红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

发布时间：2021-03-29 22:40

　　红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻rbcL基因密码子的偏爱性,确定该类基因的最优密码子,本研究通过使用CodonW 1.4.4、CUSP和SPSS 20.0软件对20条红藻rbcL基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析,最终获得了红藻rbcL基因三个位置的GC碱基含量、ENC值和RSCU值。结果显示,红藻rbcL基因AT碱基含量高于GC碱基,ENC值为41.89,说明红藻rbcL基因密码子偏爱于A/T碱基结尾。ENC绘图分析,PR2-plot分析和中性绘图分析表明自然选择是影响rbcL基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较,发现红藻rbcL基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了UUU、UUA、AUU等18个最优密码子,均偏向于以A/U碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和rbcL基因的表达研究具有重要意义。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(01)北大核心CSCD

【文章页数】：9 页

【部分图文】：

中性绘图分析

根据红藻rbcL基因的ENC值(纵坐标)和GC3S(横坐标)关系图可知(图1),20条红藻rbcL基因的ENC值的分布范围大致为30～60，只有Melanthalia intermedia(ENC值为57.72)分布在曲线上，其余的红藻均位于曲线下方，表明红藻的rbcL基因密码子偏爱性的影响因素中，随机突变影响较弱，自然选择影响较强。1.3 PR2-plot分析

PR2-plot分析

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3108324