基于药物-疾病关系模型的抗癌药物重定位分析

发布时间：2021-01-04 21:57

　　药物重定位研究不仅大大减少了新药开发的周期,还降低了经济成本。近年来新药研发的经济成本逐年增高,并且失败的风险越来越大,挖掘已有药物新的适应症,将药物重新定位,能够在一定程度上有效规避研发风险、降低研发成本、加快药物上市的步伐,从而迅速满足临床用药需求,因而越来越受到医药界的重视。TCGA数据库主要收录人类各种癌症的临床数据、基因组变异和mRNA表达等数据,是癌症研究者十分重要的数据来源;Connectivity Map数据库主要是基于基因表达量的变化来研究药物、基因和疾病之间的功能联系。该数据库包含了1309种小分子药物处理,5种人类肿瘤细胞系前后的基因芯片数据;互信息是信息论里一种有用的信息度量,因为基因与基因间具有关联性,采取基于互信息算法的特征基因提取方法可以保留这种关联性。Fold Change是差异表达倍数,对于基因表达数据来说,传统的计算方法是直接通过计算其logFC值来筛选特征基因。本文针对抗癌药物重定位问题,首先将来源于TCGA数据库的前列腺癌基因表达数据和乳腺癌基因表达数据进行预处理;然后运用R软件的互信息算法和Fold Change算法分别对抗前列腺癌和抗乳腺癌药... 

【文章来源】： 郝逸凡 沈阳师范大学

【文章页数】：31 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
第一章 引言
    一、药物重定位的研究现状及意义
    二、药物重定位的研究方法
    三、本文研究内容
第二章 相关理论知识基础
    一、TCGA数据库
    二、Connectivity Map数据库
    三、互信息算法
    四、Fold Change算法
    五、本章小结
第三章 基于互信息算法的抗癌药物重定位分析
    一、基于互信息算法的抗前列腺癌药物重定位分析
    二、基于互信息算法的抗乳腺癌药物重定位分析
    三、本章小结
第四章 基于Fold Change算法的抗癌药物重定位分析
    一、基于Fold Change算法的抗前列腺癌药物重定位分析
    二、基于Fold Change算法的抗乳腺癌药物重定位分析
    三、本章小结
总结与展望
参考文献
致谢
个人简历及在学期间的研究成果和发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于TCGA数据库筛选与胃癌预后相关的差异基因[J]. 田如月,郭水龙,曹邦伟.  临床和实验医学杂志. 2020(05)
[2]基于最大互信息系数属性选择的冷轧产品机械性能预测[J]. 颜弋凡,安路达,吕志民.  中南大学学报(自然科学版). 2020(01)
[3]网络构建技术在药物重定位研究中的应用[J]. 杨光,海渤煜.  沈阳师范大学学报(自然科学版). 2019(03)
[4]基于熵和Fold Change算法的抗乳腺癌药物重定位分析[J]. 郝逸凡,杨光.  生物数学学报. 2019(02)
[5]基于互信息算法的抗前列腺癌药物重定位分析[J]. 杨光,郝逸凡.  沈阳师范大学学报(自然科学版). 2019(01)
[6]基于互信息和距离相关性算法的乳腺癌信号转导通路串扰[J]. 仲如星,孔薇.  科学技术与工程. 2017(29)
[7]基因表达标签相似性比较的抗辐射药物重定位研究[J]. 任磊,郑冰清,曲新艳,杨云,王建平,颜耀东.  临床药物治疗杂志. 2017(03)
[8]Connectivity map技术在中药研究中的应用[J]. 张晓芳,康永波,苏君鸿,孔祥阳.  浙江大学学报(农业与生命科学版). 2016(05)
[9]基于互信息的显著基因提取及转录调控网络构建[J]. 孔薇,支星,牟晓阳.  计算机应用与软件. 2016(06)
[10]药物-疾病关系预测:一种推荐系统模型[J]. 汪浩,王海平,吴信东,刘琦.  中国药理学通报. 2015(12)

博士论文
[1]基于芯片技术和CMAP数据库筛选先天性巨结肠相关基因及潜在干预分子的研究[D]. 肖尚杰.南方医科大学 2016

硕士论文
[1]基于信息测度的舆情情感态势模型研究[D]. 钱晨.南京邮电大学 2019
[2]基于改进互信息的医学图像配准方法研究[D]. 刘青芳.山西大学 2010



本文编号：2957439