基于多组学的哺乳动物早期胚胎发育过程RNA编辑和ERV作用研究
发布时间：2023-03-24 19:07
具有自我更新能力和分化潜能的干细胞是哺乳动物早期胚胎发育过程中的关键细胞。对各种干细胞进行深入研究是理解哺乳动物发育、生长机制的关键,也是将干细胞应用于临床再生医学、治疗人类疾病的前提。在m RNA水平上,RNA编辑是真核生物转录组和蛋白质组多样性增加的转录后修饰作用。目前的研究发现,RNA编辑有助于癌症干细胞的产生和维持,而被敲除ADAR酶的小鼠可能导致胚胎死亡。在DNA水平上,内源性逆转录病毒是过去的逆转录病毒感染的遗留物。目前的研究发现,这些内源性逆转录病毒不是休眠的,它们可以为基因提供启动子或增强子。人的部分内源性逆转录病毒具有生理作用,包括影响胎盘发育中的合体滋养细胞形成和对外源性逆转录病毒感染的内在抗性等。但目前缺乏RNA编辑和内源性逆转录病毒在哺乳动物整个早期胚胎发育时期的动态变化研究,并且RNA编辑与内源性逆转录病毒之间是否存在关系也不清楚。因此,从多组学层面上获得早期胚胎发育的规律并寻找一些与细胞干性有关的基因,对研究胚胎干细胞和重编程有重要作用。本研究以人、小鼠和猪为对象采用多组学方法分析并比较了三者在早期胚胎发育时期的RNA-seq和ATAC-seq数据。主要探索...
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 早期胚胎发育过程相关研究
1.1.1 胚胎发育过程概述
1.1.2 早期胚胎发育相关基因
1.1.3 基于RNA-seq的早期胚胎发育研究
1.1.4 基于ATAC-seq的早期胚胎发育研究
1.2 RNA编辑相关研究
1.2.1 RNA编辑概述
1.2.2 检测RNA编辑的方法
1.3 内源性逆转录病毒的相关研究
1.3.1 内源性逆转录病毒概述
1.3.2 内源性逆转录病毒在胚胎发育过程的相关研究
1.4 早期胚胎发育的多组学分析研究
第二章 早期胚胎发育过程中RNA编辑的研究
2.1 材料和方法
2.1.1 获取注释信息
2.1.2 单细胞RNA-seq数据收集
2.1.3 RNA-seq分析流程
2.1.4 RNA编辑位点的检测
2.1.5 可靠性检测
2.1.6 RNA编辑位点的注释
2.1.7 编辑位点在必需与非必需基因上的分布
2.2 结果
2.2.1 编辑位点在功能区的分布
2.2.2 编辑位点在染色体上的分布
2.2.3 RNA编辑类型分布特点
2.2.4 编辑频率的比较
2.2.5 必需基因的关系
2.2.6 功能富集分析
2.2.7 RNA编辑相关多能性基因
2.3 讨论
2.4 小结
第三章 早期胚胎发育过程中ERV的研究
3.1 材料和方法
3.1.1 序列信息文件下载
3.1.2 表达量的计算
3.1.3 ATAC-seq数据收集
3.1.4 ATAC-seq分析流程
3.1.5 染色质开放区域Motif分析
3.2 结果
3.2.1 ERV的数量分布特征
3.2.2 ERV在染色体上的分布特征
3.2.3 ERV呈阶段特异性表达
3.2.4 ERV富集的序列功能
3.2.5 ERV的染色质开放状态
3.3 讨论
3.4 小结
第四章 RNA编辑与ERV的相互关系的研究
4.1 材料和方法
4.1.1 提取含有RNA编辑位点的ERV
4.1.2 鉴定ERV相关基因和转录因子
4.1.3 ERV序列及附近区域的Motif分析
4.1.4 ERV、ERV相关基因和转录因子的相关性
4.2 结果
4.2.1 ERV上 RNA编辑位点分布
4.2.2 ERV在外显子上的分布
4.2.3 ERV上存在转录因子结合位点
4.2.4 ERV上 RNA编辑位点处motif的序列特征
4.2.5 胚胎发育相关基因与ERV的相关性
4.3 讨论
4.4 小结
第五章 结论
5.1 结论
5.2 主要创新
5.3 未来计划
参考文献
附录
致谢
个人简历
本文编号：3769683
【文章页数】：86 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
1.1 早期胚胎发育过程相关研究
1.1.1 胚胎发育过程概述
1.1.2 早期胚胎发育相关基因
1.1.3 基于RNA-seq的早期胚胎发育研究
1.1.4 基于ATAC-seq的早期胚胎发育研究
1.2 RNA编辑相关研究
1.2.1 RNA编辑概述
1.2.2 检测RNA编辑的方法
1.3 内源性逆转录病毒的相关研究
1.3.1 内源性逆转录病毒概述
1.3.2 内源性逆转录病毒在胚胎发育过程的相关研究
1.4 早期胚胎发育的多组学分析研究
第二章 早期胚胎发育过程中RNA编辑的研究
2.1 材料和方法
2.1.1 获取注释信息
2.1.2 单细胞RNA-seq数据收集
2.1.3 RNA-seq分析流程
2.1.4 RNA编辑位点的检测
2.1.5 可靠性检测
2.1.6 RNA编辑位点的注释
2.1.7 编辑位点在必需与非必需基因上的分布
2.2 结果
2.2.1 编辑位点在功能区的分布
2.2.2 编辑位点在染色体上的分布
2.2.3 RNA编辑类型分布特点
2.2.4 编辑频率的比较
2.2.5 必需基因的关系
2.2.6 功能富集分析
2.2.7 RNA编辑相关多能性基因
2.3 讨论
2.4 小结
第三章 早期胚胎发育过程中ERV的研究
3.1 材料和方法
3.1.1 序列信息文件下载
3.1.2 表达量的计算
3.1.3 ATAC-seq数据收集
3.1.4 ATAC-seq分析流程
3.1.5 染色质开放区域Motif分析
3.2 结果
3.2.1 ERV的数量分布特征
3.2.2 ERV在染色体上的分布特征
3.2.3 ERV呈阶段特异性表达
3.2.4 ERV富集的序列功能
3.2.5 ERV的染色质开放状态
3.3 讨论
3.4 小结
第四章 RNA编辑与ERV的相互关系的研究
4.1 材料和方法
4.1.1 提取含有RNA编辑位点的ERV
4.1.2 鉴定ERV相关基因和转录因子
4.1.3 ERV序列及附近区域的Motif分析
4.1.4 ERV、ERV相关基因和转录因子的相关性
4.2 结果
4.2.1 ERV上 RNA编辑位点分布
4.2.2 ERV在外显子上的分布
4.2.3 ERV上存在转录因子结合位点
4.2.4 ERV上 RNA编辑位点处motif的序列特征
4.2.5 胚胎发育相关基因与ERV的相关性
4.3 讨论
4.4 小结
第五章 结论
5.1 结论
5.2 主要创新
5.3 未来计划
参考文献
附录
致谢
个人简历
本文编号：3769683
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3769683.html
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