蒺藜苜蓿多聚半乳糖醛酸酶基因家族的全基因组分析

发布时间：2021-03-23 00:58

　　多聚半乳糖醛酸酶（Polygalacturonases,PGs）是一种果胶水解酶,参与果实成熟、器官脱落、花粉成熟等多个植物发育过程。采用相似性比对和结构域搜索方法,从蒺藜苜蓿基因组中共鉴定出74个MtPG基因。根据系统进化关系将其分为6个亚家族,分别包含9、7、4、11,18和25个MtPG基因家族成员。染色体定位分析发现,MtPG基因在蒺藜苜蓿的8条染色体上呈现不均匀分布,每条染色体上分布有2-16个MtPG基因;同时,基因组复制分析结果显示,蒺藜苜蓿的PG基因家族成员之间存在大量的基因复制。最后,通过蒺藜苜蓿的高通量测序数据分析发现,MtPG基因家族广泛地在根部、结瘤、叶片、芽,心皮和花等组织中表达。根据它们在不同组织中表达水平,将31个MtPG基因聚类为4组,分别探讨了四组基因在蒺藜苜蓿组织器官分化中表达模式,重点解析了它们在花器官发育以及根部组织分化中可能的调控机制,这将为进一步研究蒺藜苜蓿MtPG基因家族成员的基因功能提供了理论基础。 

【文章来源】：生物信息学. 2020,18(01)

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

蒺藜苜蓿PG基因在染色体定位

蒺藜苜蓿PG基因表达的聚类分析

为了探究蒺藜苜蓿PG基因家族扩增和进化的机制,本研究对蒺藜苜蓿PG基因进行染色体定位分析。通过提取蒺藜苜蓿PG基因的染色体定位信息发现,73个MtPG基因(MtPG50除外)定位在8条染色体上,如图2所示。图中结果显示,这些MtPG基因在染色体上不是均匀分布,其中,8号和2号染色体上分布成员最多,分别为16个和15个,6号染色体最少,只有2个MtPG基因。此外,这些MtPG基因在单条染色体上也不是均匀分布,呈现明显的聚集分布,如1号和8号染色体上都形成了MtPG基因簇。通过比对发现,这些MtPG基因簇都是基因复制形成的;同时,染色体之间也存在MtPG基因间的复制事件,这些复制事件可能是MtPG基因家族的主要扩增动力。2.4 蒺藜苜蓿PG基因家族的表达分析


本文编号：3094816