考克氏菌属菌株KD4基因组学研究

发布时间：2024-04-23 04:47

　　考克氏菌属是放线菌门微球菌科的一个属,该属菌株功能多样性高,具有产抗生素、耐盐碱、耐高低温、抗辐射等特性,引起了学术界的广泛关注。考克氏菌属菌株KD4分离自南极大陆麦克默多干谷最北端的维达湖土壤中,其具有很强的抗氧化能力,对超氧阴离子自由基、羟基自由基有很强的清除能力,同时发现其最高可在10%的NaCl和pH11的环境中生长,具有很强的盐碱耐受能力。但目前菌株KD4的抗氧化和耐盐碱机制尚不清楚。挖掘菌株KD4基因组中蕴藏的信息对我们理解考克氏菌属菌株对极端环境的适应机制及开发新型抗氧化物质具有重要意义。本文以菌株KD4为研究对象,通过活化鉴定、基因组DNA提取、全基因组文库的构建及测序、全基因组注释与功能分析、基因的系统发育分析、基因组比较分析等方法,对考克氏菌Kocuria sp.KD4进行基因组学分析研究,解释其代谢过程及环境适应机制。取得了如下结果:(1)菌株KD4属于印度考克氏菌(Kocuria indica),其基因组由一个环状染色体构成,大小为2.8 Mb。经测序组装得到了考克氏菌属菌株KD4基因组完成图,其由一个长2,806,716 bp的环状染色体构成,G+C百分含量为...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图3.1Kocuriasp.KD4基因组图谱

考克氏菌属菌株KD4基因组学研究-20-3结果与讨论3.1考克氏菌属菌株KD4基因组特征3.1.1菌株KD4基因组基本特征Kocuriasp.KD4基因组是由一个长2,806,716bp的环状染色体构成，其G+C百分含量为68.83%。该基因组染色体共编码2520个ORF，平均长....

图3.2Kocuriasp.KD4与相似菌株管家基因的蛋白序列的系统发育树

兰州交通大学硕士学位论文-21-从外至内分别是：第一圈是基因组位置信息，第二圈是GC含量信息,第三圈是正链上的编码基因（红色标注），第四圈是负链上的编码基因（绿色标注），第五圈是正链上的ncRNA信息（蓝色标注），第六圈是负链上的ncRNA信息（紫色标注），第七圈标注的是基因组内....

图3.3Kocuriasp.KD4基因组与其他同属菌株的基因共线性图

考克氏菌属菌株KD4基因组学研究

图3.4KEGG代谢途径分类图

考克氏菌属菌株KD4基因组学研究-28-图3.4KEGG代谢途径分类图Figure3.4KEGGpathwayclassificationmap在氨基酸和核苷酸代谢中，菌株KD4的基因组中含有完整的氨基酸、嘌呤和嘧啶合成代谢途径所需要的关键酶基因。氮代谢中，菌株KD4基因组中拥有....

本文编号：3962640