蕨类植物叶绿体rps12基因的分子进化研究

发布时间：2022-10-19 08:39

　　以68种蕨类植物和2种石松类植物的rps12基因为对象,在系统发育背景下,结合最大似然法,使用HyPhy和PAML软件对该基因进行进化速率和适应性进化研究。结果显示:位于IR区的外显子2～3,其替换率明显降低,rps12基因编码序列的替换率也随之降低,且rps12基因密码子第3位的GC含量明显升高;在蕨类植物的进化过程中,3’-rps12更倾向定位于IR区,以保持较低的替换率; rps12基因编码的123个氨基酸位点中,共检测到4个正选择位点和116个负选择位点。研究结果表明基因序列进入到IR区后,显示出降低的替换率;强烈的负选择压力表明RPS12蛋白的高度保守性以及rps12基因的功能和结构已经趋于稳定。 

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【文章目录】：
1材料与方法
    1.1序列数据
    1.2分析方法
        1.2.1系统发育树的构建
        1.2.2进化速率分析
        1.2.3选择压力分析
        1.2.4氨基酸正选择位点的鉴定
2结果与分析
    2.1 rps12基因特征分析
    2.3密码子GC含量
    2.4系统发育树
    2.5进化速率分析
        2.5.1物种分支内外显子1与外显子2～3的参数均值比较
        2.5.2物种分支间基因序列的参数均值比较
        2.5.3假设检验
    2.6选择压力
    2.7正选择氨基酸位点的鉴定
        2.7.1分支模型
        2.7.2位点模型
        2.7.3分支-位点模型
3讨论
    3.1反向重复区内基因序列替换率的降低
    3.2适应性进化


【参考文献】：
期刊论文
[1]水龙骨科附生蕨类Rubisco大亚基的适应性进化:正向选择位点的鉴定[J]. 苏应娟,王艇.  中山大学学报(自然科学版). 2008(05)
[2]蕨类植物叶绿体rps4基因的适应性进化分析[J]. 张丽君,陈洁,王艇.  植物研究. 2010(01)



本文编号：3693048