芒根组织在不同非生物胁迫下最适内参基因的筛选
发布时间：2021-03-03 04:30
【目的】筛选不同非生物胁迫下芒根组织中稳定表达的内参基因,并为调控芒根组织中基因表达提供理论依据。【方法】以芒（Miscanthus sinensis）根组织为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测12个候选内参基因在不同非生物胁迫环境（干旱、盐、镉、铬和砷）下的表达情况,并运用geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder软件分析它们在芒根组织中的稳定性。【结果】在不同的非生物环境胁迫条件下,最稳定的内参基因各不相同。12个内参基因表达稳定性由高到低排序为:Unigene26576,Unigene33024,Sb02g041180,eIF4A,ACTIN,GAPDH,Unigene33312,Sb09g019750,PP2A,SAMDC,18S rRNA,SAMS。其中在干旱胁迫条件下,Sb02g041180和ACTIN基因最稳定;在盐胁迫和砷胁迫处理下最稳定的内参基因分别是Sb09g019750和Unigene26576、Sb09g019750和PP2A;镉和铬胁迫下最稳定的内参基因分别为Unigene26576和PP2A、Sb09g019750和U...
【文章来源】：四川农业大学学报. 2020,38(06)北大核心
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
12个候选内参基因PCR扩增结果
候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的平均Ct值
ge Norm软件分析结果显示：在铬胁迫处理下，所有候选内参基因的M值都小于1.5，表明12个候选内参基因均能稳定表达，稳定性排名前两位的内参基因为PP2A和Sb09g019750；在干旱胁迫和盐胁迫下，表达最稳定的内参基因分别为Unigene33024和Unigene26576、Unigene26576和Sb09g019750；在重金属镉胁迫和重金属砷胁迫处理下，表达最稳定的内参基因分别是PP2A和Unigene26576、PP2A和Sb09g019750；而在考虑所有样本的情况下，表达最稳定的内参基因为Unigene26576和Unigene33024（图3）。此外，ge Norm程序还能基于成对变异分析确定所需的最佳内参基因数量。ge Norm软件可用于分析内参基因的配对差异值（Vn/Vn+1），软件分析默认值为0.15。当Vn/Vn+1大于0.15时，需要引入第n+1基因；当Vn/Vn+1小于0.15时，无须引入新的内参基因[19]。本次试验中，所有样品的V2/3小于0.15，则该试验条件下的最适内参基因数目是2个。铬胁迫下的成对变异（V2/3）小于0.15，表明使用两个最稳定的内参基因（PP2A和Sb09g019750）可以足够。干旱胁迫、镉胁迫、砷胁迫、盐胁迫的成对变异（V3/4）均大于0.15，这表明可能需要4个内参基因来进行精确的归一化（图4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]冬瓜实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价[J]. 叶新如,朱海生,林珲,刘建汀,王彬,陈敏氡,温庆放. 核农学报. 2019(03)
[2]望春玉兰实时定量PCR分析中内参基因的筛选[J]. 王宁杭,陆丹迎,常鹏杰,卞赛男,宣铃娟,张超,申亚梅. 分子植物育种. 2019(11)
[3]中华鳖实时定量PCR内参基因的筛选与评价[J]. 刘文婷,张贝贝,张耀红,管越强. 内蒙古大学学报(自然科学版). 2017(05)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件进行内参基因稳定性分析的方法[J]. 吴建阳,何冰,杜玉洁,李伟才,魏永赞. 现代农业科技. 2017(05)
[5]高温胁迫下茄子qRT-PCR内参基因筛选及稳定性分析[J]. 庞强强,李植良,罗少波,陈日远,金庆敏,黎振兴,李德明,孙保娟,孙光闻. 园艺学报. 2017(03)
[6]芒属植物重金属耐性及其在矿山废弃地植被恢复中的应用潜力[J]. 吴道铭,陈晓阳,曾曙才. 应用生态学报. 2017(04)
[7]番茄在非生物胁迫下实时定量RT-PCR中内参基因的筛选[J]. 韩晓雪,韩佳轩,姜晶. 分子植物育种. 2015(04)
[8]非生物胁迫下多年生黑麦草qRT-PCR分析中内参基因的选择[J]. 严海东,蒋晓梅,张新全,黄琳凯. 农业生物技术学报. 2014(12)
[9]基因表达研究中内参基因的选择与应用[J]. 张玉芳,赵丽娟,曾幼玲. 植物生理学报. 2014(08)
[10]鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选[J]. 蒋晓梅,严海东,张新全,张瑜,黄琳凯. 草地学报. 2014(04)
硕士论文
[1]紫花苜蓿内参基因筛选及MsWRKY33基因的克隆、分析[D]. 付媛媛.东北师范大学 2014
[2]不同条件下柠条锦鸡儿荧光定量PCR内参基因的筛选[D]. 尹佳佳.内蒙古农业大学 2013
本文编号：3060606
【文章来源】：四川农业大学学报. 2020,38(06)北大核心
【文章页数】：9 页
【部分图文】：
12个候选内参基因PCR扩增结果
候选内参基因在不同非生物胁迫环境下的平均Ct值
ge Norm软件分析结果显示：在铬胁迫处理下，所有候选内参基因的M值都小于1.5，表明12个候选内参基因均能稳定表达，稳定性排名前两位的内参基因为PP2A和Sb09g019750；在干旱胁迫和盐胁迫下，表达最稳定的内参基因分别为Unigene33024和Unigene26576、Unigene26576和Sb09g019750；在重金属镉胁迫和重金属砷胁迫处理下，表达最稳定的内参基因分别是PP2A和Unigene26576、PP2A和Sb09g019750；而在考虑所有样本的情况下，表达最稳定的内参基因为Unigene26576和Unigene33024（图3）。此外，ge Norm程序还能基于成对变异分析确定所需的最佳内参基因数量。ge Norm软件可用于分析内参基因的配对差异值（Vn/Vn+1），软件分析默认值为0.15。当Vn/Vn+1大于0.15时，需要引入第n+1基因；当Vn/Vn+1小于0.15时，无须引入新的内参基因[19]。本次试验中，所有样品的V2/3小于0.15，则该试验条件下的最适内参基因数目是2个。铬胁迫下的成对变异（V2/3）小于0.15，表明使用两个最稳定的内参基因（PP2A和Sb09g019750）可以足够。干旱胁迫、镉胁迫、砷胁迫、盐胁迫的成对变异（V3/4）均大于0.15，这表明可能需要4个内参基因来进行精确的归一化（图4）。
【参考文献】：
期刊论文
[1]冬瓜实时荧光定量PCR内参基因的筛选与评价[J]. 叶新如,朱海生,林珲,刘建汀,王彬,陈敏氡,温庆放. 核农学报. 2019(03)
[2]望春玉兰实时定量PCR分析中内参基因的筛选[J]. 王宁杭,陆丹迎,常鹏杰,卞赛男,宣铃娟,张超,申亚梅. 分子植物育种. 2019(11)
[3]中华鳖实时定量PCR内参基因的筛选与评价[J]. 刘文婷,张贝贝,张耀红,管越强. 内蒙古大学学报(自然科学版). 2017(05)
[4]利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件进行内参基因稳定性分析的方法[J]. 吴建阳,何冰,杜玉洁,李伟才,魏永赞. 现代农业科技. 2017(05)
[5]高温胁迫下茄子qRT-PCR内参基因筛选及稳定性分析[J]. 庞强强,李植良,罗少波,陈日远,金庆敏,黎振兴,李德明,孙保娟,孙光闻. 园艺学报. 2017(03)
[6]芒属植物重金属耐性及其在矿山废弃地植被恢复中的应用潜力[J]. 吴道铭,陈晓阳,曾曙才. 应用生态学报. 2017(04)
[7]番茄在非生物胁迫下实时定量RT-PCR中内参基因的筛选[J]. 韩晓雪,韩佳轩,姜晶. 分子植物育种. 2015(04)
[8]非生物胁迫下多年生黑麦草qRT-PCR分析中内参基因的选择[J]. 严海东,蒋晓梅,张新全,黄琳凯. 农业生物技术学报. 2014(12)
[9]基因表达研究中内参基因的选择与应用[J]. 张玉芳,赵丽娟,曾幼玲. 植物生理学报. 2014(08)
[10]鸭茅根组织实时定量PCR分析中候选内参基因的筛选[J]. 蒋晓梅,严海东,张新全,张瑜,黄琳凯. 草地学报. 2014(04)
硕士论文
[1]紫花苜蓿内参基因筛选及MsWRKY33基因的克隆、分析[D]. 付媛媛.东北师范大学 2014
[2]不同条件下柠条锦鸡儿荧光定量PCR内参基因的筛选[D]. 尹佳佳.内蒙古农业大学 2013
本文编号：3060606
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