骨肉瘤关键候选基因和通路的分析及构建预测总生存期的诺模图
发布时间：2020-12-16 11:17
目的 应用生物信息学的方法对骨肉瘤（Osteosarcoma,OS）基因表达谱芯片进行分析,筛选OS关键候选基因和通路并加以分析,以期从分子水平探讨OS的发病机制。构建OS的诺模图（nomogram）,以更加准确而个体化的预测OS患者的总生存期,为患者提供个性化的预后信息,并辅助临床医生为患者制定有效的治疗方案。方法 （1）从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库下载OS的基因芯片数据集的原始数据,应用生物信息学方法筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,随后利用R语言enrichplot软件包对差异基因进行基因本体论（Gene ontology,GO）及《京都基因和基因组百科全书》（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析,通过STRING在线软件、Cytoscape及其插件cytoHubba及NetworkAnalyzer对所分析出OS的显著差异基因进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein protein interaction,PPI）网络分...
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
骨肉瘤患者年龄分布图[6]
兰州大学硕士学位论文骨肉瘤关键候选基因和通路的分析及构建预测总生存期的诺模图3系列染色体遗传综合征都显示出与OS的发病有关，其中Bloom、Rothmund、Thompson和Werner综合征均表现出RecQue解旋酶家族基因缺失的特点[16]。同时，OS是遗传性视网膜母细胞瘤患者最常见的继发性肿瘤，在这些患病人群中，OS发生率约为正常人群的500倍[17]。在RB1基因突变的个体中发生OS的频率较群体发病率高，研究表明该病的发病机制中存在原代遗传与基因的相互作用[18]。2016年的一项研究发现，在生殖系抑癌基因TP53致病突变的个体中，骨肉瘤的而累计发病率达到5-11%[19]。转化生长因子β（TGF-β）蛋白影响着细胞的生长代谢，在高度恶性的OS中TGF-β1的表达明显升高。胰岛素生长因子IGF-I和IGF-Ⅱ能够结合相应的受体以发挥作用，在OS中表现出过表达。OS中CCN3过表达与其不良预后有关。而甲状旁腺激素（PTH）、甲状旁腺激素相关肽（PTHrP）和甲状旁腺激素受体（PTHR1）显示出与骨肉瘤的进展及转移有关[16]。图1-2骨肉瘤的发病机制[15]1.3骨肉瘤的发生部位OS可发生于任何部位的骨骼，但最常见的部位是股骨（42%，75%的肿瘤在股骨远端）、胫骨（19%，80%在胫骨近端）、肱骨（10%，90%在肱骨近端）；OS还可能发生在颅骨或颌骨（8%）以及骨盆(8%)；只有1.25%的OS位于肋骨[1]。
兰州大学硕士学位论文骨肉瘤关键候选基因和通路的分析及构建预测总生存期的诺模图4尽管OS最常见的部位依然在长骨干骺端，但其在四肢骨骼中的发生趋势随着年龄的增长而降低。年轻患者中OS位于长骨干骺端的约占80%，而中老年患者中约27-43%[6]。在老年患者中，OS的分布更加可变，通常还包括轴向的骨骼以及头骨[20]。图1-3骨肉瘤的发生部位[1]1.4骨肉瘤的诊断OS具有高度的侵袭性且进展迅速，在所有年龄组中，多达25%的患者在诊断时已发生转移[15]，因而其早期诊断对于患者的远期预后十分必要。目前，OS的诊断主要依据仍然是患者的临床表现、影像学检查及活组织检查。OS患者的主要临床表现为患病部位的疼痛，并且疼痛进行性加重，夜间为剧，由间歇性逐渐进展为持续性[21]。超过90%患有OS的儿童和年轻人在诊断前出现受累区域疼痛[22]。还有患者因外伤引起病理性骨折而早期发现OS的存在[23]。OS的X线片能够发现患病部位有成骨、溶骨或者混合性的骨破坏，显示出特征性的“Codman三角”以及日光照射状骨膜反应，而CT检查能够评估OS骨的完整性及转移情况[24]，MRI检查可对OS的情况进行精确的描述[21]。活组织检查仍然是OS诊断的金标准，目前认为闭合活检的安全性与准确性都优于切开活检[21]。实验室价值尚未被证明有助于骨肉瘤的诊断。然而，有研究表明血清碱性磷酸酶（ALP）和乳酸脱氢酶（LDH）等实验室检查可以作为OS患者预后的参考指标[25]。血清碱性磷酸酶（ALP）和乳酸脱氢酶（LDH）在OS治疗过程中
【参考文献】：
期刊论文
[1]骨肉瘤的诊断及治疗进展[J]. 黄志鹏,宋科官. 国际骨科学杂志. 2018(03)
[2]BMPR2 and HIF1-α overexpression in resected osteosarcoma correlates with distant metastasis and patient survival[J]. Shidong Wang,Tingting Ren,Yi Huang,Xing Bao,Kunkun Sun,Danhua Shen,Wei Guo. Chinese Journal of Cancer Research. 2017(05)
[3]硒蛋白PP1（SEPP1）过表达抑制786-O和769-P人肾癌细胞增殖并引起G2/M期阻滞[J]. 刘侃,赵超飞,陈建文,巫胜攀,姚远新,武翀,罗国雄,张旭. 细胞与分子免疫学杂志. 2016(06)
[4]核因子κB信号转导通路与肿瘤关系的研究进展[J]. 崔哲浩,玄云泽. 世界最新医学信息文摘. 2015(21)
[5]骨肉瘤发病机制的研究进展[J]. 赵亚恒,冯和林,郑丽华,贾志峰,冯建刚. 肿瘤防治研究. 2014(03)
[6]p53信号通路与肿瘤关系的研究进展[J]. 徐文达,高平,杨文君. 宁夏医科大学学报. 2012(09)
[7]骨肉瘤发病机制的分子生物学研究现状[J]. 章权. 中国医学创新. 2009(29)
[8]PI3K-Akt信号通路与肿瘤细胞凋亡关系的研究进展[J]. 黄秀兰,崔国辉,周克元. 癌症. 2008(03)
硕士论文
[1]基于AJCC分期系统建立的四肢骨肉瘤临床预测模型[D]. 杨彬.桂林医学院 2019
本文编号：2920043
【文章来源】：兰州大学甘肃省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：55 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
骨肉瘤患者年龄分布图[6]
兰州大学硕士学位论文骨肉瘤关键候选基因和通路的分析及构建预测总生存期的诺模图3系列染色体遗传综合征都显示出与OS的发病有关，其中Bloom、Rothmund、Thompson和Werner综合征均表现出RecQue解旋酶家族基因缺失的特点[16]。同时，OS是遗传性视网膜母细胞瘤患者最常见的继发性肿瘤，在这些患病人群中，OS发生率约为正常人群的500倍[17]。在RB1基因突变的个体中发生OS的频率较群体发病率高，研究表明该病的发病机制中存在原代遗传与基因的相互作用[18]。2016年的一项研究发现，在生殖系抑癌基因TP53致病突变的个体中，骨肉瘤的而累计发病率达到5-11%[19]。转化生长因子β（TGF-β）蛋白影响着细胞的生长代谢，在高度恶性的OS中TGF-β1的表达明显升高。胰岛素生长因子IGF-I和IGF-Ⅱ能够结合相应的受体以发挥作用，在OS中表现出过表达。OS中CCN3过表达与其不良预后有关。而甲状旁腺激素（PTH）、甲状旁腺激素相关肽（PTHrP）和甲状旁腺激素受体（PTHR1）显示出与骨肉瘤的进展及转移有关[16]。图1-2骨肉瘤的发病机制[15]1.3骨肉瘤的发生部位OS可发生于任何部位的骨骼，但最常见的部位是股骨（42%，75%的肿瘤在股骨远端）、胫骨（19%，80%在胫骨近端）、肱骨（10%，90%在肱骨近端）；OS还可能发生在颅骨或颌骨（8%）以及骨盆(8%)；只有1.25%的OS位于肋骨[1]。
兰州大学硕士学位论文骨肉瘤关键候选基因和通路的分析及构建预测总生存期的诺模图4尽管OS最常见的部位依然在长骨干骺端，但其在四肢骨骼中的发生趋势随着年龄的增长而降低。年轻患者中OS位于长骨干骺端的约占80%，而中老年患者中约27-43%[6]。在老年患者中，OS的分布更加可变，通常还包括轴向的骨骼以及头骨[20]。图1-3骨肉瘤的发生部位[1]1.4骨肉瘤的诊断OS具有高度的侵袭性且进展迅速，在所有年龄组中，多达25%的患者在诊断时已发生转移[15]，因而其早期诊断对于患者的远期预后十分必要。目前，OS的诊断主要依据仍然是患者的临床表现、影像学检查及活组织检查。OS患者的主要临床表现为患病部位的疼痛，并且疼痛进行性加重，夜间为剧，由间歇性逐渐进展为持续性[21]。超过90%患有OS的儿童和年轻人在诊断前出现受累区域疼痛[22]。还有患者因外伤引起病理性骨折而早期发现OS的存在[23]。OS的X线片能够发现患病部位有成骨、溶骨或者混合性的骨破坏，显示出特征性的“Codman三角”以及日光照射状骨膜反应，而CT检查能够评估OS骨的完整性及转移情况[24]，MRI检查可对OS的情况进行精确的描述[21]。活组织检查仍然是OS诊断的金标准，目前认为闭合活检的安全性与准确性都优于切开活检[21]。实验室价值尚未被证明有助于骨肉瘤的诊断。然而，有研究表明血清碱性磷酸酶（ALP）和乳酸脱氢酶（LDH）等实验室检查可以作为OS患者预后的参考指标[25]。血清碱性磷酸酶（ALP）和乳酸脱氢酶（LDH）在OS治疗过程中
【参考文献】：
期刊论文
[1]骨肉瘤的诊断及治疗进展[J]. 黄志鹏,宋科官. 国际骨科学杂志. 2018(03)
[2]BMPR2 and HIF1-α overexpression in resected osteosarcoma correlates with distant metastasis and patient survival[J]. Shidong Wang,Tingting Ren,Yi Huang,Xing Bao,Kunkun Sun,Danhua Shen,Wei Guo. Chinese Journal of Cancer Research. 2017(05)
[3]硒蛋白PP1（SEPP1）过表达抑制786-O和769-P人肾癌细胞增殖并引起G2/M期阻滞[J]. 刘侃,赵超飞,陈建文,巫胜攀,姚远新,武翀,罗国雄,张旭. 细胞与分子免疫学杂志. 2016(06)
[4]核因子κB信号转导通路与肿瘤关系的研究进展[J]. 崔哲浩,玄云泽. 世界最新医学信息文摘. 2015(21)
[5]骨肉瘤发病机制的研究进展[J]. 赵亚恒,冯和林,郑丽华,贾志峰,冯建刚. 肿瘤防治研究. 2014(03)
[6]p53信号通路与肿瘤关系的研究进展[J]. 徐文达,高平,杨文君. 宁夏医科大学学报. 2012(09)
[7]骨肉瘤发病机制的分子生物学研究现状[J]. 章权. 中国医学创新. 2009(29)
[8]PI3K-Akt信号通路与肿瘤细胞凋亡关系的研究进展[J]. 黄秀兰,崔国辉,周克元. 癌症. 2008(03)
硕士论文
[1]基于AJCC分期系统建立的四肢骨肉瘤临床预测模型[D]. 杨彬.桂林医学院 2019
本文编号：2920043
本文链接：https://www.wllwen.com/shoufeilunwen/benkebiyelunwen/2920043.html
