天优华占优良性状遗传基础的解析分蘖突变体的组学数据分析
本文选题：水稻 切入点：DNA错配修复 出处：《中国农业科学院》2017年博士后论文
【摘要】：水稻是作物基因组研究的一种模式生物。早期水稻基因组相关的研究主要致力于寻找与重要农艺性状相关的基因组中变异,克隆相关的功能基因。以高质量的参考基因组序列为基础,利用高通量测序技术的各种组学分析,为从基因型到表型之间的多个环节的研究提供了便利,如了解DNA本身的变异、DNA甲基化、组蛋白甲基化、与蛋白质互作的DNA区域、基因的表达调控等。本文对采用高通量测序技术,针对不同目的而产生的多种组学数据进行分析,从而:1)解析了天优华占的优良性状相关的遗传基础,通过亲本间SNP/InDel分析及对基因功能影响的比较分析,在华占/天丰、华占/热研和天丰/热研三个组合间分别找到了 1318、3918和3890个可以互补的候选基因,并对120个华占/热研经杂交/.自交得到的重组自交系进行重测序,构建基因分型图(bin图),对与株型、产量和抗性相关的 17 个性状的 QTL;2)通过 RNA-seq、CHIP-seq、BS-seq 和DNA重测序分析了“草稻”中与多分蘖表型(DNA错配修复系统发生突变的突变体)相关的基因的表达变化、基因组中组蛋白结合区的变化、DNA甲基化变化和DNA变异分别找到了 43、434、301和1881个与突变表型相对应的候选基因。
[Abstract]:Rice is a model organism in crop genome research. Early rice genome-related studies focused on searching for genomic variations related to important agronomic traits. Cloning of related functional genes. Based on high-quality reference genomic sequences, various genomics analyses using high-throughput sequencing techniques have facilitated the study of multiple links from genotypes to phenotypes, For example, to understand the methylation of DNA itself, histone methylation, DNA region interacting with protein, gene expression regulation and so on. Thus, the genetic basis of the relationship between the excellent traits of Tian you Hua Zhan was analyzed. Through the SNP/InDel analysis among parents and the comparative analysis of the effect on gene function, they were found in China / Tianfeng. Among the three combinations, Huazhen / Reyan and Tianfeng / Reyan, 1318N3918 and 3890 complementary candidate genes were found respectively, and 120 recombinant inbred lines were sequenced. Construction of genotyping map bin map, pairing with plant type, QTL2 (17 traits related to yield and resistance) was used to analyze the expression changes of genes related to mutants with multiple tillering phenotype and mismatch repair system by RNA-seqnCHIP-seqBS-seq and DNA resequencing. The variation of histone binding region and DNA mutation found 43434301 and 1881 candidate genes corresponding to the mutant phenotype, respectively.
【学位授予单位】：中国农业科学院
【学位级别】：博士后
【学位授予年份】：2017
【分类号】：Q943.2
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，本文编号：1659009
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