普氏蹄蝠的皮肤微生物组研究

发布时间：2022-11-06 12:30

　　动物的雌性个体常常倾向于选择特定的雄性作为配偶,雄性个体间也会通过性别内的直接竞争决定交配机会。无论哪种方式的性选择,获得更高生殖成功率的雄性通常在体格、健康程度、免疫力等方面有更高的优势,最终提高了后代的适合度。相关研究发现,动物的皮肤微生物组的特征与宿主的免疫力、健康状况等有密切关系;与此同时,宿主的遗传背景也常常对其皮肤微生物组的组成与结构有着重要影响。普氏蹄蝠存在典型的性别二态性,雄性个体头部的顶叶器官存在明显的大小差异,具有更大顶叶的雄性蝙蝠被认为在性选择中处于更高的优势地位。本文以普氏蹄蝠（Hipposideros pratti）为研究对象,通过对不同顶叶大小的雄性普氏蹄蝠皮肤微生物组的比较分析,揭示其顶叶形态特征与皮肤微生物组特征之间的关系。本研究通过拭子法采集雄性普氏蹄蝠的皮肤微生物,并进行16S rRNA高通量测序。在对测序结果进行质控、拼接、分类注释、多样性分析、网络结构构建、差异分析和功能注释等相关分析后,我们发现雄性普氏蹄蝠皮肤微生物群落主要有4个优势菌门,分别为拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firm... 

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【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1.1 皮肤微生物研究概述
        1.1.1 皮肤微生物与免疫
        1.1.2 皮肤微生物与疾病
        1.1.3 影响皮肤微生物的因素
    1.2 皮肤微生物的研究方法
        1.2.1 扩增子测序
        1.2.2 宏基因组测序
    1.3 性选择研究概述
        1.3.1 性别二态性概述
        1.3.2 性选择的表现形式
        1.3.3 性选择的意义
    1.4 本文的研究背景
        1.4.1 蝙蝠概述
        1.4.2 蝙蝠皮肤微生物的研究进展
        1.4.3 蝙蝠性选择研究进展
        1.4.4 本文的研究目的
第二章 材料与方法
    2.1 样品收集与基因测序
        2.1.1 实验材料的收集
        2.1.2 样品微生物的基因组提取
        2.1.3 16S rRNA扩增子文库构建及测序
    2.2 16S rRNA测序数据分析
        2.2.1 16S rRNA测序生物信息学分析
        2.2.2 alpha多样性
        2.2.3 beta多样性
        2.2.4 微生物分子生态网络结构
        2.2.5 组间差异物种分析
        2.2.6 Piphillin进行的宏基因组预测与功能比较分析
第三章 结果
    3.1 样品采集情况
    3.2 16S rRNA测序结果
    3.3 普氏蹄蝠皮肤微生物组群落组成
        3.3.1 门水平皮肤菌群的组成
        3.3.2 属水平皮肤菌群的组成
    3.4 普氏蹄蝠皮肤微生物群落结构分析
        3.4.1 普氏蹄蝠皮肤菌群alpha多样性分析
        3.4.2 普氏蹄蝠皮肤菌群beta多样性分析
    3.5 普氏蹄蝠群落结构影响因素分析
    3.6 普氏蹄蝠皮肤微生物网络结构分析
    3.7 普氏蹄蝠皮肤微生物差异分析
        3.7.1 基于LEfSe的差异分析
        3.7.2 基于随机森林的差异分析
    3.8 普氏蹄蝠皮肤微生物的宏基因组预测与功能比较分析
第四章 讨论
    4.1 普氏蹄蝠皮肤微生物多样性
    4.2 不同大小顶叶的雄性普氏蹄蝠皮肤微生物群落差异
        4.2.1 微生物群落结构差异
        4.2.2 微生物群落差异物种
        4.2.3 微生物基因功能差异
第五章 结论
    5.1 结论
    5.2 不足与展望
参考文献
附录
在学期间科研成果
致谢


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
[1]厌氧处理系统微生物群落结构与生态网络研究[D]. 陶彧.哈尔滨工业大学 2015



本文编号：3703505