化
    1.3 转录组测序及组装
    1.4 序列注释和功能分类
    1.5 转录组SSR位点分析
2 结果与分析
    2.1 转录组数据组装分析
    2.2 瓠瓜Unigene的功能注释
        2.2.1 Nr功能注释
        2.2.2 GO功能分析
        2.2.3 COG功能分类
        2.2.4 KEGG代谢通路分析
    2.3 瓠瓜转录组的SSR位点分析
3 讨论
4 结论



本文编号：4007222