鱼类Ⅱ型干扰素及其受体进化的研究
发布时间：2022-07-16 16:58
哺乳动物中,Ⅱ型干扰素（Type II Interferon）是机体免疫细胞受到干扰素诱生剂刺激后所产生的一类糖蛋白,在抵抗胞内细菌感染和病毒的过程中发挥着重要的作用。目前自然界中共发现两种Ⅱ型干扰素——IFN-γ和IFN-γrel,其中IFN-γrel为鱼类所特有。鱼类IFN-γ与低等脊椎动物IFN-γ的同源性较高,对其进化历史的研究较为完整。然而,关于IFN-γrel的起源、在鱼类进化过程中的地位和分歧变化、与受体之间的协同进化关系、与IFN-γ进化历史的分析比较等问题尚未弄清。因此,本论文将围绕上述问题全面探讨鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的进化。首先,本文通过对鱼类现有的基因组数据进行全面的分析考察,补充并完善了硬骨鱼纲中的Ⅱ型干扰素及其受体的基因信息。如在亚洲龙鱼（Scleropages formosus）基因组中发现了IFN-γrel,这是首次在最原始的真骨鱼（teleostei）中找到IFN-γrel基因存在的证据。其次,本文使用最大似然法和贝叶斯法对进化节点鱼类Ⅱ型干扰素及其受体进行系统发生重建,结果表明IFN-γrel的进化历史在真骨鱼进化早期和晚期有着显著的不同,与IFN-...
【文章页数】：149 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
1.1 研究工作背景和研究进展
1.1.1 鱼类进化和基因复制研究
1.1.2 Ⅱ型干扰素及其受体的结构和功能
1.2 本论文相关研究方法简介
1.2.1 分子系统发生学概述
1.2.2 协同系统发生关系研究概述
1.2.3 选择压力分析研究概述
1.3 本文研究内容与意义
第二章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的序列分析
2.1 实验方法与技术
2.1.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体序列的获取
2.1.2 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体序列的预测
2.1.3 鱼类进化节点物种的选取
2.2 实验结果
2.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因序列信息的分析
2.2.2 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因座的分析
2.2.3 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因结构的分析
2.3 分析与讨论
第三章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的系统发生分析
3.1 实验方法和技术
3.1.1 多序列比对算法的选择与设置
3.1.2 多序列比对结果保守区域的选择
3.1.3 系统发生重建软件的选择与设置
3.2 实验结果
3.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体氨基酸多序列比对结果
3.2.2 基于贝叶斯信息标准法(BIC)的进化模型拟合度测量结果分析
3.2.3 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的系统发生重建
3.3 分析与讨论
第四章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体协同系统发生关系的研究
4.1 实验方法与技术
4.1.1 整体拟合法协同发生参数设置
4.1.2 基于事件法协同发生参数设置
4.2 实验结果
4.2.1 整体拟合法协同系统发生关系分析
4.2.2 基于事件法协同系统发生分析
4.3 分析与讨论
第五章 鱼类Ⅱ型干扰素的选择压力分析
5.1 实验方法与技术
5.1.1 选择压力分析模型的选择
5.1.2 核苷酸序列替换饱和度分析
5.1.3 基于蛋白编码序列的系统发生重建
5.2 实验结果
5.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素多序列比对结果与替换饱和度检测
5.2.2 鱼类Ⅱ型干扰素编码序列的系统发生重建
5.2.3 IFNγ与 IFNγrel的氨基酸选择压力分析
5.3 分析与讨论
第六章 全文总结与展望
6.1 全文总结
6.2 后续工作展望
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间取得的成果
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]Divergence, evolution and adaptation in ray-finned fish genomes[J]. Chao Bian,Yu Huang,Jia Li,Xinxin You,Yunhai Yi,Wei Ge,Qiong Shi. Science China（Life Sciences）. 2019(08)
[2]人类的面孔如何从鱼形祖先演化而来?[J]. 朱幼安,朱敏. 科学通报. 2017(15)
[3]日本鳗鲡IFN-γ基因的鉴定、表达模式及启动子活性分析[J]. 彭喜霞,黄贝,段利朋,李春艳,梁英,聂品,黄文树. 水生生物学报. 2017(03)
[4]人类颌骨源何处——志留纪古鱼“王国”出新知[J]. 朱幼安,朱敏. 科学. 2017(01)
[5]毛蚜属Chaitophorus蚜虫（半翅目:蚜科:毛蚜亚科）与初级内共生菌Buchnera的演化关系[J]. 杨雪,姜立云,陈静,乔格侠. 应用昆虫学报. 2016(06)
[6]协同系统发生的研究方法[J]. 王智. 生物信息学. 2014(01)
[7]生命之树及其应用[J]. 鲁丽敏,孙苗,张景博,李洪雷,林立,杨拓,陈闽,陈之端. 生物多样性. 2014(01)
[8]常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰[J]. 张丽娜,荣昌鹤,何远,关琼,何彬,朱兴文,刘佳妮,陈红菊. 动物学研究. 2013(06)
[9]系统发育分析中的最大简约法及其优化[J]. 郑巍,罗阿蓉,史卫峰,郑为民,朱朝东. 昆虫学报. 2013(10)
[10]分子系统学研究进展[J]. 陈军,李琪,孔令锋. 生命科学. 2013(05)
博士论文
[1]中国鮡科鱼类系统发育、生物地理及高原适应进化研究[D]. 马秀慧.西南大学 2015
[2]蜡蚧科昆虫分子鉴定及其与扁角跳小蜂的协同系统发生关系研究[D]. 邓鋆.北京林业大学 2015
[3]四种蝗虫线粒体基因组测序及系统发生分析[D]. 曾慧花.陕西师范大学 2013
硕士论文
[1]骨鳔鱼类多样性格局形成机制研究[D]. 马爱喆.河南师范大学 2018
[2]基于DNA条形码的系统发生树构建[D]. 莫瑞峰.吉林大学 2014
[3]进化树构建算法的研究与改进[D]. 邢林林.哈尔滨工业大学 2012
[4]基于距离矩阵的进化树构建方法研究[D]. 朱雯.湖南大学 2010
本文编号：3662901
【文章页数】：149 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
1.1 研究工作背景和研究进展
1.1.1 鱼类进化和基因复制研究
1.1.2 Ⅱ型干扰素及其受体的结构和功能
1.2 本论文相关研究方法简介
1.2.1 分子系统发生学概述
1.2.2 协同系统发生关系研究概述
1.2.3 选择压力分析研究概述
1.3 本文研究内容与意义
第二章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的序列分析
2.1 实验方法与技术
2.1.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体序列的获取
2.1.2 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体序列的预测
2.1.3 鱼类进化节点物种的选取
2.2 实验结果
2.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因序列信息的分析
2.2.2 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因座的分析
2.2.3 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体基因结构的分析
2.3 分析与讨论
第三章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的系统发生分析
3.1 实验方法和技术
3.1.1 多序列比对算法的选择与设置
3.1.2 多序列比对结果保守区域的选择
3.1.3 系统发生重建软件的选择与设置
3.2 实验结果
3.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体氨基酸多序列比对结果
3.2.2 基于贝叶斯信息标准法(BIC)的进化模型拟合度测量结果分析
3.2.3 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体的系统发生重建
3.3 分析与讨论
第四章 鱼类Ⅱ型干扰素及其受体协同系统发生关系的研究
4.1 实验方法与技术
4.1.1 整体拟合法协同发生参数设置
4.1.2 基于事件法协同发生参数设置
4.2 实验结果
4.2.1 整体拟合法协同系统发生关系分析
4.2.2 基于事件法协同系统发生分析
4.3 分析与讨论
第五章 鱼类Ⅱ型干扰素的选择压力分析
5.1 实验方法与技术
5.1.1 选择压力分析模型的选择
5.1.2 核苷酸序列替换饱和度分析
5.1.3 基于蛋白编码序列的系统发生重建
5.2 实验结果
5.2.1 鱼类Ⅱ型干扰素多序列比对结果与替换饱和度检测
5.2.2 鱼类Ⅱ型干扰素编码序列的系统发生重建
5.2.3 IFNγ与 IFNγrel的氨基酸选择压力分析
5.3 分析与讨论
第六章 全文总结与展望
6.1 全文总结
6.2 后续工作展望
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间取得的成果
附录
【参考文献】：
期刊论文
[1]Divergence, evolution and adaptation in ray-finned fish genomes[J]. Chao Bian,Yu Huang,Jia Li,Xinxin You,Yunhai Yi,Wei Ge,Qiong Shi. Science China（Life Sciences）. 2019(08)
[2]人类的面孔如何从鱼形祖先演化而来?[J]. 朱幼安,朱敏. 科学通报. 2017(15)
[3]日本鳗鲡IFN-γ基因的鉴定、表达模式及启动子活性分析[J]. 彭喜霞,黄贝,段利朋,李春艳,梁英,聂品,黄文树. 水生生物学报. 2017(03)
[4]人类颌骨源何处——志留纪古鱼“王国”出新知[J]. 朱幼安,朱敏. 科学. 2017(01)
[5]毛蚜属Chaitophorus蚜虫（半翅目:蚜科:毛蚜亚科）与初级内共生菌Buchnera的演化关系[J]. 杨雪,姜立云,陈静,乔格侠. 应用昆虫学报. 2016(06)
[6]协同系统发生的研究方法[J]. 王智. 生物信息学. 2014(01)
[7]生命之树及其应用[J]. 鲁丽敏,孙苗,张景博,李洪雷,林立,杨拓,陈闽,陈之端. 生物多样性. 2014(01)
[8]常用系统发育树构建算法和软件鸟瞰[J]. 张丽娜,荣昌鹤,何远,关琼,何彬,朱兴文,刘佳妮,陈红菊. 动物学研究. 2013(06)
[9]系统发育分析中的最大简约法及其优化[J]. 郑巍,罗阿蓉,史卫峰,郑为民,朱朝东. 昆虫学报. 2013(10)
[10]分子系统学研究进展[J]. 陈军,李琪,孔令锋. 生命科学. 2013(05)
博士论文
[1]中国鮡科鱼类系统发育、生物地理及高原适应进化研究[D]. 马秀慧.西南大学 2015
[2]蜡蚧科昆虫分子鉴定及其与扁角跳小蜂的协同系统发生关系研究[D]. 邓鋆.北京林业大学 2015
[3]四种蝗虫线粒体基因组测序及系统发生分析[D]. 曾慧花.陕西师范大学 2013
硕士论文
[1]骨鳔鱼类多样性格局形成机制研究[D]. 马爱喆.河南师范大学 2018
[2]基于DNA条形码的系统发生树构建[D]. 莫瑞峰.吉林大学 2014
[3]进化树构建算法的研究与改进[D]. 邢林林.哈尔滨工业大学 2012
[4]基于距离矩阵的进化树构建方法研究[D]. 朱雯.湖南大学 2010
本文编号：3662901
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