基于生物信息学初步探索胆管癌的核心基因及其相关生物学功能

发布时间：2021-03-01 11:16

　　目的:通过生物信息学方法筛选胆管癌的潜在生物学标记,为胆管癌早期诊断、治疗及预后提供可能靶点。方法:从高通量基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）中下载胆管癌的3个基因芯片数据集及3个Micro RNA芯片数据集并筛选得到差异表达基因（Differentially expressed genes,DEGs）及差异表达微小核糖核酸（differentially expressed Micro RNAs,DEMs）。利用生物信息数据库DAVIA（Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery）对DEGs进行基因本体（gene ontology,GO）注释及KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路分析。进一步构建DEGs的蛋白互作网络（proteinprotein interaction network,PPI）并筛选核心网络。通过软件预测DEMs的靶基因并与DEGs取交集后得到核心基因及与其对应的Micro RNA。通过基因表... 

【文章来源】：重庆医科大学重庆市

【文章页数】：37 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

DEGs和DEMs的交集图

重庆医科大学硕士研究生学位论文10生物合成与PPAR信号转导（biosynthesisofaminoacidsandPPARsignaling）（图2）。图2DEGs的GO注释及KEGG通路富集Figure2GOandKEGGpathwayenrichmentanalysisofDEGsinCHOLsamples

重庆医科大学硕士研究生学位论文112.3PPI构建使用STRING在线数据库构建DEGs的PPI并使用软件Cytoscape对其进行可视化呈现（图3-A），使用Cytoscape中的MCODE插件筛选出核心网络并进行可视化呈现（图3-B）。诸如APOA1,HP,FGG等参与构建核心网络的基因的GO注释和KEGG通路分析显示这些基因富集于PPAR信号通路（PPARsignalingpath-way）、补体（Complement）和凝血级联（coagulationcascades）（图4）。图3DEGs的PPI网络及PPI核心网络Figure3PPInetworkandthemostsignificantmoduleofDEGs2.4DEMs的靶基因预测对2个DEMs（Has-miR-1-3p，Has-miR-125a-5p）分别使用MirDIP、miRTarBase和miRDB三个在线软件同时进行预测。Has-miR-1-3p的靶基因分别有1320个（mirDIP）、418个（miRDB）、1009个（miRTarBase），并且对三个结果取交集后得到137个共同靶基因（图5-A）。Has-miR-125a-5p的靶基因分别有1389个（mirDIP）、479个（miRDB）、306个（miRTarBase），同样对三个结果取交集后得到50个共同靶基因（图5-B）。

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：3057402