升金湖越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道微生物群落结构的比较研究

发布时间：2023-03-05 02:53

　　动物肠道菌群在维持其宿主健康方面起关键作用,食性、种间关系等因素对宿主肠道微生物群落结构产生重要影响。当动物利用相同的生境时,不同种类宿主肠道微生物的相互传播的机会将增加,这种情况在越冬候鸟中更加突出。近年来由于人类活动使得适宜生境的不断消失,导致迁徙候鸟不断利用农田生境,从而增加了它们和家禽接触的机会,因此,同域候鸟和家禽的肠道微生物是值得关注的现实问题。本研究采用高通量测序技术(Illumina HiSeq)对升金湖越冬白头鹤(Grus monacha)和同域饲养灰雁(Anser anser domesticus)肠道菌群进行分析,对越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道微生物群落结构及其时间变化的比较,并进一步比较了两种宿主肠道菌群,推断了两种宿主肠道菌群的潜在致病菌。本研究取得以下主要结果:1.越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道菌群的总体组成包括29个门、364个科、690个属,各分类阶元及其丰度在两宿主肠道中表现不同程度的差异。整个越冬期白头鹤与饲养灰雁肠道中共有23.4%的细菌OTU重叠。共有的门科属占比分别是96.6%、78.6%、63.9%。门水平上的优势菌厚壁菌门(Firmicute...

【文章页数】：68 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 绪论
    1.1 动物肠道微生物研究意义
    1.2 动物肠道微生物的功能
        1.2.1 营养的摄取
        1.2.2 维护动物健康和发挥免疫功能
    1.3 野鸟与饲养灰雁肠道微生物研究进展
        1.3.1 野鸟与饲养灰雁肠道微生物研究意义
        1.3.2 野鸟与饲养灰雁肠道微生物研究现状
    1.4 影响肠道微生物群落结构的因素
        1.4.1 外源性因素对肠道微生物影响
            1.4.1.1 食性差异
            1.4.1.2 环境因素
            1.4.1.3 行为习性
        1.4.2 内源性因素对肠道微生物影响
            1.4.2.1 宿主基因
            1.4.2.2 年龄
    1.5 肠道微生物的研究方法
        1.5.1 传统的培养方法
        1.5.2 基于细菌的 16S核糖体RNA序列分析
        1.5.3 基于非测序的微生物研究分子方法
        1.5.4 基于 16S r RNA基因高通量测序分析方法
    1.6 研究的目的和意义
    1.7 研究内容
    1.8 技术路线
第二章 研究方法
    2.1 研究区域概况
    2.2 样本的采集与保存
    2.3 白头鹤与饲养灰雁粪便DNA提取
    2.4 物种的鉴定
    2.5 细菌 16S r RNA的高通量测序
    2.6 生物信息学分析
        2.6.1 OTU及物种群落分析
        2.6.2 Alpha多 样性分析
        2.6.3 其他数据分析
    2.7 潜在致病菌的鉴定
第三章 研究结果
    3.1 基于OTU水平的样本分析
    3.2 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道菌群结构分析
        3.2.1 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道菌群Alpha多样性分析
        3.2.2 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道菌群分析
        3.2.3 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道核心微生物分析
        3.2.4 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道微生物差异菌群分析
        3.2.5 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道微生物菌群组成分析
    3.3 越冬期不同时段白头鹤肠道菌群结构分析
        3.3.1 越冬期不同时段白头鹤肠道菌群Alpha多样性分析
        3.3.2 越冬期不同时段白头鹤肠道核心微生物差异性分析
        3.3.3 越冬期不同时段白头鹤肠道微生物菌群组成分析
    3.4 越冬期不同时段饲养灰雁肠道菌群结构分析
        3.4.1 越冬期不同时段同域饲养灰雁肠道菌群Alpha多样性分析
        3.4.2 越冬期不同时段同域饲养灰雁肠道核心微生物差异性分析
        3.4.3 越冬期不同时段饲养灰雁肠道微生物菌群组成分析
    3.5 越冬期白头鹤与同域饲养灰雁肠道潜在病原微生物结构分析
        3.5.1 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道潜在病原菌Alpha多样性分析
        3.5.2 越冬白头鹤与同域饲养灰雁肠道潜在病原菌组成分析
第四章 讨论
    4.1 越冬期白头鹤与饲养灰雁肠道菌群差异分析
    4.2 越冬期不同时段白头鹤与饲养灰雁肠道菌群分析
    4.3 越冬白头鹤与饲养灰雁肠道潜在病原菌分析
第五章 结论与展望
    5.1 结论
    5.2 展望
参考文献
攻读硕士学位期间取得的学术成果
致谢
攻读硕士学位期间科研情况



本文编号：3755551