呼伦贝尔绵羊尾部脂肪组织的转录组差异表达分析

发布时间：2018-03-11 13:49

  本文选题：呼伦贝尔羊　切入点：脂肪　出处：《甘肃农业大学》2016年博士论文　论文类型：学位论文

【摘要】：呼伦贝尔羊是生长在呼伦贝尔大草原上的蒙古羊系的品种之一,由于牧草多样性丰富,环境无污染,其生产的羊肉味道鲜美,肉质细嫩。从尾型分类,呼伦贝尔羊两个类群均属于脂尾型,但是“巴尔虎”羊的尾巴显著大于短尾羊。影响尾型形成的主要原因是脂肪沉积,但是尾部脂肪沉积的机理研究尚不清楚。而对呼伦贝尔羊两个类群的区别的研究还停留在肉质对比和外形比较阶段,并没有深层次的对比其脂肪代谢的差异。为此,我们首先通过体尺数据分析删选极端个体,然后通过RNA-seq测序技术对呼伦贝尔羊的尾部脂肪组织进行测序。并将其分成三个组进行差异基因分析和通路分析。以期获得呼伦贝尔羊大小尾之间的差异,以及不同性别之间的表达差异。其具体的研究内容有:1.在呼伦贝尔草原随机选择6月龄的2000个个体,并对312只呼伦贝尔羊的体长、体高、胸围、尾宽、尾长、尾周长、尾重、胴体重进行分析发现,两个品系的体长、体高、胸围、胴体重无显著差异,尾宽、尾长、尾周长、尾重差异显著。计算尾重和胴体重的相关性发现,二者呈正相关性(P0.05)。2.通过RNA-seq技术对呼伦贝尔羊的两个品系的12只羊进行测序。并将其分为三种组合分别进行差异基因和通路分析。第一组为呼伦贝尔羊大尾和小尾组之间的比较,共获得差异基因267个,已验证与脂肪相关的基因3个。研究表明,这三个基因均存在差异表达。并对脂肪相关基因CFD、PLIN4和THY1通过荧光定量对其表达进行验证。Clue GO分析共发现6条通路,并未获得KEGG通路。将呼伦贝尔大尾羊和小尾羊差异基因通过IPA(Ingenuity Pathway Anaylsis)软件进行通路分析,其中p0.05,共获得12个脂肪相关通路。并对每个样品中各个剪接事件的数目进行统计,结果表明TSS和TTS剪切事件发生概率远高于其他事件的发生。第二组为呼伦贝尔羊公羊中的大尾和小尾之间的差异分析,共获得差异表达基因104个,通过Clue GO分析共获得13条通路,其中包括一个KEGG结果和12个GO分析结果。IPA软件进行分析,标准为p0.05,共获得45个脂肪相关通路结果。第三组为呼伦贝母羊中的大小尾之间的差异分,共获得差异表达基因2006个,通过Clue GO分析共获得52条通路,其中KEGG通路为5条。IPA软件进行分析,标准为p0.05,共获得310个脂肪相关通路结果。通过差异基因分析和通路分析,我们选择了5个脂肪相关基因IL18、HOXA10、UGCG、LPL、IRX3进行荧光定量验证,了解其在不同性别绵羊中的表达情况。研究表明,这5个基因均存在性别特异性。上述研究从转录组水平筛选出呼伦比尔羊不同尾型和性别间的差异表达基因,这些差异表达基因参与了脂肪代谢、线粒体结构和功能、能量代谢、糖类合成和分解等过程。并对不同性别绵羊的大小尾分别进行分析,获得了不同性别差异基因数目和通路差异表达的结果,并通过荧光定量验证了部分差异表达基因在不同组织中的表达情况。这些研究结果为进一步研究绵羊脂肪代谢的分子机理提供新的方向、线索和依据。
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【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：博士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S826
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本文编号：1598449