基于140种植物全基因组序列的SSRs比较分析与长SSRs潜在功能的初探

发布时间：2021-10-24 20:43

　　简单重复序列（Simple sequence repeats,SSRs）是一种DNA重复序列,大量存在于真核生物和原核生物的基因组中。分子生物学技术与生物信息学的飞速发展使得SSRs分子标记成为生态学应用中最流行,用途最广泛的标记类型。不仅如此,SSRs在生物生长发育过程及适应性进化等方面也起到至关重要的作用。基于SSRs的这些特性结合目前已经发布的植物基因组数据,我们针对目前测序完成的140种植物,利用比较基因组学等生物信息学方法对其基因组SSRs进行了分析,其结果如下。1.植物基因组特征及其与SSRs特征之间的关系目前已测序完成的物种中裸子植物拥有最大的基因组（平均为16,529Mbp）,藻类植物的基因组大小差异最明显（最大基因组是最小基因组的167倍）。蕨类植物的基因组较小,被子植物中单子叶植物基因组比双子叶植物基因组大,双子叶植物类群中不同科之间的基因组也存在一定差异（大小为均值比较）。使用MISA程序总共鉴定出283,867,588个SSRs。结果表明,总体而言基因组大小与SSRs的数量呈强正相关关系,而与SSRs的密度呈弱负相关关系。藻类植物的SSRs密度差异较大,而在被子... 

【文章来源】：山东农业大学山东省

【文章页数】：58 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

各组（亚组）代表植物在系统发育树中的位置

山东农业大学硕士学位论文13含有3,202,091个SSRs，其基因组大小为1,650Mbp。排在它之后的两种物种（分别有3,163,417和3,155,742个SSRs）是兰科的一种杂交蝴蝶兰（Phalaenopsishybridcultivar）和锦葵科的海岛棉（Gossypiumbarbadense），杂交蝴蝶兰的基因组大小为2,550Mbp海岛棉的基因组大小为2,420Mbp要大于它的基因组，甚至包括SSRs数量不在前15中的玉米（Zeamays）、林烟草（Nicotianasylvestris）、梵尼兰（Vanillaplanifolia）、普通烟草（Nicotianaattenuata）的基因组均大于布式轮藻。图3-2A基因组大小和SSRS数量之间的关系;B基因组大小和SSRS分布密度之间的关系Fig.3-2ARelationshipbetweengenomesizewithSSRsnumber;BRelationshipbetweengenomesizewithSSRsdensity另一方面，SSRs数量最少的15种植物中，包括1种苔藓植物、2种蕨类植物、3种双子叶植物和9种藻类植物。其中三角褐指藻（Phaeodactylumtricornutum）的SSRs数量最少，只有18,490个。数量最少的三种植物均为藻类植物，绿色鞭毛藻（Ostreococcuslucimarinus）SSRs数量为34,001，胶球藻（Coccomyxasubellipsoidea）SSRs数量为42,742。我们将SSRs在基因组上的分布做了标准化的统计，分析了SSRs的分布密度（即每Mb基因组中覆盖的SSRs长度）。与SSRs的丰富度不同，SSRs密度与基因组大小呈弱的负相关关系（r=-0.305,P<0.01）。在基因组较小的情况下，

基于140种植物全基因组序列的SSRs比较分析与长SSRs潜在功能的初探14SSRs密度的分布较为分散，但是在基因组较大的情况下，密度趋向于变小（图3-2B）。图3-3六种分类群中SSRs的分布密度Fig.3-3SSRsdensitiesdistributionofsixgroups藻类植物微茫藻（Micractiniumconductrix）是SSRs分布密度排名最高的植物，其密度为58Kb/Mb即5.8%的基因组被SSRs所覆盖，然而同样是SSRs分布数最低的15

【参考文献】：
期刊论文
[1]植物基因组测序的研究进展[J]. 陈勇,柳亦松,曾建国.  生命科学研究. 2014(01)
[2]微卫星分子标记在昆虫分子生态学研究上的应用[J]. 孙荆涛,杨现明,葛成,洪晓月.  南京农业大学学报. 2012(05)
[3]DNA分子标记技术在生态学研究中的应用[J]. 杨华南,彭光旭,晏毓晨,付秀芹,颜亨梅.  生命科学研究. 2004(S1)



本文编号：3455944