3种貂属动物MHC-DRB遗传变异的研究

发布时间：2020-04-17 19:47

【摘要】：主要组织相容性复合体(Major Histocompatibility Complex,MHC)作为选择性分子标记,可以体现物种在进化过程中对环境的适应。目前仅有大陆种群及岛屿种群33个紫貂(Martes zibellina)样本MHC-DRB基因的初步研究,缺乏较为全面的紫貂亚种及石貂(Martes foina)、欧洲松貂(Martes martes)MHC基因的研究。我们以PCR结合克隆的方法检测出8个亚种紫貂及欧洲松貂、石貂MHC-DRB等位基因并对其进行多态性分析,结合已发表的鼬科其他动物MHC-DRB基因综合分析适应性遗传变异。主要研究结果如下:(1)在104只紫貂样本中得到35个(26个有效等位基因及9个缺失1bp的假基因序列)DRB 等位基因(241-242bp),分别命名为 Mazi-DRB*01～Mazi-DRB*35;在 17 只欧洲松貂样本中得到14个(11个有效等位基因及3个缺失1bp的假基因序列)DRB等位基因(241-242bp),分别命名为Mama-DRB*01～Mama-DRB*14;在10只石貂样本中得到6个(3个有效等位基因及3个缺失1bp的假基因序列)DRB等位基因(241-242bp),分别命名为 Mafo-DRB*01～Mafo-DRB*06。(2)4种獾属动物中Meles meles的遗传多样性明显高于其他3种獾属动物;鼬属动物中Mustela nivalis遗传多样性明显高于其他3种鼬属动物;海獭属遗传多样性高于其他大部分貂属、獾属、鼬属动物;貂熊属动物遗传多样性低于其他貂属、獾属、鼬属大部分动物;3种貂属动物遗传多样性差异很小;8个亚种紫貂种群遗传多样性水平比较相近,日本岛屿种群紫貂比大陆种群遗传多样性高。(3)紫貂、欧洲松貂、石貂DRB基因抗原结合位点非同义突变率均大于同义突变率(dN/dS1),受到正向选择,紫貂非抗原结合位点dN/dS1,欧洲松貂和石貂所有位点及非抗原结合位点的dN/dS1,进化过程中正向选择及净化选择共同维持3种貂属动物MHC基因多态性。(4)3种貂属动物之间、4种獾属动物之间、4种鼬属动物之间及鼬科动物之间DRB基因存在跨物种进化现象。(5)以平衡选择维持3种貂属动物MHC-DRB基因多态性。
【图文】：

电泳图,电泳图,菌液,等位基因

逡逑检测，判断是否为单一片段且回收产物浓度能否达到后续克隆实验的要求，结果如图３－逡逑３所示，，符合后续实验要求。逡逑图３－３邋ＰＣＲ产物回收电泳图（ｌｋｂ邋ＤＮＡＭａｒｋｅｒ）逡逑Ｆｉｇ邋３－３邋ＰＣＲ邋ｒｅｃｙｃｌｉｎｇ邋ｐｒｏｄｕｃｔｓ邋ａｇａｒｏｓｅ邋ｇｅｌ邋ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ邋（ｌｋｂ邋ＤＮＡ邋Ｍａｒｋｅｒ）逡逑３．２＿３阳性克隆检测逡逑对菌液利用ＰＣＲ法检测阳性克隆，目的条带不含杂带且亮度很高，大小位于３００ｂｐ逡逑附近位置（图３－４）。本次实验中，总计挑菌３５５４个，得到有效序列２４５９条。逡逑ｔ邋．逦Ｊｖ邋＜逦，逦二邋／．邋／ｆ邋｜逦煍逡逑：＞．；，ｖｊ：：＂；；？；；；：＇ｉ；逦＇Ｆ逦；ｌ，，．邋，３邋：逡逑图邋３－４邋菌液邋ＰＣＲ邋电泳图（ｌｋｂ邋ＤＮＡ邋Ｍａｒｋｅｒ）逡逑Ｆｉｇ邋３－４邋Ｂａｃｔｅｒｉａ邋ｓｏｌｕｔｉｏｎ邋ＰＣＲ邋ｐｒｏｄｕｃｔｓ邋ａｇａｒｏｓｅ邋ｇｅｌ邋ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ邋（ｌｋｂ邋ＤＮＡ邋Ｍａｒｋｅｒ）逡逑３．３貂属动物ＭＨＣ－ＤＲＢ基因多态性分析逡逑３．３．１等位基因确定逡逑本研宄在１０４只紫貂样本中共检测到３５个ＭＨＣ－ＤＲＢ等位基因，长度为２４１－２４２逡逑ｂｐ邋

鼬科,单倍型,动物,系统发育树

图３－９由鼬科动物ＤＲＢ等位基因绘制的中接网络图（红色为未检测到的过渡等位基因）逡逑Ｆｉｇ邋３－９邋ｍｅｄｉａｎ－ｊｏｉｎｉｎｇ邋ｎｅｔｗｏｒｋ邋ｂａｓｅｄ邋ｏｎ邋ＤＲＢ邋ａｌｌｅｌｅｓ邋ｉｎ邋ｔｈｒｅｅ邋ｓｐｅｃｉｅｓ邋ｏｆ邋Ｍｕｓｔｅｌｉｄａｅ邋（Ｒｅｄ邋ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ邋ａｎ逡逑ｕｎｄｅｔｅｃｔｅｄ邋ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ邋ａｌｌｅｌｅ）逡逑
【学位授予单位】：东北林业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：Q953

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