改进的RNA-Seq数据转录组表达分析研究

发布时间：2017-07-04 15:13

  本文关键词：改进的RNA-Seq数据转录组表达分析研究

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【摘要】：基于高通量测序的RNA-Seq(RNA-sequencing)是用于转录组研究的一种新技术,针对该技术在转录组表达分析研究中存在的读段多源映射和读段非均匀分布等难点,提出一个改进的转录组表达研究方法 LDASeqII(Improvement of latent Dirichlet allocation for sequencing data)。模型利用剪接异构体结构信息对参数进行约束并进行外显子读段数目归一化处理,解决了读段非均匀分布下的多源映射问题。通过引入"伪外显子"和"伪转录本"分别处理接合区读段和噪声读段。将模型应用到真实数据集上,并与原LDASeq(Latent Dirichlet allocation for sequencing data)模型和目前流行的Cufflinks与RSEM(RNA-Seq by expectation maximization)方法进行对比。结果显示,改进方法获得了更为准确的转录本及基因表达水平计算结果。
【作者单位】： 南京航空航天大学计算机科学与技术学院;
【关键词】： 基因表达 RNA-Seq 转录组表达 多源映射 非均匀性
【基金】：国家自然科学基金(61170152)资助项目 中央高校基本科研业务费专项(CXZZ11_0217)资助项目
【分类号】：Q78
【正文快照】： 引言RNA-Seq(RNA sequencing)是基于高通量测序技术对转录组进行研究的一种新方法,具有信噪比高、分辨率高和所需样本少等优势,可以用来检测和量化任何物种的转录片段[1-2],近年来在转录组研究中得到大量应用。RNA-Seq数据处理过程主要分为3个方面:(1)将读段映射到参考基因组

【参考文献】

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本文编号：518263