肯尼亚山五种千里光属植物叶绿体基因组比较分析

发布时间：2021-05-06 22:57

　　千里光属（Senecio）植物除南极洲外,在世界其他地区均有分布。该属植物多具有重要经济价值,包括具观赏价值的多肉品种,及具药用价值的物种。在肯尼亚,千里光属植物主要分布在山区,肯尼亚山地区的该属植物因物种多样性高、生活史复杂程度高,是研究千里光属植物分类及系统进化的良好材料。本研究选择肯尼亚山区五种千里光属植物S.keniophytum、S.schweinfurthii、S.roseiflorus、S.moorei、&purtschellerS.采用高通量测序技术对五种千里光属植物的叶绿体基因组进行测序,使用在线程序Dual Organellar Genome Annotator进行叶绿体基因组注释,Mauve软件进行序列比对,植物RNA编辑器用于RNA编辑,MIcroSAtellite用于识别微卫星RAxML用于微卫星和系统发育分析的。结果如下:（1）五种千里光属植物拼接组装后的叶绿体基因组大小从151,191bp（S.purtschelleri）到151,413bp（S.keniophytum）,叶绿体基因组包含87个蛋白质编码基因,8个rRNA基因和34个tRNA基因,... 

【文章来源】：中国科学院大学(中国科学院武汉植物园)湖北省

【文章页数】：78 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
Chapter 1 Introduction
    1.1 Background information
    1.2 Uses of Senecio species
    1.3 Statement of the problem
    1.4 Justification
    1.5 Objectives
    1.6 Literature review
        1.6.1 Taxonomy and distribution
        1.6.2 Hybridization among the Senecio species
        1.6.3 Phylogenetic studies among the Senecio species
Chapter 2 Materials and Methods
    2.1 Study site
    2.2 Sample collection DNA extraction and sequencing
    2.3 DNA extraction and sequencing
    2.4 Genome annotation
    2.5 Genome alignments and IR expansions and contractions
    2.6 RNA editing and codon usage
    2.7 Microsatellites analysis
    2.8 Phylogenetic analysis and sequence divergence hotspots
Chapter 3 Results
    3.1 Genome structure, size, gene content and organization in Senecio
    3.2 Genomic functional characterization
    3.3 Whole-genome comparative analysis and IR expansions and contractions
    3.4 RNA editing and Codon usage
    3.5 Microsatellites formation
    3.6 Phylogenetic relationship and sequence divergence hotspots
Chapter 4 Discussion
Chapter 5 Conclusion and Future Prospects
References
Additional files
Acknowledgements
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本文编号：3172763