利用生物信息学技术探究颈动脉粥样硬化进程中的关键基因及潜在机制

发布时间：2021-02-19 23:24

　　目的:筛选公共数据库中的基因芯片以获得不同动脉粥样硬化（Atherosclerosis,AS）阶段时的测序数据;分别分析筛选出AS形成与进展时期的关键基因及潜在机制,进一步探究不同时期时AS斑块中炎症细胞的浸润情况。方法:设置纳入排除标准,对GEO（Gene Expression Omnibus）数据库及ArrayExpress数据库中的基因芯片进行检索筛选,获取不同AS阶段时的mRNA转录测序数据。根据纳入的芯片数据进行实验分组,将其分为正常对照组、动脉粥样硬化组（AS组）;早期AS组、进展期AS组。采用limma R软件包对比分析正常对照组与动脉粥样硬化组之间基因的差异表达情况,获得差异基因。采用R语言程序包将差异基因进行可视化处理,绘制相应的热图和火山图。使用DAVID数据分析平台（https://david-d.ncifcrf.gov/summary.jsp）对差异基因进行GO（Gene Ontology）和KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）分析,探究基因富集的信号通路、细胞功能和生物学过程。使用STRING数据库（htt... 

【文章来源】：南昌大学江西省 211工程院校

【文章页数】：103 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.两芯片标准化前后的箱线图

第3章结果15图2.GSE43292芯片AS组较正常血管组的DEGs的火山图及热图注：图2A为GSE43292芯片的火山图，红色的点代表相对高表达的基因（Log2(FC)>1且adjust.P<0.05），绿色的点代表相对低表达的基因（Log2(FC)<-1且adjust.P<0.05）；图2B为GSE43292芯片差异基因的热图，横坐标为样本，纵坐标代表基因名，颜色越红代表相对高表达，绿色代表相对低表达。

GSE28829芯片中进展期AS组较早期AS组DEGs的火山图（A）及热图（B）

【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]RNF10对代谢紊乱大鼠颈动脉再狭窄的作用和机制研究[D]. 余贵泉.重庆医科大学 2018



本文编号：3041852