探讨植物单染色体测序中的假阳性问题

发布时间：2021-06-26 22:07

　　单细胞测序技术目前虽已广泛应用于人类、动物、微生物等物种的研究,但由于细胞壁的存在,使得该技术在植物上的应用举步维艰。如果能先分离出植物单条染色体,然后再应用单细胞测序技术进行扩增和测序,则可以避免细胞壁的干扰,从而具有重要的应用价值。虽然科研人员一直尝试针对单条植物染色体进行测序,但目前尚未见有成功的报道,也未见有文章对失败的原因进行讨论。该研究以六倍体中国春小麦为材料,针对使用单细胞测序技术进行单染色体扩增过程中出现的假阳性问题进行了探讨,分析了单染色体扩增失败的主要原因,并通过高通量测序技术研究了外源污染的可能来源。结果表明:在对实验器具、耗材、环境污染严格防控的基础上,人体接触可能是造成污染的主要来源;同时,推测单染色体之所以扩增失败可能是因为染色体自身超螺旋状态造成引物难以结合和复制。该研究还针对存在的问题提出了可行性建议,为将来成功进行单染色体测序提供了有益的借鉴。 

【文章来源】：广西植物. 2020,40(01)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 植物材料
    1.2 方法
        1.2.1 小麦中期染色体制备和单条染色体分离
        1.2.2 染色体MALBAC扩增
        1.2.3 染色体MDA扩增
        1.2.4 污染源排除实验
        1.2.5 SCoT分子标记检测
        1.2.6 Southern杂交鉴定
        1.2.7 高通量测序
2 结果与分析
    2.1 小麦中期染色体制备和显微分离
    2.2 MALBAC和MDA方法对小麦染色体进行扩增出现假阳性现象
    2.3 可能污染源的排除
    2.4 使用SCo T分子标记对扩增结果进行初步验证
    2.5 使用Southern印迹对扩增结果进行验证
    2.6 高通量测序和序列比对验证污染类型及可能来源
3 讨论


【参考文献】：
期刊论文
[1]病原微生物实验室实验操作产生气溶胶风险定量研究[J]. 杜茜,王洪宝,刘克洋,张柯,杨文慧,胡凌飞,王洁,李娜,温占波,李劲松.  军事医学. 2015(12)
[2]柚（Citrus grandis Osbeck）单染色体LA-PCR-AFLP技术体系中外源污染的防控[J]. 王发明,王平,唐琦,柳燕贞,陈伟.  热带作物学报. 2010(12)



本文编号：3252181