染色体三维结构重建方法研究

发布时间：2025-03-15 07:17

　　 染色体三维结构重构问题是近年生物领域中基因组学的热点研究问题,是以二维交互频率数据为基础来预测其三维空间结构。最新相关实验表明染色质的三维空间结构对于基因表达、调控等方面都具有重要意义。而Hi-c数据能利用染色质交互信息形成二维接触矩阵重构出染色体三维结构。本综述以染色体三维结构重建方法为研究对象,通过对染色体三维结构重建方法进行比较分析,综述了目前基于Hi-c数据在染色体三维结构重建中的经典方法,系统介绍了染色体三维结构重建技术的发展脉络,以促进染色体三维结构重建的进一步研究。

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【部分图文】：

图1 染色体三维结构重建经典方法

概率模型是基于某种概率分布假设来预测重构染色体的三维结构。染色体三维结构具有一定的动态性，因此认为染色体三维结构都是在一定的概率上存在的，即可转化为概率模型的问题。Rousseau等(2011)提出了MCMC5C的方法。假设染色体片段间的接触频率和空间距离值服从正态分布。利用5C....

图2 算法流程

从距离矩阵到接触矩阵(D→A)。给定阈值ε，可以为给定的阈值ε定义二元接触矩阵A：如果点Pi和Pj之间的距离Dij<ε，则它的元素Aij=1，否则Aij=0。在实际中，如果两个基因位点Pi和Pj在细胞核内的距离小于实验技术规定的阈值ε，那么它们就有接触。实验结果要么以二进制方式表....

本文编号：4035371