用通用PCR和宏基因组学发现鸭和鹅的新病毒

发布时间：2018-01-05 12:22

  本文关键词：用通用PCR和宏基因组学发现鸭和鹅的新病毒　出处：《中国农业大学》2017年博士论文　论文类型：学位论文

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【摘要】：近20年来,水禽新发传染病不断出现,给我国水禽养殖业造成了巨大的经济损失,因此,开展水禽新病毒的发掘工作有利于水禽疾病的防控。本研究旨在用微RNA病毒和嵌杯病毒的通用RT-PCR以及宏基因组学技术分别检测鹅和麻鸭的样品,以期发现可能存在的水禽新病毒。2014～2015年,从某鹅场采集肠炎病例的63份样品,用微RNA病毒通用RT-PCR进行检测,17份(27.0%)样品为阳性;用嵌杯病毒通用RT-PCR进行检测,9份(14.3%)样品为阳性。用扩增产物序列进行同源性和进化分析,结果显示,所测微RNA病毒毒株分属4类,与之氨基酸序列同源性最高的病毒分别是鸭megrivirus(DMV)(90.5-99.3%)、蝙蝠微RNA病毒3(BatPV3)(66.2%)、鸭甲肝病毒(DuckhepatitisAvirus,DHAV)(53.4%)和猿 sapelovirus1(55.5%)。所测嵌杯病毒毒株分属2类,与之同源性最高的病毒分别是Nacovirus(47.6-66.7%)和札幌病毒(42.9-46.4%)。由此可见,鹅可作为多种微RNA病毒和嵌杯病毒的储存宿主。测定了 3株(HN50-k株、W18株和HN56株)鹅源微RNA病毒的基因组序列。HN50-k株基因组全长 8059 nt,其基因组结构为5'UTR-L-p1(VP0-VP3-VP1)-P2(2AH-box/NC-2B-2CHel-P3(3A-3BVPg-3CPro-3DPol)-3'UTR-Poly(A)。同源性分析显示,HN50-k 株与嵴病毒在 P1(47.86%)和 P2(42.70%)区的氨基酸序列同源性最高,与Passerivirus在P3区的同源性最高(46.83%)。进化分析结果表明,在2C和3CD进化树中,HN50-k株处于独立的进化分支;而在P1蛋白进化树上则位于嵴病毒分支。因此,将HN50-k株鉴定为微RNA病毒科嵴病毒属的一个新病毒种。42份鹅样品中,HN50-k株的阳性率为69.05%,提示鹅群感染HN50-k株的现象较为普遍。W18株和HN56株的基因组长度为9840 nt和10101 nt,其基因组结构为5'UTR-P(VP0-VP3-VP1)-P2(2A1-2A2-2A3H-box/NC-2B-2CHel)-P3(3A-3Bvpg-3CPro-3Dpol)-3'UTR-Poly(A)。在 P2 和 P3 区,W18 株和 HN56株均与DMV的氨基酸序列同源性最高(91.7%),表明W18株和HN56株属于Megrivirus属的成员;但在结构蛋白P1区,则分别与DMV和Mesivirus-1的同源性最高(68.5%和52.2%)。结合遗传演化分析结果,可将W18株、HN56株和DMV鉴定为同种病毒的3个不同基因型。在42份鹅样品中,Megrivirus的阳性率为90.5%,表明鹅群感染megrivirus的现象较为普遍。测定了 1株微RNA病毒(HN27株)基因组3'端3711 nt序列。在2C、3CD和P3区,HN27株均与DHAV的氨基酸序列同源性最高,但仅为48.3%、48.7%和43.9%,可能属于微RNA病毒科一个新病毒属的成员,暂将属名称为"Goalvirus"。从霍尔多巴吉鹅肠道样品HN50和HN27中检出5株嵌杯病毒,分属两类,分别以HN50-1株和HN27-1株为代表。测定了 HN50-1株基因组序列(8449nt)和HN27-1株基因组大部分序列(6273nt)。序列分析结果表明,HN50-1株和HN27-1株均具有嵌杯病毒的基因组结构特征。同源性分析结果表明,HN50-1 株与 Nacovirus 在 NS(35.83-37.64%)、Pro-Pol(47.39-50.46%)和VP1(30.34-32.62%)区氨基酸序列同源性最高,与诺如病毒的VP2(19.15-20.97%)蛋白同源性最高;HN27-1 株与 Nacovirus 在 Pro-Pol(45.72-47.25%)、VP1(32.29-33.64%)和 VP2(16.59-23.11%)区的氨基酸序列同源性最高。结合进化分析结果,HN50-1株和HN27-1株代表2个新病毒属,暂名为"Sanovirus"和"Hunovirus"。进一步分析表明,HN50-1株及另外2株相近病毒为同种病毒的3个基因型,而HN27-1株与另一株相近病毒为同种病毒的不同毒株。用宏基因组学技术检测了 2份麻鸭产蛋下降病例的肠道样品,获得1672条contig序列,其中255条(15.25%)匹配至小双节RNA病毒(Picobirnavirus,PBV),10条(0.60%)匹配至轮状病毒(Rotavirus,RV),2条(0.12%)匹配至微RNA病毒。从PBV序列中选全长或接近全长的基因序列进行分析,包括19株PBV的S1片段和11株PBV的S2片段。同源性分析结果显示,在衣壳蛋白区,19株PBV的氨基酸序列同源性为16.07-51.89%,与其他PBV的同源性为15.12-40.46%;在RdRp区,11株PBV的氨基酸序列同源性为47.73-70.65%。结合遗传演化分析结果,可见鸭源PBV均属基因Ⅰ群,但表现出高度变异性。测定了鸭源轮状病毒LH530株7个基因节段的部分序列。同源性分析显示,在所测基因节段,LH530株均与轮状病毒D(RVD)的氨基酸序列同源性最高,分别为 94.70-95.42%(VP1)、96.99-97.19%(VP2)、83.28-83.44%(VP3)、73.02-73.62%(VP4)、62.01-62.66%(VP7)、86.00-86.03%(NSP2)和 72.95-75.85%(NSP3)。进化分析结果表明,LH530株与鸡源RVD聚为相同的进化分支,但亦存在明显差距,属于RVD的一个新基因型。结果表明,麻鸭可感染多种RNA病毒。
[Abstract]:......
【学位授予单位】：中国农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2017
【分类号】：S852.65

【参考文献】

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本文编号：1383110