新疆羊痘病毒分离株ANK基因家族序列分析及其缺失对宿主细胞转录水平的影响
发布时间：2021-03-27 22:08
羊痘是由羊痘病毒引起羊的一种急性、接触性传染病,在世界范围流行。羊痘病毒含有5个ANK基因,推测其与病毒的宿主范围有关,本论文对5株新疆羊痘病毒分离株及疫苗株的ANK基因序列进行比较分析,并在缺失ANK基因的情况下研究其对病毒复制和宿主细胞的影响。得到结果如下:1.成功克隆6株羊痘病毒ANK基因30个,经测序及序列分析表明,ANK基因138共有55个核苷酸产生突变,导致25个氨基酸产生突变;ANK基因140共有44个核苷酸产生突变,导致17个氨基酸产生突变;ANK基因141.2共有40个核苷酸产生突变,导致23个氨基酸产生突变;ANK基因145共有55个核苷酸产生突变,导致26个氨基酸产生突变。从遗传进化树来看,新疆株与印度株亲缘关系最接近,特别是ANK010基因,新疆株直接与印度毒株独立聚于一支,与其他毒株有明显差异。对于其他4个ANK基因,各新疆株均与其他参考株分别聚成GTPV和SPPV两个种系,且同种系中新疆株与印度株仍然较为亲近。不同的是新疆分离株GTPV-SS,其5个ANK基因均与SPPV种系聚于一簇,推测该毒株可能是SSPV跨物种传播给山羊的结果。2.本研究成功制备了绵羊睾...
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Thx，SS，KS，YM，M1，M2毒株ANK基因010，138，140，141.2，145电泳图
塔里木大学硕士学位论文第2章6株新疆羊痘病毒分离株ANK基因序列分析21图2-1Thx，SS，KS，YM，M1，M2毒株ANK基因010，138，140，141.2，145电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:2000bp，泳道1-6：目的基因PCR结果2.2.2ANK基因010、138、140、141.2和145克隆的菌液PCR检测（部分）图2-2Thx株ANK基因010菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:2000bp，泳道1-24：Thx株ANK基因010菌液PCR电泳结果，其中2-8泳道，10-24泳道为阳性结果
塔里木大学硕士学位论文第2章6株新疆羊痘病毒分离株ANK基因序列分析22图2-3Thx株ANK基因141.2菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:8000bp，泳道1-12：Thx株ANK基因141.2菌液PCR电泳结果，其中1,3,5,7泳道为阳性结果图2-4Thx株ANK基因145菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:8000bp，泳道1-7：Thx株ANK基因145菌液PCR电泳结果，其中3-7泳道为阳性结果2.2.3ANK010、138、140、141.2和145序列分析序列比对结果表明，由于核苷酸的插入或缺失，一些ANK基因呈现移码突变，不能正常编码氨基酸。KS株的ANK基因138（第142位插入A），M1菌株ANK基因141.2（第724位插入A），M2菌株的ANK基因140（分别在28、37位缺失A），YM疫苗株ANK基因138（分别在142位插入A）、140（插入C，并缺失T在1451、1460位）和141.2（在第790、806位缺失T）。此外，在不同的病毒株中，例如ANK基因010（KS和M1株），ANK基因138（SS、M1和M2株或KS和YM株），ANK基因140（SS和M1株），ANK基因141.2（Thx和KS株）和ANK基因145（SS、M1和M2株）都有100%相似的核苷酸序列。6个新疆株和GTPV印度/P62参考株的ANK基因（010，138，140，141.2，145）分别达到97.18-100%，96.22-99.74%，96.33-99.93%，96.33-99.93%，95.67-99.78%的核苷酸相似性，氨基酸相似性分别为96.2-100%，96.2%-99.8%，96.2-100%，93.8-99.8%，92.7-99.6%（详见表2-6）。对这些ANK基
本文编号：3104316
【文章来源】：塔里木大学新疆维吾尔自治区
【文章页数】：99 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
Thx，SS，KS，YM，M1，M2毒株ANK基因010，138，140，141.2，145电泳图
塔里木大学硕士学位论文第2章6株新疆羊痘病毒分离株ANK基因序列分析21图2-1Thx，SS，KS，YM，M1，M2毒株ANK基因010，138，140，141.2，145电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:2000bp，泳道1-6：目的基因PCR结果2.2.2ANK基因010、138、140、141.2和145克隆的菌液PCR检测（部分）图2-2Thx株ANK基因010菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:2000bp，泳道1-24：Thx株ANK基因010菌液PCR电泳结果，其中2-8泳道，10-24泳道为阳性结果
塔里木大学硕士学位论文第2章6株新疆羊痘病毒分离株ANK基因序列分析22图2-3Thx株ANK基因141.2菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:8000bp，泳道1-12：Thx株ANK基因141.2菌液PCR电泳结果，其中1,3,5,7泳道为阳性结果图2-4Thx株ANK基因145菌液PCR电泳图注：泳道M：DNA分子量标记，DL:8000bp，泳道1-7：Thx株ANK基因145菌液PCR电泳结果，其中3-7泳道为阳性结果2.2.3ANK010、138、140、141.2和145序列分析序列比对结果表明，由于核苷酸的插入或缺失，一些ANK基因呈现移码突变，不能正常编码氨基酸。KS株的ANK基因138（第142位插入A），M1菌株ANK基因141.2（第724位插入A），M2菌株的ANK基因140（分别在28、37位缺失A），YM疫苗株ANK基因138（分别在142位插入A）、140（插入C，并缺失T在1451、1460位）和141.2（在第790、806位缺失T）。此外，在不同的病毒株中，例如ANK基因010（KS和M1株），ANK基因138（SS、M1和M2株或KS和YM株），ANK基因140（SS和M1株），ANK基因141.2（Thx和KS株）和ANK基因145（SS、M1和M2株）都有100%相似的核苷酸序列。6个新疆株和GTPV印度/P62参考株的ANK基因（010，138，140，141.2，145）分别达到97.18-100%，96.22-99.74%，96.33-99.93%，96.33-99.93%，95.67-99.78%的核苷酸相似性，氨基酸相似性分别为96.2-100%，96.2%-99.8%，96.2-100%，93.8-99.8%，92.7-99.6%（详见表2-6）。对这些ANK基
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