上海郊区养殖中华绒螯蟹及其环境微生物多样性分析

发布时间：2023-03-18 22:14

　　中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis),是杂食性水生动物,也是我国重要的水产养殖经济动物。生物体内外的微生物在生物生长发育以及其他重要的生命活动中起到不容忽视的作用。但到目前为止对于中华绒螯蟹体内外微生物多样性的研究并不多。为了进一步了解中华绒螯蟹体内外的微生物多样性,同时为了给中华绒螯蟹的优质养殖研究提供一条新思路,本文采集了上海周边养殖场中华绒螯蟹肠道和鳃以及饲养环境中的池水、底泥和水草样品,利用核酸提取、文库DNA构建、高通量测序等技术对样品中的宏基因组进行了测序,并对测序后的数据进行生物信息学分析,得到的结果如下:1.上海郊区8个养殖场中华绒螯蟹微生物多样性分析:8个上海郊区的养殖场中中华绒螯蟹中鳃的主要菌种为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和Saccharibacteria门。肠道中的优势物种为变形菌门、厚壁菌门、柔膜菌门(Tenericutes)、拟杆菌门,部分池塘还存在放线菌门和Saccharibacteria门的生物,与鳃相比少了柔膜菌...

【文章页数】：70 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 中华绒螯蟹养殖现状
    1.2 水生动物微生物多样性研究现状
        1.2.1 微生物在养殖池塘中的作用
        1.2.2 鱼类微生物多样性研究进展
        1.2.3 甲壳动物微生物多样性研究进展
    1.3 微生物多样性研究方法
        1.3.1 传统分离培养
        1.3.2 电子显微研究
        1.3.3 泛基因组研究
    1.4 测序技术的发展
        1.4.1 一代技术——荧光标记桑格法
        1.4.2 二代技术——循环阵列合成序列
    1.5 研究目的与意义
第二章 上海郊区8家养殖场中华绒螯蟹微生物多样性分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 样品采集
        2.1.2 实验仪器
        2.1.3 实验方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1 测序基本数据
        2.2.2 中华绒螯蟹微生物结构分析
        2.2.3 Alpha多样性分析
        2.2.4 PCA分析
        2.2.5 组间差异显著性检测
        2.2.6 群落Heatmap图
    2.3 小结与讨论
第三章 蓝藻爆发对中华绒螯蟹微生物多样性的影响
    3.1 实验材料与方法
        3.1.1 样品采集
        3.1.2 实验仪器
        3.1.3 实验方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 测序基本数据分析
        3.2.2 中华绒螯蟹微生物结构分析
        3.2.3 Alpha多样性分析
        3.2.4 OTU分布韦恩图
        3.2.5 NMDS分析
        3.2.6 组间差异检测
    3.3 结果与讨论
第四章 不同饲料喂养对中华绒螯蟹微生物菌群的影响
    4.1 实验材料及方法
        4.1.1 样品采集
        4.1.2 实验仪器
        4.1.3 实验方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 样本基本数据
        4.2.2 测序基本数据
        4.2.3 样本菌群结构分析
        4.2.4 Alpha多样性
        4.2.5 OTU分布韦恩图
        4.2.6 NMDS分析
        4.2.7 组间差异显著性检验
        4.2.8 样品层级聚类分析
    4.3 小结与讨论
小结
参考文献
致谢



本文编号：3763972