大白菜TPS基因家族鉴定及其在高温胁迫下的表达分析

发布时间：2024-11-10 08:26

　　 为明确大白菜TPS (BrTPS)家族成员信息及对高温胁迫信号的响应,本研究利用生物信息学方法,在大白菜基因组数据库中鉴定了BrTPS基因家族成员,并对其理化性质、进化特征、蛋白结构及在高温胁迫下的表达模式进行分析。结果表明,大白菜全基因组含有15个TPS基因家族成员,分布于8条染色体上。除BrTPS14和BrTPS15外,其余成员各含有1个TPS和1个TPP结构域,并且所含motif的排列顺序也完全一致。理化性质分析发现,15个成员的氨基酸长度介于129～1 459 aa之间,分子量大小在14.73～165.83 kD之间,大部分BrTPS蛋白为酸性蛋白和亲水蛋白,以无规则卷曲作为二级结构主要构成元件。进化分析表明,大白菜TPS基因家族成员可分为2类,其中ClassⅠ包含5个成员,ClassⅡ包含10个成员。本研究对高温胁迫前后不同组织和持续高温胁迫下叶片中的表达分析,发现大部分的BrTPS基因可对高温胁迫产生响应,但在表达规律上存在差异。这些研究结果为后续研究大白菜TPS基因提供一定参考。

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【部分图文】：

为进一步分析大白菜TPS基因家族蛋白序列的差异，通过对其motif进行预测(图2)，最终获得10个motif。对发现的10个motif进行Pfam和SM-ART注释分析后，共有8个motif得到了命名，分别是motif1、motif2、motif3、motif5、motif7、m....

图1大白菜TPS基因家族编码蛋白的系统进化树1.5高温胁迫下大白菜TPS家族基因的表达特性

利用Q-PCR技术，分析了大白菜TPS家族基因在高温(42℃)处理前后不同组织(根,茎,叶)中的表达情况。结果表明(图3)，正常条件下，BrTPS1和BrTP-S3在根和叶中表达量较高，BrTPS2、BrTPS7、BrTPS8、BrTPS11和BrTPS13在叶中的表达量高于在根....

在高温胁迫不同时间段下大白菜TPS基因在叶片中的表达情况(图4)。在高温胁迫过程中，绝大数BrTPS基因均对高温胁迫产生响应，且呈现出多种相对表达模式，仅BrTPS9和BrTPS14基因表达没有显著变化。随胁迫时间延长，BrTPS1、BrTPS3、BrTPS4、BrTPS5、Br....

本文编号：4011764