肠道微生物数据库构建及有益代谢物的挖掘研究

发布时间：2022-10-29 15:21

　　人体肠道内的各种微生物对宿主的健康和疾病起着重要的作用。许多研究表明,微生物组中某些细菌数量的增加或减少可以缓解疾病。虽然关于微生物的变化是如何改善人类疾病的机制研究并不多,但这些内在机制的深入研究却非常重要。对这些已知信息的整理收集能够帮助我们更加全面了解肠道微生物的作用机制,有效推动微生物治疗的发展。基于此,我们构建了一个叫作GMAHD（the database of how Gut Microbes Affect Human Diseases）的数据库,收集归纳这些已知的机制信息。目前数据库共有121条记录涉及83种肠道微生物和34种疾病,该在线数据库可以通过http://cefg.uestc.cn/gmahd访问,所有的数据都可以免费下载且无需注册。肠道微生物能合成不同的代谢物,这些代谢物是潜在的候选药物,因此在GMAHD中,我们还增加了肠道微生物的代谢物信息。我们结合了HMDAD（http://www.cuilab.cn/hmdad）数据库的疾病与微生物关联信息,最终共有39种疾病被纳入我们的基于肠道微生物代谢物的疾病关联分析,这些信息均源自于已有的研究文献。在我们收集的文献... 

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 肠道微生物与疾病关系的研究现状
        1.1.1 肠道微生物概述
        1.1.2 肠道微生物与癌症
        1.1.3 肠道微生物与糖尿病
    1.2 肠道微生物数据库介绍
    1.3 肠道微生物代谢物作为潜在药物的研究现状
    1.4 本论文结构安排
第二章 肠道微生物机制数据库的构建
    2.1 引言
    2.2 数据来源与处理
        2.2.1 主要流程
        2.2.2 数据类型
        2.2.3 数据总结
    2.3 GMAHD的网页
    2.4 本章小结
第三章 基于微生物代谢物的疾病关联分析
    3.1 引言
    3.2 基于肠道微生物代谢物的疾病网络分析
        3.2.1 微生物代谢物与疾病数据收集
        3.2.2 微生物代谢物与疾病关系量化
        3.2.3 利用余弦值去冗余
        3.2.4 网络分析结果
        3.2.5 疾病聚类分析
    3.3 与其他疾病网络比较
        3.3.1 与基于微生物的疾病网络比较
        3.3.2 与疾病症状和基因/PPI网络比较
        3.3.3 疾病网络的敏感性分析
    3.4 挖掘有益代谢物的交并补法
        3.4.1 交并补法介绍
        3.4.2 结果的文献论证
        3.4.3 比较疾病关联分析法(矩阵法)的结果
    3.5 本章小结
第四章 全文总结及展望
致谢
参考文献
攻读硕士学位期间取得的研究成果


【参考文献】：
期刊论文
[1]探索维生素命名的奥秘[J]. 赵云茜.  中国科技术语. 2017(04)
[2]肠道菌群与疾病关系的研究进展[J]. 郭慧玲,邵玉宇,孟和毕力格,张和平.  微生物学通报. 2015(02)
[3]Fecal microbiota transplantation for severe enterocolonic fistulizing Crohn’s disease[J]. Fa-Ming Zhang,Hong-Gang Wang,Min Wang,Bo-Ta Cui,Zhi-Ning Fan,Guo-Zhong Ji.  World Journal of Gastroenterology. 2013(41)



本文编号：3697932