甘肃内生真菌基因组密码子使用的偏好性分析

发布时间：2023-04-05 04:45

　　在翻译过程中,三联体密码子指导氨基酸肽链的合成。长期进化过程中,有些氨基酸对应多个三联体密码子,形成了密码子兼并性。不同物种的基因组中,一些氨基酸偏好使用某种密码子,形成密码子使用的偏好性。突变和自然选择压力是影响密码子使用偏好性的两个主要因素。甘肃内生真菌是一种重要的禾草内生真菌,其主要侵染宿主醉马草,一方面能提高宿主醉马草对生物与非生物的抗性;另一方面产生的有毒生物碱类次生代谢产物毒害家畜。以甘肃内生真菌核基因组为研究对象,通过分析该基因组的基本组成及密码子使用模式,确定最优密码子。同时对各密码子相关指标与基因长度、氨基酸的使用频率等进行相关性分析,明确影响基因组对密码子使用偏好性的主要因素。结果显示,GC3的分布范围主要集中在40%～60%,62.7%的基因有效密码子数使用频率分布在0～0.1,95.4%的有效密码子数低于期望值而且位于期望曲线的右下方,这意味着突变压力是影响甘肃内生真菌密码子使用偏好性的因素之一。然而,中性分析结果显示,GC12和GC3之间呈显著正相关(r=0.110,P<0.01)、回归线斜率为0.2729,表明突变对密码子使用偏好性的影响仅为27.29...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 密码子的使用和同义密码子的偏好性
    1.2 ENC分析
    1.3 中性分析
    1.4 最优密码子的确定
    1.5 RSCU值的对应性分析
    1.6 软件使用
    1.7 数据分析
2 结果与分析
    2.1 甘肃内生真菌基因组的基本组成
    2.2 甘肃内生真菌基因组的中性分析
    2.3 甘肃内生真菌有效密码子数(ENC)和第3位同义密码子(GC3s)之间的相关性分析
    2.4 甘肃内生真菌基因组各密码子指标相关性分析
    2.5 甘肃内生真菌基因组最优密码子的确定
3 讨论与结论



本文编号：3782756