鼻咽癌关键microRNA的鉴定及其与mRNA调控途径的生物信息学分析

发布时间：2020-12-24 10:56

　　目的:利用基因芯片技术和生物信息学分析方法,鉴定鼻咽癌（Nasopharyngeal Carcinoma,NPC）发病相关的关键microRNAs（miRNAs）及其miRNA-mRNA调控网络,探讨miRNA在NPC中的分子调控机制。方法:1)从基因表达综合数据库（GEO）中搜索并下载与鼻咽癌相关的miRNA和mRNA表达谱数据。应用“limma”R包筛选NPC和正常组织中差异表达的miRNAs（DEMs）和差异表达的mRNAs（DEGs）。2)通过“Venny”R软件包将各个miRNA数据集中的差异miRNAs相互重叠,任意两个数据集的共同DEMs被视为关键miRNAs。3)通过多个靶基因预测网站预测关键miRNAs调控的靶基因。4)通过“Venny”R软件包找出靶基因与DEGs的交集,这些基因被定义为交集基因。5)通过在线网站DAVID及R软件对交集基因进行基因本体论（GO）分析和通路富集（KEGG）分析。6)使用STRING数据库构建交集基因的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并使用Cytoscape软件将PPI网络可视化。7)利用Cytoscape软件构建了miRNA-m... 

【文章来源】：南华大学湖南省

【文章页数】：65 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

鼻咽癌组织与正常鼻

13（E）韦恩图示三个数据集的上调DEM（F）韦恩图示三个数据集的下调DEM图3.1鼻咽癌组织与正常鼻咽组织中差异DEM和DEG注：图3.1（A~D）中红点代表上调，蓝点代表下调，黑点代表没有显著差异，FoldChange代表倍数变化。图3.1（E~F）韦恩图中每个圆圈代表一个数据集，圆圈之间的重叠对应于数据集之间的重叠。3.3鉴定交集基因通过三个数据库预测靶基因，获得了16个DEM预测的818对miRNA-mRNA，其中包含737个mRNA。我们选取在GSE53819中的差异表达基因（DEG）与靶基因中共同出现的基因，获得了160个交集基因。（A）韦恩图示三个数据库库预测的靶基因汇总及交集（B）韦恩图示差异表达基因（DEG）与共同靶基因的交集图3.2预测靶基因及鉴定交集基因3.4GO和KEGG分析使用DAVID在线分析工具，通过对微阵列数据的综合分析确定了鼻咽癌交集基因的生物学注释，并获得了P值<0.05的上调和下调基因的GO功能富集。GO根据其与生物学过程的关联进行分类，包括分子功能（MF），生物学过程

交集基因GO富集分析

【参考文献】：
期刊论文
[1]miRNA-132通过靶向调控Bmi-1表达影响鼻咽癌细胞对放射治疗敏感性[J]. 谭洁媚,李明毅,梁颖.  新医学. 2015(07)
[2]Treatment outcomes for different subgroups of nasopharyngeal carcinoma patients treated with intensity-modulated radiation therapy[J]. Sheng-Fa Su 1,2,3,Fei Han 1,2,Chong Zhao 1,2,Ying Huang 1,2,Chun-Yan Chen 1,2,Wei-Wei Xiao 1,2,Jia-Xin Li 1,2 and Tai-Xiang Lu 1,2 1 State Key Laboratory of Oncology in South China,Guangzhou,Guangdong 510060,P.R.China;2 Department of Radiation Oncology,Sun Yat-sen University Cancer Center,Guangzhou,Guangdong 510060,P.R.China;3 Department of Oncology,Guiyang Medical College Hospital,Tumor Hospital of Guizhou,Guiyang,Guizhou 550003,P.R.China..  癌症. 2011(08)



本文编号：2935530