地黄RgCDPK基因的克隆与表达分析

发布时间：2022-01-13 07:49

　　钙依赖型蛋白激酶（calcium-dependent protein kinases,CDPKs）是高等植物细胞中重要的钙离子信号受体,在植物抵御逆境胁迫过程中发挥着重要作用。该研究以地黄为材料,设计特异引物,克隆地黄RgCDPK基因全长序列,并使用在线软件进行生物信息学分析,采用荧光定量PCR技术进行组织特异性分析。结果表明:（1）克隆得到的地黄CDPK基因长度为1 770 bp,编码589个氨基酸;（2）多序列比对和结构分析显示,该蛋白含有钙依赖蛋白激酶典型结构域丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶区及EF-手性区。系统进化分析表明其与拟南芥AtCDPK28的同源关系最近,因此命名为RgCDPK（Genbank登录号为MT024235）;（3）组织特异性分析得出RgCDPK在地黄叶中表达量最高。该研究成功克隆出地黄CDPK基因,且发现该基因在不同组织中的表达存在差异,为以后深入研究CDPK在地黄连作障碍等生物及非生物胁迫中的分子机制提供理论基础。 

【文章来源】：广西植物. 2020,40(12)北大核心CSCD

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

Rg CDPK基因克隆

使用NPSA server在线软件预测Rg CDPK的二级结构，结果表明Rg CDPK蛋白由41.94%的α-螺旋、12.05%的延伸链、6.62%的β-转角和39.39%的无规卷曲组成。使用Swiss-model在线软件预测地黄Rg CDPK的三级结构。同源建模结果显示(图2),Rg CDPK与拟南芥CDPK (SMTL ID:3q5i.1)相似度为33.94%，具有较高可信度(>30%)。图3 Rg CDPK蛋白的系统进化树

图2 Rg CDPK蛋白的三级结构通过在线软件对地黄Rg CDPK蛋白进行磷酸化位点预测，结果显示，Rg CDPK蛋白整个多肽链有71个磷酸化位点(>0.5)，其中，丝氨酸42个，苏氨酸23个，酪氨酸6个。

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3586017