辅助因子调控的蛋白质折叠与构象分布的分子模拟研究

发布时间：2021-05-19 21:21

　　蛋白质是所有生命体内重要的组成部分,与各种形式的生命活动紧密地联系在一起,既是生命活动的主要承担者,也是生命现象的主要物质基础。因此,开展对蛋白质的研究从而更加深入地揭示生命活动的奥秘成为当今生命科学研究的前沿。由氨基酸序列信息所编码的蛋白质三维立体结构是蛋白质分子行使各种各样生物学功能的基础。因此要了解蛋白质的生物学功能,首先要对其三维立体结构信息有所了解。由于X射线衍射以及核磁共振技术的发展,人们已经积累了关于蛋白质三维结构信息的丰富知识,但是蛋白质如何由一维序列折叠到其特定的三维结构目前仍存在基础性困难。过去对蛋白质折叠的研究主要集中在一些能够自发进行折叠的单域蛋白,这些蛋白的折叠大多符合两态折叠机制,并且人们已经提出了几个能够解释实验数据的理论模型,如扩散-碰撞模型,成核-凝聚模型等。尤其是能量面理论的提出,为解释蛋白质折叠的动力学和热力学性质提供了一个统一的框架。随着实验和计算能力的发展.目前人们对蛋白质的研究已经扩展到更加复杂的体系,特别是包含辅助因子的蛋白质的折叠,这种蛋白质的折叠行为很大程度上受到辅助因子的调控,因此具有一些新的特点。但是由于实验方法分辨率的限制,目前从... 

【文章来源】：南京大学江苏省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：98 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 蛋白质
        1.1.1 氨基酸的结构特征
        1.1.2 氨基酸的分类
    1.2 蛋白质的结构
        1.2.1 一级结构
        1.2.2 二级结构
        1.2.3 结构模体
        1.2.4 三级结构
        1.2.5 四级结构
    1.3 驱动蛋白质折叠的因素
    1.4 蛋白质的折叠
        1.4.1 物理学基础
        1.4.2 蛋白质折叠的机制
    1.5 辅助因子对蛋白质的影响
        1.5.1 非共价修饰
        1.5.2 共价修饰
    1.6 模拟方法
        1.6.1 粗粒化模型
        1.6.2 AICG2+势能函数
        1.6.3 副本交换
    1.7 论文研究内容
第二章 血红素绑定对肌红蛋白折叠的影响
    2.1 引言
    2.2 材料和方法
    2.3 结果和讨论
        2.3.1 Q值随时间的波动和分布
        2.3.2 HoloMb和ApoMb的中间态
        2.3.3 基于Q_(AGH)和Q_(BCE)自由能图
        2.3.4 肌红蛋白折叠的动力学描述
        2.3.5 F螺旋对折叠机制的影响
    2.4 结论
第三章 锌离子绑定对同源蛋白质折叠机制的影响
    3.1 引言
    3.2 材料和方法
    3.3 结果和讨论
        3.3.1 Q值随时间的演化和分布
        3.3.2 折叠机制的动力学描述
    3.4 结论
第四章 磷酸化对丝氨酸和苏氨酸肽骨架构象内禀倾向性的影响
    4.1 引言
    4.2 材料和方法
    4.3 结果和讨论
        4.3.1 磷酸化对丝氨酸和苏氨酸短肽构象分布的影响
        4.3.2 磷酸化对骨架构象内禀倾向性影响的物理机制
    4.4 结论
第五章 总结与展望
参考文献
攻读博士学位期间完成的工作
致谢



本文编号：3196461