基于FlowJo软件生物信息学降维方法的小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析

发布时间：2021-11-22 12:38

　　目的:研究流式细胞术检测小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法,探索建立使用流式细胞术结合生物信息学分析小鼠造血干祖细胞的新方法,为实验血液学研究提供基础。方法:使用流式细胞仪进行小鼠骨髓造血干祖细胞流式分析;使用FlowJo软件对造血干祖细胞结果应用t-分布邻域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding,t SNE）、统一流形逼近与投影（uniform manifold approximation and projection,UMAP）和流式自组织特征映射（flow selforganizing feature map,FlowSOM）分析,并对分析结果进行比较,探索通过生物信息学降维方式分析小鼠造血干祖细胞流式结果的新方法。结果:t SNE、UMAP和FlowSOM分析可以通过降维直观地反映群体细胞的抗原表达水平,并对细胞进行分群和聚类。其分析结果与传统流式分析所得细胞群比例相符。结论:流式细胞术结合FlowJo软件建立的小鼠骨髓造血干祖细胞分析方法可以很好地评价造血干祖细胞各群分布和比例,具有较好的稳定性和评价能力。 

【文章来源】：医疗卫生装备. 2020,41(02)

【文章页数】：6 页

【部分图文】：

小鼠骨髓造血干祖细胞流式细胞分析结果

小鼠骨髓造血干祖细胞流式细胞t SNE分析结果

如图5所示，100个单细胞以抗原表达情况为依据，形成聚类分析结果。标识颜色越相近、所在位置越相近的细胞，其抗原表达和细胞类型越接近。着色的扇形标识表示该抗原表达强弱情况，扇形标识越大，该抗原表达越多。由图5(c）可见，主要细胞群包括3个，细胞比例最高的一群为ST-HSC（绿色），其CD34表达为阳性，CD16/32表达为阴性。细胞比例次之的为LT-HSC（红色），其CD34和CD16/32表达均为阴性。细胞比例第三的为MPP（蓝色），其CD34和CD16/32表达均为阳性。聚类分析结果与3种细胞的细胞群比例相符，呈依次降低关系（58.3%、22.0%、12.6%）。3 讨论

【参考文献】：
期刊论文
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本文编号：3511707