人类乙酰化蛋白质的统计分析及预测研究

发布时间：2024-06-07 20:58

　　迄今为止,已经鉴定出了450多种独特的蛋白质修饰,包括磷酸化、乙酰化、泛素化和小泛素化,它们是具有许多生物学功能的细胞蛋白质的调节机制,并且在许多原核和真核蛋白质的功能调节中发挥作用。在这些PTMs中,乙酰化是一种动态且高度保守的翻译后修饰,在调节多种细胞过程中起着关键的作用。由于乙酰化在某些相关的生物学过程中的重要作用,它成为最重要的可逆蛋白翻译后修饰之一。异常的乙酰化蛋白质与许多病理疾病有关,如癌症,神经性疾病和代谢性疾病,所以进一步了解乙酰化蛋白质对以后的分析乙酰化机理和相关的实验验证,药物开发提供指导性意义。蛋白质的功能常有标注KW,GO,Smart,Pfam,InterPro,PRINT,PROSITE,SUPFAM分析得出,乙酰化蛋白质在正负样本中差距较大,正样本的功能标注信息含有蛋白质的数量远远大于负样本,且KW,GO信息量远远大于其他Smart,Pfam,InterPro,PRINT,PROSITE,SUPFAM的信息量。人类蛋白质6832条蛋白质中,正样本有3404条,负样本有3428条,正负样本基本持平。关键词中乙酰化关键词在正样本中有3392条。在GO信息统计分析...

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【部分图文】：

图2.1SVM的原理图[39]

如乙酰化，磷酸化，泛素化和甲基化。SV，其通过将输入样本映射到更高维的空间并搜到最大边缘超平面以最小化分类错误。SVM模S形函数的SVM模型相当于双层感知器神经边界，SVM会尝试最大化类之间的边距，并空间的中某些已知点的分类是,则其被定的输入空间的点，则其中....

图2.3神经网络图

学习的好处是用非监督或半监督的特征学特征。深入学习的基础是机器学习中分表示假定观测值是由不同的银子相互作用这一互相作用的过程可分为多个层次，代DeepNeualNetworks，DNN）是一种判。权重更新可以用随机梯度下降法求解：(1)()ijijijcwtw....

图3.1不同关键词乙酰化修饰条数其中X轴是14个关键词，Y轴是含有乙酰化关键词的蛋白质条数

330N-ACETYLGLYCINEN-乙酰甘氨酸4787N-ACETYLMETHIONINEN-乙酰基蛋氨酸522N-ACETYLPROLINEN-乙酰脯氨酸6403N-ACETYLSERINEN-乙酰丝氨酸778N-ACETYLTHREON....

图3.2统计关键词正负样本非乙酰化修饰其中X轴代表正负样本关键词，Y轴代表含有正负样本关键词的蛋白质条数，其中绿色代表正样本关键词，红色代表负样本关键词

28TRANSPORTTRANSPORT运输4431429ACTIVATORACTIVATOR活化剂2033130ACYLTRANSFERASEACYLTRANSFERASE酰基转移酶521831ALTERNATIVESPLICINGALTERNATIVE....

本文编号：3991016