应用于珙桐基因表达定量分析的内参基因的筛选及验证

发布时间：2017-12-30 11:50

  本文关键词：应用于珙桐基因表达定量分析的内参基因的筛选及验证　出处：《中南林业科技大学》2017年硕士论文　论文类型：学位论文

  更多相关文章： 实时荧光定量PCR 转录组 内参基因 BADH基因 CAC基因 珙桐

【摘要】：实时荧光定量PCR(qPCR)技术具有灵敏度高、特异性强、重复性好、高通量等优点,广泛应用于基因表达分析研究中。选择合适的内参基因是运用qPCR技术准确分析目标基因表达量变化的重要前提。哄桐(Davidia involucrata Baill.)是国家I级保护植物,具有极高的观赏价值与科学研究价值。目前,对珙桐的基因表达分析研究日益增多,但有关内参基因的研究尚未见报道。本研究首次以珙桐作为材料,从珙桐果实与种子转录组数据库中选取了 8个常用管家基因18S rRNA(18S 核糖体 RNA)、ACT7(肌动蛋白)、DNAJ(DnaJ 蛋白)、EF1a(转录延伸因子)、eIF(翻译起始因子)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)、β-TUB(β微管蛋白基因)、UBQ(泛素蛋白)与7个新内参基因B4DH(甜菜碱醛脱氢酶)、C4C(网格蛋白衔接蛋白复合物)、CSD(外被体蛋白δ亚基)、hnRNP(核内不均一核糖蛋白)、PP2A(丝氨酸/苏氨酸磷酸酯酶)、,SAND(Sand蛋白)、TIP41分子量为41 kDa的Tap42互作蛋白)作为候选内参基因。运用qPCR技术对15个候选内参基因在珙桐7组不同类型样本(营养器官、生殖器官、不同颜色叶片、不同发育阶段苞片、不同发育阶段种子、正常种子与败育种子、所有组织)中的表达量进行测定,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper3种软件以及几何平均值法对候选内参基因的表达稳定性进行评价,筛选出了适用于不同研究的珙桐内参基因。为进一步证明筛选结果的准确性,在珙桐不同类型样品中,分别利用目标基因DiLTP、DiMYB1、DiLAC对部分内参基因的表达稳定性进行了验证。最后,对珙桐中表达稳定性好的两个新内参基因BADH、C4C进行了克隆。通过以上研究,本文主要得到以下结论:1.不同珙桐组织样品中内参基因的表达稳定性不同,而各自不同组织样品中又有特定的表达相对稳定的内参基因。营养器官样品中,BADH、EF1α、hnRNP是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;生殖器官样品中,BADH、eIF、C4C是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;不同颜色叶片样品中,SAND、18SrRNA、eIF是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;不同发育阶段苞片样品中,TIP41、C4C、CSD是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;不同发育阶段种子样品中,C4C、CSD、BADH是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;正常种子与败育种子样品中,SAND、C4C、eIF是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因;所有组织样品中,BADH、C4C、DNAJ是表达稳定性排名前三的基因,适合作为内参基因。总之,所有候选内参基因中,新内参基因的表达稳定性普遍优于常用管家基因,其中新内参基因BADH与CAC较管家基因表现更优。2.基因表达分析中,内参基因的表达稳定性、表达量与选用数目都会对定量结果的准确性产生影响。在珙桐基因表达研究中,应当根据具体的样品类型和目标基因,选择在该试验条件下表达稳定且表达量与目标基因接近的内参基因或内参基因组合进行校准,以提高定量结果的准确性。3.珙桐新内参基因BADH命名为DiBADH,登录号KX655718,基因序列长度966 bp,编码322个氨基酸,氨基酸序列与茶树BADH氨基酸序列的相似度最高;珙桐新内参基因CAC命名为DiC4C,登录号KX268525,基因序列长度1317 bp,编码438个氨基酸,氨基酸序列与葡萄、可可等植物的CAC氨基酸序列相似度最高。该研究为在珙桐中合理选用内参基因以及准确进行基因表达分析提供了理论基础,也为在其它植物中开发新内参基因资源提供了参考依据。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：中南林业科技大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S792.99;Q943.2

【相似文献】

相关期刊论文 前10条

1 刘可可;聂珍媛;徐爱玲;夏金兰;;Acidiphilium cryptum DX1-1 CO_2固定相关基因的克隆及在不同营养方式下的差异表达研究[J];现代生物医学进展;2011年18期

2 程宁辉,胡建广,赵相山,李添生,高燕萍,杨金水;光照和黑暗条件下大豆和玉米基因表达差异的初步研究[J];复旦学报(自然科学版);1997年05期

3 杜占文;后生说:基因决定论的挑战者[J];国外科技动态;2001年10期

4 AnnGibbons,李大卫,何方淑;哪些基因造就了人类[J];世界科学;1999年04期

5 王大力;黄大鹏;;基因表达系列分析技术研究进展[J];动物医学进展;2009年04期

6 包俊英,余新炳,吴忠道;比较基因的表达分析[J];热带医学杂志;2001年02期

7 石胜军,夏照帆;基因表达差异分析方法进展[J];中华病理学杂志;1998年06期

8 鲁凤民,刘霜,吴卫东,安文锋,刘翔,刘世杰;mRNA差异展示法检测氧化镍所致基因表达差异[J];北京医科大学学报;1998年01期

9 杜娟,林戈,卢光t;人胚胎干细胞和分化细胞差别基因的筛选[J];遗传学报;2004年09期

10 印莉萍,刘维仲,刘祥林,柴小清,邱泽生,张福锁;DDRT-PCR分析铁高效和铁低效小麦品种基因表达的差异[J];首都师范大学学报(自然科学版);2000年02期

相关会议论文 前6条

1 张文俊;江华;赵耀忠;朱晓海;刘安堂;;皮肤恶性黑色素瘤与良性痣基因表达差异的研究[A];第四届华东六省一市整形外科学术会议暨2007年浙江省整形、美容学术会议论文汇编[C];2007年

2 杨劲松;郑新民;陈诗书;;诱导PTPα表达24小时NIH3T3细胞基因表达差异的研究[A];中国生物化学与分子生物学会第八届会员代表大会暨全国学术会议论文摘要集[C];2001年

3 孟金萍;刘云波;张以河;孙淑华;王艳蓉;吕凤柱;杨旭;;铅暴露U251细胞基因表达谱改变及基因通路分析[A];实验动物与药理学、毒理学研究学术交流会论文汇编[C];2009年

4 刘丹慧;陈少松;罗崇林;肖雪媛;何大澄;;一个在肺癌中缺失的基因的筛选与初步研究[A];中国细胞生物学学会2005年学术大会、青年学术研讨会论文摘要集[C];2005年

5 宾晓农;谭敏;吕嘉春;蒋义国;陈家X;;基因芯片筛选BPDE转化16HBE相关基因的研究[A];第五届广东省环境诱变剂学会暨第三届广东省预防医学会卫生毒理专业委员会学术交流会论文集[C];2006年

6 霍晓芳;张俊武;;红系分化相关基因的鉴别与功能研究[A];中国遗传学会七届一次青年研讨会暨上海高校模式生物E——研究院第一届模式生物学术研讨会论文汇编[C];2005年

相关重要报纸文章 前4条

1 吴一福;第四军医大学发现抑癌新基因[N];中国医药报;2008年

2 柯尊洪;基因技术在中药研究中的作用[N];中国中医药报;2002年

3 王兴 闫智勇 郝晓锋;借助基因技术发展现代中药[N];中国医药报;2003年

4 本报记者 吴红月;医院病理科借助基因检测延伸新服务[N];科技日报;2014年

相关博士学位论文 前10条

1 李倩;转Nramp1基因克隆牛的研制[D];西北农林科技大学;2015年

2 朱明库;番茄SlNAC4和SlDEAD31基因在果实成熟及非生物胁迫响应中的功能研究[D];重庆大学;2015年

3 陈鹏程;人类分子相互作用在线资源及多物种的基因集功能关联分析工具的建立[D];浙江大学;2015年

4 孙占斌;粉红螺旋聚孢霉67-1菌寄生相关基因的筛选与功能研究[D];中国农业科学院;2015年

5 韩洪强;控制茄子果型相关性状关键基因的克隆及功能研究[D];上海交通大学;2014年

6 王X;牦牛基因组遗传变异图谱和高原适应的转录组研究[D];兰州大学;2015年

7 吴全金;‘白鸡冠’茶树响应光调控的基因差异及理化特征分析[D];福建农林大学;2015年

8 王春丽;AML1/ETO阳性白血病APP基因的临床意义、生物学功能及其作用机制研究[D];南方医科大学;2015年

9 高士刚;玉米弯孢叶斑病菌全基因组序列分析与致病性分化相关基因的研究[D];上海交通大学;2014年

10 严佳文;相橘溃病病防御相关基因的鉴定及功能分析[D];湖南农业大学;2014年

相关硕士学位论文 前10条

1 孙姣姣;棉铃虫Serpin基因的克隆、表达及Feeding RNAi分析[D];河北大学;2015年

2 韩国英;棉铃虫和HaCHS和CDA基因的克隆、表达及Feeding RNAi分析[D];河北大学;2015年

3 汤常永;梨‘中矮1号’矮生基因的筛选及PcAHS克隆与表达分析[D];中国农业科学院;2015年

4 王庆峰;胶质类芽孢杆菌胞外多糖调节及相关基因的转录分析[D];中国农业科学院;2015年

5 崔淼;飞蝗海藻糖酶基因的分子特性及功能研究[D];山西大学;2014年

6 郝妍妍;玉米ZmSTKR基因的表达及其蛋白的磷酸化分析[D];华中农业大学;2015年

7 申艳;Let-7b通过其靶基因-TGFβR Ⅰ调控羊驼毛生长的研究[D];山西农业大学;2015年

8 贺望兴;灵芝全局性调控基因LaeA的克隆及其在灵芝酸生物合成过程中的差异表达[D];福建师范大学;2015年

9 王洋;多氯联苯代谢过程中红球菌应激反应相关基因的研究[D];山西大学;2015年

10 冬方;鲫鱼耐盐碱基因的筛选及验证[D];上海海洋大学;2015年

，

本文编号：1354818