两种嗜盐古菌和四膜虫中circRNAs特征分析
发布时间：2020-12-31 13:41
环状RNA（circRNA）是一类特殊的闭合环状非编码RNA,在动物中主要由5’和3’端向后剪接共价结合形成,在多细胞动物中,环状RNA具有一定的进化保守性和组织特异性。目前在多个物种中已经鉴定出数量众多的circRNA,其中一些具有重要的生物学功能。古菌作为生命进化树的三大领域之一,其在分子水平上比细菌更接近真核生物。所以古菌是研究物种进化与分类必不可少的一环。四膜虫是研究染色质和基因表达调控的理想模式生物。其主要特征是具有两个细胞核-大核和微核。本文选取了两种嗜盐古菌-地中海富盐菌、西班牙盐盒菌和四膜虫,通过RNA-seq技术、生物信息学分析手段深入分析了其circRNA的来源组成和在染色体上的定位,并以分子生物学等手段,证实两种嗜盐古菌和四膜虫中部分circRNA的存在。我们在地中海富盐菌中,检测到67个circRNAs;在西班牙盐盒菌中,检测到133个circRNAs。circRNA主要定位在两种古菌染色体上,具体来源于16S rRNA、23S rRNA、16S rRNA-23S rRNA、蛋白编码基因上。我们在四膜虫B2086中,检测到109个circRNA。circRNA主...
【文章来源】：中国科学技术大学安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３．?１两种古菌在基因组上定位??图注：（Ａ）地中海富盐菌中高可信度ｃｉｒｃＲＮＡ的定位分布（Ｂ）西班牙盐盒菌中高可信度??
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性。??Ａ??Ｈａｌｏｆｅｒａｘ?ｍｅｄｉＵｒｒａｎａ?ｃｉｒｃＲＮＡ?Ｈａｌｏａｒｃｕｌａ?ｈｉｓｐａｎｉｃａ?ｄｒｃＲＮＡ??Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ＲＮａｓｅ?Ｒ?ＤＮＡ?Ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ＲＮａｓｅＲ?ＤＮＡ??？?？?＜?？?—＊?？?＊？?疇■?？?？疇．．?？——＊??ｄｒｃ１３５?ＩＢ９ＨＥ９??ｃｉｒｃｌ５７?ｃｉｒｃｌ５６?ｍＨＨＳＳｍＨ??—ｄｒｃｉ６１?＾ｍ＾ｍｎ??Ｂ??Ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｓｉｔｅ?Ｊｕｎｃｔｉｏｎ?ｓｉｔｅ??ｏｏ??图３．?３?ＲＴ－ＰＣＲ验证地中海富盐菌、西班牙盐盒菌中ｃｉｒｃＲＮＡ??图注：（Ａ）地中海富盐菌中验证ｃｉｒｃＲＮＡ?（左）；西班牙盐盒菌中验证ｃｉｒｃＲＮＡ?（右）；Ｔｏｔａｌ??ＲＮＡ、ＲＮａｓｅ?Ｒ消化的ＲＮＡ，?ｇＤＮＡ为负参照模板进行ＲＴ－ＰＣＲ，?ＲＴ－ＰＣＲ扩增结果，以??ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ?（背对背箭头）为引物，可扩增ｃｉｒｃＲＮＡ；以ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ?（头对头箭头为引物，可扩??增线性和ｃｉｒｃＲＮＡ。（Ｂ）背对背箭头为ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ引物，头对头箭头为ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ引物，蓝??色圆圈表示ＲＮＡ模板，黄色线表示预期的ＲＴ－ＰＣＲ产物。（背对背箭头为Ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ引物，??头对头箭头为ｃｏｎｖｅｒｇｅｎｔ引物，ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ，ＲＮａｓｅ?Ｒ消化后ＲＮＡ反转录产物为模板，ｇＤＮＡ??为负参照模板）??２８??
【参考文献】：
期刊论文
[1]Archaea, the tree of life, and cellular evolution in eukaryotes[J]. Jing XIAO,Lu FAN,Dingfeng WU,Yanbing XU,Dengxun LAI,William F.MARTIN,Ruixin ZHU,Chuanlun ZHANG. Science China(Earth Sciences). 2019(03)
[2]Non-coding RNA: a new frontier in regulatory biology[J]. Xiang-Dong Fu. National Science Review. 2014(02)
[3]De Novo Assembly Methods for Next Generation Sequencing Data[J]. Yiming He,Zhen Zhang,Xiaoqing Peng,Fangxiang Wu,Jianxin Wang. Tsinghua Science and Technology. 2013(05)
本文编号：2949704
【文章来源】：中国科学技术大学安徽省 211工程院校 985工程院校
【文章页数】：79 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图３．?１两种古菌在基因组上定位??图注：（Ａ）地中海富盐菌中高可信度ｃｉｒｃＲＮＡ的定位分布（Ｂ）西班牙盐盒菌中高可信度??
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【参考文献】：
期刊论文
[1]Archaea, the tree of life, and cellular evolution in eukaryotes[J]. Jing XIAO,Lu FAN,Dingfeng WU,Yanbing XU,Dengxun LAI,William F.MARTIN,Ruixin ZHU,Chuanlun ZHANG. Science China(Earth Sciences). 2019(03)
[2]Non-coding RNA: a new frontier in regulatory biology[J]. Xiang-Dong Fu. National Science Review. 2014(02)
[3]De Novo Assembly Methods for Next Generation Sequencing Data[J]. Yiming He,Zhen Zhang,Xiaoqing Peng,Fangxiang Wu,Jianxin Wang. Tsinghua Science and Technology. 2013(05)
本文编号：2949704
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