基于生物信息学筛选基底样乳腺癌的差异表达基因

发布时间：2021-06-15 20:01

　　目的:基底样乳腺癌（Basal-like breast cancer,BLBC）是乳腺癌中最具侵袭性的亚型,与不良结局有关。BLBC具有三阴性表型,且分子机制尚未完全被发现,因此BLBC缺乏有效的治疗。本研究拟通过生物信息学分析,筛选BLBC的差异表达基因（DEGs）,对DEGs进行分析,探索与BLBC相关的潜在基因特征,为BLBC进一步研究提供思路。方法:1.分析来自美国国立生物技术信息中心（NCBI）的基因表达数据库（GEO）下载需要的BLBC和非基底样乳腺癌（non-basal-like breast cancer,nBLBC）的微阵列数据集（GSE25066）。评估基因芯片数据质量后,利用R语言和Bioconductor插件,通过设置筛选条件P<0.01,差异表达倍数（log₂FC）>1或<-1,筛选出DEGs。利用R软件的ClusterProfiler插件和KOBAS 3.0在线数据库对DEGs进行相关基因功能富集分析和信号通路富集分析,同时通过STRING在线数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络（PPI）,将结果导入Cytoscape软件... 

【文章来源】：西南医科大学四川省

【文章页数】：67 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

相对对数表达箱线图

RNA降解图

-18-图3火山图（红色点是上调差异表达基因，绿色点是下调差异表达基因，蓝色点是差异表达倍数log2FC＞2或＜-2的差异表达基因）FIG.3volcanomap(reddotsareup-regulateddifferentiallyexpressedgenes,greendotsaredown-regulateddifferentiallyexpressedgenes,andbluedotsaredifferentiallyexpressed（logFC）＞2or＜-2differentiallyexpressedgenes)3差异表达基因GO功能富集分析使用R语言的ClusterProfiler包，设置筛选条件：pAdjustMethod=”BH”、pvalueCutoff=0.05、qvalueCutoff=0.2，分别对上调差异表达基因和下调差异表达基因进行GO功能分析。上调差异表达基因参与腺体发育、姐妹染色单体分离、微管细胞骨架组织参与有丝分裂调控、有丝分裂中期/后期的调控、染色体分离、有丝分裂纺锤体组织、淋巴细胞迁移的调节、细胞粘附的负调控、上皮向间质转化的正向调节、有丝分裂纺锤体组装检查点和纺锤体组装等生物过程；细胞外基质、基于肌动蛋白的细胞投射、分泌颗粒内腔、染色质、胞质囊腔和染色体，着丝粒区等细胞成分；G蛋白偶联受体结合、丝氨酸型内肽酶活性、钙粘着蛋白结合、DNA结合转录激活活性、RNA聚合酶II特异性和糖胺聚糖结合等分子功能。下调差异表达基因主要参与腺体发育、生殖结构发育、胰岛素样生长因子受体信号途径、单

【参考文献】：
期刊论文
[1]三阴性乳腺癌分子分型与个体化靶向治疗现状[J]. 徐倩倩,王常珺,孙强.  中华肿瘤防治杂志. 2017(11)



本文编号：3231678