沙雷氏菌（DH-S01）类固醇雌激素降解基因组初步研究

发布时间：2022-10-11 15:58

　　目前,世界卫生组织已将环境雌激素列为第1类致癌物,由其造成的污染已经成为全球性的第三大环境问题,严重威胁人类健康和生态安全。治理雌激素污染迫在眉睫,也日益成为社会关注的热点问题。利用微生物降解代谢过程进行雌激素生物降解,是去除环境中雌激素最环保、最经济的有效方法,在雌激素污染治理中发挥至关重要的作用,日益受到人们的重视。本文从某生产雌激素药厂附近土壤样品中筛选分离得到一株能够高效降解类固醇雌激素的菌株,命名为DH-S01。形态学观察显示,菌落呈圆形,边缘整齐,有光泽,呈橙红色或紫红色,菌体易挑起,呈杆状,无鞭毛。生理生化实验确定为革兰氏染色阴性细菌,能够代谢葡萄糖、麦芽糖、蔗糖等。结合分子生物学鉴定,确定菌株DH-S01为沙雷氏菌（Serratia）。降解实验结果表明,菌株DH-S01能够利用类固醇雌激素雌酮和17β-雌二醇为唯一碳源进行生长传代培养,实验周期内的雌酮和17β-雌二醇的生物降解率都在90%以上。为了深入了解该菌株的基因组结构与功能信息和其雌激素降解机制,基于PacBio测序平台,对菌株进行全基因组测序及分析。菌株DH-S01基因组由一个大小为5256558bp的环状染色... 

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 沙雷氏菌
    1.2 类固醇雌激素
    1.3 微生物基因组学
    1.4 研究内容与意义
    1.5 技术路线
第二章 降解菌的分离及降解特性研究
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验仪器和药品
        2.1.2 样品采集和培养基配制
        2.1.3 菌株的分离
        2.1.4 菌株生长曲线的绘制
        2.1.5 检测方法与标准曲线的建立
        2.1.6 菌株的形态学分析
        2.1.7 菌株的生理生化分析
        2.1.8 菌株的分子生物学分析
        2.1.9 菌株生长降解条件的优化
        2.1.10 类固醇雌激素降解实验
    2.2 结果与讨论
        2.2.1 菌株的鉴定与保藏
        2.2.2 DH-S01生长与类固醇雌激素降解
    2.3 本章小结
第三章 DH-S01全基因组测序及分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验材料、试剂和仪器
        3.1.2 DNA提取与检测
        3.1.3 全基因组测序和组装
        3.1.4 全基因组基因注释
        3.1.5 平均核苷酸相似性分析
    3.2 结果和讨论
        3.2.1 提取DNA及检测
        3.2.2 测序质控与组装
        3.2.3 基因组组分分析
        3.2.4 DH-S01平均核苷酸相似性分析
        3.2.5 基因功能注释
    3.3 本章小结
第四章 DH-S01类固醇雌激素降解相关基因研究
    4.1 材料与方法
        4.1.1 应用数据库
        4.1.2 实验材料、试剂和仪器
        4.1.3 聚合酶链式反应
        4.1.4 反转录聚合酶链式反应
    4.2 结果与讨论
        4.2.1 类固醇雌激素降解相关基因注释
        4.2.2 类固醇雌激素降解相关基因PCR分析
        4.2.3 类固醇雌激素降解相关基因RT-PCR分析
    4.3 本章小结
第五章 DH-S01比较基因组学分析
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验材料
        5.1.2 共线性分析
        5.1.3 共有基因和特有基因分析
    5.2 结果与讨论
        5.2.1 基因组共线性分析
        5.2.2 基因组Venn图分析
    5.3 本章小结
结论
参考文献
致谢
在学期间公开发表论文及著作情况



本文编号：3690861