DGKζ、PKCβⅡ在不同毛色小鼠背部皮肤中的表达和定位
【学位单位】:山西医科大学
【学位级别】:硕士
【学位年份】:2020
【中图分类】:R394
【部分图文】:
山西医科大学硕士学位论文112结果2.1人和小鼠DGKδ的生物信息学分析2.1.1人DGKζ在各组织中的表达水平分析通过NCBI检索分析得到DGKδ在各组织中的表达水平(图1)。DGKζ在多种器官组织中有表达,在脑中表达量最高:24.732±10.369,在肝脏中表达量最低:0.867±0.181,在皮肤中的表达量为4.555±2.711。图1人DGKζ在各器官组织中的表达水平2.1.2人DGKζ转录因子的预测通过PROMO对人DGKζ启动子预测,得到23个可能结合转录因子的位点,转录因子包括:ER-alpha、C/EBPbeta、GR-alpha、Pax-5、p53、GR-beta、YY1、IRF-2、GATA-1、PRB、PRA、TCF-4E、FOXP3、c-ETS-1、AP-2alphaA、TFll-l、WT1、ETF、ENKTF-1、Sp1、RXR-alpha、STAT4、Elk-1。通过对以上转录因子进行文献检索,查阅到下列5个转录因子在黑素细胞中表达:ER-alpha、Sp1、p53、c-ETS-1、YY1(图2)。
山西医科大学硕士学位论文12图2人DGKζ转录因子的预测2.1.3人DGKδ信号肽和跨膜结构域的预测运用SignalP-5.0服务平台预测人DGKδ的潜在信号肽剪切位点,结果显示,不存在可能的信号肽裂解位点(图3),表明人DGKδ属于非分泌蛋白。运用TMHMM2.0Server对人DGKδ的跨膜结构域进行预测(图4)。由跨膜结构域的预测分析图可以看到,DGKδ无跨膜结构域,因此不可能是膜上的受体或定位于膜上。图3人DGKδ信号肽预测
山西医科大学硕士学位论文13图4人DGKδ跨膜结构域预测2.1.4人DGKδ亚细胞定位的预测亚细胞定位的预测一般是通过算法进行比较检索序列中包含的特征参数与各类相应的亚细胞定位的相似度,然后以一组概率值的形式做出判断。通过PSORT平台预测人DGKδ蛋白亚细胞定位,结果显示,其分布在细胞核(nuclear)的可能性为78.30%,分布在细胞质(cytoplasmic)的可能性为13.00%,分布于线粒体(mitochondrial)的可能性为8.70%(图5)。图5人DGKδ亚细胞定位78.30%13.00%8.70%细胞核(nuclear)细胞质(cytoplasmic)线粒体(mitochondrial)
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