葡萄CHX基因家族全基因组鉴定及生物信息学分析

发布时间：2021-07-30 07:57

　　CHX（Cation/H⁺ exchanger）基因家族是CPA（Cation proton antiporter）基因家族的一个亚家族,家族基因广泛参与维持植物体内Na⁺/K⁺离子平衡的调控过程,对植物维持细胞离子浓度、花器官的发育起着至关重要的作用。本研究以葡萄为材料,共鉴定出19个VvCHX基因,命名为VvCHX1～VvCHX19。运用生物信息学的方法,系统地分析了葡萄VvCHXs基因的结构、蛋白理化性质、保守基序、系统进化,同源基因分析和组织特异性表达。结果表明,根据多物种CHX蛋白的进化树分析将19个Vv CHX家族成员划分为4类;VvCHX家族基因不均匀的分布于7条染色体上,其中3对基因存在串联重复现象;同源基因分析表明,葡萄VvCHX家族成员可能在维持离子浓度、花器官发育中起到重要作用;组织特异性表达分析表明,绝大多数葡萄VvCHX基因家族成员在雄蕊、花粉、花中表达量较高。本研究进一步探究CHX基因家族调控植物抗逆的分子机制提供依据。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(24)北大核心CSCD

【文章页数】：13 页

【部分图文】：

CHX基因家族系统发育树

Motif Logo表明VvCHX家族基因中的3个结构域所包含的motif多个氨基酸位点保持不变，证明了VvCHX基因家族的Na+/H+exchanger结构域、AA-NH-like结构域和C端结构域都具有很高的保守性。如motif 3的结构为MN-X1-KG-X2-E-X4-N-X2-K-E/D-K-X3-D-X2-F-X10-T-X4-PV-X3-Y-X1-P。motif 10的结构为GLKT-D/N-VA-X3-G-X3-W-GL-LV-LVIFIAC-X1-GK。1.4 葡萄CHX基因顺式调控元件分析

为进一步分析各种胁迫处理后VvCHX基因的表达，针对两种试验处理，分析17个VvCHX基因的表达，获得干旱胁迫环境和热胁迫环境中VvCHX的表达量，构建表达热图(图6)。图4 葡萄和拟南芥的CHX基因家族同源性分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]大豆CHX基因家族全基因组鉴定与生物信息学分析[J]. 才晓溪,沈阳,周伍红,贾博为,孙明哲,王金玉,杨珺凯,李建伟,孙晓丽.  基因组学与应用生物学. 2018(12)
[2]植物盐胁迫下应激调控分子机制研究进展[J]. 张昆,李明娜,曹世豪,孙彦.  草地学报. 2017(02)
[3]苹果K+转运蛋白基因家族鉴定及表达分析[J]. 杨琳,董玲,李明军,马锋旺,邹养军.  园艺学报. 2016(06)
[4]Na+（K+）/H+转运蛋白NHX基因的研究进展[J]. 李静,刘明,孙晶,李思楠,李文滨,武小霞.  大豆科学. 2011(06)

博士论文
[1]葡萄CPA1基因家族注释和功能分化及植物CPA1基因家族过表达的META分析[D]. 马媛春.南京农业大学 2015



本文编号：3311027