基于Hi-C数据的染色体三维分析计算方法

发布时间：2022-01-17 10:44

　　真核生物的染色质在细胞核中高度折叠且有序排列,这种三维结构对基因转录和DNA复制等细胞功能发挥至关重要。近年来Hi-C数据的涌现,使得研究染色质三维交互作用及其空间结构成为了可能。自2009年Hi-C被开发以来,已经出现了许多用于处理Hi-C数据的生物信息学工具,从原始序列比对到接触矩阵的可视化,均提供了系统的Hi-C数据处理过程或解决某一个特定问题的方法。本研究全面介绍了传统的Hi-C数据处理工作流程,以及近十年来新兴的Hi-C数据处理工具以及其未来发展方向。 

【文章来源】：基因组学与应用生物学. 2020,39(04)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【文章目录】：
1 Hi-C数据处理工作流程
    1.1 配对末端读段比对到参考基因组
    1.2 过滤实验偏差
    1.3 原始交互矩阵的归一化处理
    1.4 后续相关研究介绍
2 主流的Hi-C数据分析工具
3 常用的归一化工具
4 常用的可视化工具
5 不同数据分析工具的对比分析
6 结论


【参考文献】：
期刊论文
[1]全基因组染色质相互作用Hi-C文库制备的优化及其质量控制[J]. 张香媛,何超,叶丙雨,谢德健,师明磊,张彦,沈文龙,李平,赵志虎.  遗传. 2017(09)
[2]染色质构象解析技术——Hi-C及染色质构象信息提取[J]. 胡文桥,侯越,张峰,刘宏德,孙啸.  基因组学与应用生物学. 2015(11)



本文编号：3594586