DNA提取过程中混入的实验室空气微生物DNA定量

发布时间：2023-06-04 03:30

　　元基因组测序方法为微生物研究提供了有力的工具。但其中的DNA提取过程,会不可避免地混入实验室中的空气微生物。这些微生物DNA,是否会对一些极微量的元基因组检测(如皮肤样本等)结果造成影响,有多大影响,仍没有明确结论。本研究首先收集了实验室空气样品,用16S rRNA引物建立了基于qPCR的标准曲线,并检测了在开放环境下提取DNA过程中可掺杂的环境微生物DNA量。然后在开放环境下提取纯水DNA样品并进行元基因组分析,以确定掺杂环境微生物的种类。最后分别在生物安全柜和实验室开放环境下提取皮肤样本,并用鸟枪测序方法对样本的微生物组成进行分析,以评估掺杂环境微生物对元基因组检测结果的影响。结果显示,在实验室开放环境的DNA提取过程中,环境微生物的DNA残留可达28.9 pg,可达某些极微量样本DNA总量的30%。元基因组分析显示,样品中掺杂的环境微生物主要是痤疮杆菌Cutibacteriumacnes、大肠杆菌Escherichia coli等皮肤常见细菌。与洁净皮肤样本的信息相比,开放环境下提取掺杂了数十种环境微生物,并导致主要菌种的丰度大幅降低,从而影响结果的真实性。因此,微量样品的DNA...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验室空气微生物样本的采集及标准曲线绘制
        1.1.1 实验室空气微生物样本的采集
        1.1.2 DNA提取
        1.1.3 DNA定量
    1.2 实验室开放环境下纯水样品DNA的提取
        1.2.1 DNA提取
        1.2.2 DNA定量
    1.3 皮肤样品DNA的提取
        1.3.1 皮肤样本的采集
        1.3.2 DNA提取
        1.3.3 鸟枪法元基因组测序
2 结果与分析
    2.1 实验室环境微生物DNA的掺杂量
    2.2 开放环境DNA提取掺杂的微生物种类
    2.3 开放环境DNA提取对真实皮肤样品测定结果的影响
3 讨论



本文编号：3830602