出芽短梗霉菌PA-2全基因组测序及除草活性物质的分离鉴定

发布时间：2021-04-15 23:35

　　本实验室从自然患病的杨树叶上分离到一株真菌菌株PA-2,通过18S r DNA序列分析,该菌株被鉴定为出芽短梗霉菌（Aureobacidium pullulans）。前期研究表明,该菌株发酵液对杂草具有显著的除草活性,且对青海省主栽作物安全,具有开发成微生物源除草剂的潜力。因此,实验室开展了出芽短梗霉菌PA-2全基因组分析和次级代谢产物预测,用现代分离纯化方法探索次级代谢产物中活性物质。研究得到以下结论:1.试验测序菌株PA-2全基因组,并对低质量数据进行过滤,过滤后的优质数据用于后续功能注释和产物预测。结果表明,菌株PA-2的Reads总数为25,615,586,碱基总数3,673,018,658,碱基识别准确率在99.9%以上的碱基占碱基总数的95.28%,GC含量为49.83%。对其进行GO、KOG、KEGG功能注释中发现10839个蛋白编码序列,其基因产物主要集中在生物学过程方面,如代谢产物的运输和转运。基因预测时发现有229个非编码RNA,其中最多的是t RNA,最为活跃地参与菌体细胞内的调控。产物预测中,菌株PA-2的次生代谢产物合成与Ⅰ型聚酮合酶（T1PKS）类途径相关,... 

【文章来源】：青海大学青海省 211工程院校

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【部分图文】：

农产品在食品链中的损失

青海大学硕士学位论文第二章出芽短梗霉菌菌株PA-2全基因组测序分析21图2.1产物预测基因簇相关描述Figure2.1Correlationdescriptionoftheproductpredictivegenecluster2.3结果与分析2.3.1菌株基因组及18SrDNA区段的扩增结果采用荧光计核酸定量仪Qubit对菌株PA-2基因组DNA进行定量检测，浓度为39.6ng/μL，凝胶电泳后，电泳图显示条带清晰，可以进行下一步的试验。经18SrDNA序列引物PCR扩增后,获得400bp大小的序列片段（图2.2）。取PCR产物做1.0%琼脂糖凝胶电泳，电泳结束后在FR980凝胶成像系统显示。图2.2PA-2菌株基因组DNA和18SrDNA序列1%琼脂糖凝胶电泳图Figure2.21%agarosegelelectrophoresisofPA-2straingenomicDNAand18SrDNAsequences2.3.2样品拼接和BLAST结果将约400bp左右的条带切胶回收后送sanger法测序，得到PA-2样品序列如下：ATTGCACGAATCATAGCGTATATTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTPA-2PA-2+Marker-

青海大学硕士学位论文第二章出芽短梗霉菌菌株PA-2全基因组测序分析23Herbarium327518SribosomalRNAgeneKP963612.1Dothidealessp.Rco004EF418SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%KM388547.1AureobasidiumpullulansstrainMFLUCC14-028818SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%AB746233.1Aureobasidiumpullulansgenefor18SrRNA41541541.840.099.76%AB746232.1Aureobasidiumnamibiaegenefor18SrRNA41541541.840.099.76%以上获得的序列与数据库比较，其结果表明，菌株PA-2的18SrDNA序列与数据库中的1个出芽短梗霉菌菌株的18SrDNA序列有100%的相似性（表４），因此菌株PA-2确定为Aureobasidiumpullulans。2.3.3文库质量控制2.3.3.1文库大小检测建库完成的文库片段需要进行琼脂糖凝胶电泳检测文库大小，取PCR产物进行电泳检测，如图2.3：图2.3构建文库的2%琼脂糖凝胶电泳图Figure2.32%agarosegelelectrophoresismapoftheconstructedlibraryPA-2Marker


本文编号：3140304