癌细胞中muc16基因相关流产性转录本的检测及分析

发布时间：2022-12-18 07:22

　　流产性转录本（Abortive transcript,AT）是指在流产性起始阶段产生的一类长度在2-19nt范围内的特殊非编码RNA。流产性起始普遍发生在机体内。在转录起始阶段RNA聚合酶不能从启动子区域逃离,而是重新、反复地合成＜10nt片段大小的RNA,直到合成＞10nt的小片段RNA片段时RNA聚合酶才能发挥真正的转录作用。AT被高频率的合成和释放必然具有重要的生物学意义。但目前存在的问题在于AT片段长度集中在10nt以下难以进行定性和定量分析。为了解决这一问题,本研究利用碱基堆积杂交法技术和Toehold介导的链置换反应方法有效地实现短片段RNA的定量检测。CA125蛋白已经被确定为多种癌症的生物标志物,表达CA125蛋白的基因muc16在转录起始阶段必然会释放大量相关的AT,由此muc16基因的AT可能成为一种潜在的肿瘤标志物,可以用于宫颈癌等癌症的检测。本研究将为开发muc16相关AT提供技术支持,同时也为开发其它基因的AT成为疾病的早期诊断的新型标志物提供研究思路和技术支持。本文主要研究内容和结论如下:（1）短链RNA对碱基堆积杂交的影响研究发现,在BSH-ABC模式下M... 

【文章页数】：69 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
abstract
中英文缩略词
第一章 绪论
    1.1 非编码RNA及流产性转录本研究进展
        1.1.1 流产性转录本的发现
        1.1.2 影响流产性起始的因素
        1.1.3 流产性转录本的生物学功能
    1.2 当前短链RNA的检测技术及其局限性
    1.3 非编码RNA与肿瘤标志物
    1.4 流产性转录本在早期癌症检测中的优势
    1.5 短链核酸检测的方案
        1.5.1 碱基堆积杂交技术
        1.5.2 链置换反应技术
    1.6 研究的目的和意义
    1.7 研究方案
第二章 碱基堆积杂交检测muc16-AT条件优化
    2.1 研究思路及技术概要
    2.2 实验材料
        2.2.1 主要试剂
        2.2.2 寡核酸序列
    2.3 溶液配制
    2.4 实验方法
        2.4.1 ABC模式
        2.4.2 ABCD模式
    2.5 结果与分析
        2.5.1 不同浓度Mg~(2+)对ABC模式的影响
        2.5.2 不同浓度B对碱基堆积杂交(ABC)的影响
        2.5.3 不同浓度Mg~(2+)对ABCD模式的影响
        2.5.4 不同浓度梯度AT对 BSH(ABCD)的影响
    2.6 本章小结
第三章 Toehold介导的链置换反应检测muc16-AT条件优化
    3.1 研究思路及技术概要
    3.2 实验材料
        3.2.1 试剂与材料
        3.2.2 寡核酸序列信息
        3.2.3 溶液配制
    3.3 实验方法
        3.3.1 AT对溶解曲线的影响
        3.3.2 碱基堆积杂交对链置换反应的影响
        3.3.3 不同Na~+/Mg~(2+)浓度在AT存在下对链置换速率的影响
        3.3.4 不同长度Toehold对链置换反应速率的影响
        3.3.5 基于链置换反应建立标准曲线
    3.4 结果与分析
        3.4.1 AT对溶解曲线的影响
        3.4.2 碱基堆积杂交对链置换反应的影响
        3.4.3 不同Na~+/Mg~(2+)浓度在AT存在下对链置换反应速率的影响
        3.4.4 不同长度Toehold对链置换反应速率的影响
        3.4.5 构建不同浓度AT与链置换初始反应速率标准曲线
    3.5 本章小结
第四章 癌细胞中muc16 基因相关AT的检测及分析
    4.1 材料及仪器
        4.1.1 细胞系
        4.1.2 主要试剂
        4.1.3 实验仪器与设备
    4.2 实验方法
        4.2.1 细胞培养
        4.2.2 RNA提取
        4.2.3 碱基堆积杂交检测AT
        4.2.4 链置换反应检测AT
    4.3 结果与分析
        4.3.1 Small RNA提取
        4.3.2 碱基堆积杂交检测细胞中的AT
        4.3.3 链置换反应检测细胞中的AT
    4.4 本章小结
第五章 结论与展望
    5.1 主要结论
    5.2 展望
参考文献
致谢
作者简介


【参考文献】：
期刊论文
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博士论文
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硕士论文
[1]高性能miRNA芯片技术SHUT assay平台特异性研究[D]. 李丽诗.广西师范大学 2013



本文编号：3721622