全基因组测序揭示马的进化与驯化
发布时间：2021-06-28 20:24
马是对人类历史影响最大的家畜之一。人们通过对马的驯化,大幅提高了各国和地区间经济与文化的交流,同时也对人类社会的政治与军事产生深远的影响。人类对家马的选育和培养,在产生数百家马品种的同时,也在很大程度上改变了马的遗传结构。探究马的驯化起源,对于了解人类早期畜牧业的产生与发展具有很大的帮助。本研究对全球13个品种共104个家马进行全基因组重测序和群体基因组进化分析,为揭示马的进化史和家畜起源提供了广泛的遗传基础。本研究采用Illumina Hi Seq X ten测序平台,对这104个现代家马个体进行全基因组高覆盖度重测序,对测序后的数据进行质控,获得104个现代家马的高质量基因组序列,平均测序深度为17.59x。结合前人研究中已经公布的来自14个品种的62个马属动物的数据,我们对22个品种共166个个体进行SNP检测,获得9,626,234个高质量的SNPs位点,作为后续群体结构分析的标记。本研究利用生物信息学方法和软件,对马属动物进行群体历史、群体结构和群体多态性分析。对马群体遗传结构的分析中发现东亚的群体与欧亚中部和西欧的群体有明显的区域划分。各品种马在遗传结构分析中的分布趋势与其...
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：111 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
马属动物的进化分支图
内蒙古农业大学博士学位论文 11的SNPs位点，作为后续群体结构分析的标记。并且随机筛选300个SNPs位点，应用Sanger DNA测序方法，验证SNP位点的准确性。（3）利用大量生物信息学方法和软件，对全球范围内主要类群的马进行群体结构、群体历史和群体多态性分析，重构马的进化历程，揭示马的驯化史。（4）为了研究驯化过程对马基因组产生的影响，选取了蒙古马的两个选育品种——速度较快的阿巴嘎马和速度较慢的乌审马为代表，对其基因组数据进行比较分析，寻找阿巴嘎马不同于乌审马的正向选择基因，发掘与蒙古马速度的相关的候选基因。1.3.2 技术路线
图 3 马血液 DNA 样本电泳检测结果Fig.3 Electrophoresis DNA test results of blood samples for Horses注：Marker 为 DNA Maker 3，片段从下到上分别为 200bp，500bp，800bp，1200bp，2000bp，3000bp，4500bp。其中 TB 为纯血马，AB 为阿巴嘎马，MG 为外蒙马，UJ 为乌珠穆沁马，XG 为锡尼河马，BC 为百岔马，WS 为乌审马，HQ 为河曲马，KZ 为哈萨克马，AT 为阿哈-捷金马，AR 为阿拉伯马，DB 为德保矮马，QT 为夸特马。Note：The Maker is DNA Maker 3, Strips from bottom to top are 200bp, 500bp, 800bp, 1200bp, 2000bp, 3000bp and4500b；The abbreviations in the figure mean: Thoroughbred Horse (TB), Abag Horse (AB), Mongolian horse (MG),Ujimqin Banner Horse (UJ), Xinihe Horse (XG), Baicha Horse (BC), Wushen Horse (WS), Hequ Horse (HQ), KazakhHorse (KZ), Akhal-Teke Horse (AT), Arabian Horse (AR), Debao Pony (DB) and Quarter Horse (QT).2.2.2 测序数据产出及质控结果分别 105 个现代家马 DNA 文库进行测序获得其原始测序数据共 5T。经过数据质控，去掉低质量 Reads 后，得到 4.88 T Clean Data，数据有效率为 97.3%，平均每个样本产出 46.9 G Clean Data（图 4）。数据错误率为 0.04%，平均 Q20 为 94.32%，平均 Q30 为 88.64%，测序质量较好。每个样本的测序信息见附表 2。
【参考文献】：
期刊论文
[1]哈萨克马资源简要介绍[J]. 托合塔森·皮达巴依,阿尼帕·库尔曼. 中国畜禽种业. 2016(04)
[2]有氧耐力训练对大鼠骨骼肌线粒体功能及PI3K-Akt蛋白的表达影响[J]. 刘绍东,张彦秋,曹江. 中国应用生理学杂志. 2016(01)
[3]甘肃主要马群体遗传多样性及系统发育研究[J]. 潘建飞,史兆国,成述儒,王川,赵生国. 农业生物技术学报. 2014(02)
[4]马——人类忠实的朋友[J]. 崔显义. 集邮博览. 2014(01)
[5]全球气候变化大趋势与次级波动[J]. 靳建辉,刘秀铭,赵国永,祝淑雅,陈斐然,叶桂萍. 亚热带资源与环境学报. 2012(01)
[6]内蒙古马产业发展现状及其现代化进程的研究[J]. 丛密林,王伟平. 体育科技文献通报. 2011(09)
[7]地球气候对哺乳动物更替及人类进化影响[J]. 刘小明. 生物学通报. 2010(07)
[8]世界赛马产业的发展对中国赛马业影响的探析[J]. 丁鹏. 武汉商业服务学院学报. 2010(02)
[9]历史气候冷暖周期性变化与现代气候变暖——针对全球气候变暖观点的质疑[J]. 赵锐. 管子学刊. 2010(01)
[10]内蒙古河套盆地晚更新世晚期化石动物群[J]. 聂宗笙,李虹,马保起. 第四纪研究. 2008(01)
博士论文
[1]中国蒙古马遗传多样性和分子系统进化研究[D]. 李金莲.内蒙古农业大学 2006
本文编号：3254993
【文章来源】：内蒙古农业大学内蒙古自治区
【文章页数】：111 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
马属动物的进化分支图
内蒙古农业大学博士学位论文 11的SNPs位点，作为后续群体结构分析的标记。并且随机筛选300个SNPs位点，应用Sanger DNA测序方法，验证SNP位点的准确性。（3）利用大量生物信息学方法和软件，对全球范围内主要类群的马进行群体结构、群体历史和群体多态性分析，重构马的进化历程，揭示马的驯化史。（4）为了研究驯化过程对马基因组产生的影响，选取了蒙古马的两个选育品种——速度较快的阿巴嘎马和速度较慢的乌审马为代表，对其基因组数据进行比较分析，寻找阿巴嘎马不同于乌审马的正向选择基因，发掘与蒙古马速度的相关的候选基因。1.3.2 技术路线
图 3 马血液 DNA 样本电泳检测结果Fig.3 Electrophoresis DNA test results of blood samples for Horses注：Marker 为 DNA Maker 3，片段从下到上分别为 200bp，500bp，800bp，1200bp，2000bp，3000bp，4500bp。其中 TB 为纯血马，AB 为阿巴嘎马，MG 为外蒙马，UJ 为乌珠穆沁马，XG 为锡尼河马，BC 为百岔马，WS 为乌审马，HQ 为河曲马，KZ 为哈萨克马，AT 为阿哈-捷金马，AR 为阿拉伯马，DB 为德保矮马，QT 为夸特马。Note：The Maker is DNA Maker 3, Strips from bottom to top are 200bp, 500bp, 800bp, 1200bp, 2000bp, 3000bp and4500b；The abbreviations in the figure mean: Thoroughbred Horse (TB), Abag Horse (AB), Mongolian horse (MG),Ujimqin Banner Horse (UJ), Xinihe Horse (XG), Baicha Horse (BC), Wushen Horse (WS), Hequ Horse (HQ), KazakhHorse (KZ), Akhal-Teke Horse (AT), Arabian Horse (AR), Debao Pony (DB) and Quarter Horse (QT).2.2.2 测序数据产出及质控结果分别 105 个现代家马 DNA 文库进行测序获得其原始测序数据共 5T。经过数据质控，去掉低质量 Reads 后，得到 4.88 T Clean Data，数据有效率为 97.3%，平均每个样本产出 46.9 G Clean Data（图 4）。数据错误率为 0.04%，平均 Q20 为 94.32%，平均 Q30 为 88.64%，测序质量较好。每个样本的测序信息见附表 2。
【参考文献】：
期刊论文
[1]哈萨克马资源简要介绍[J]. 托合塔森·皮达巴依,阿尼帕·库尔曼. 中国畜禽种业. 2016(04)
[2]有氧耐力训练对大鼠骨骼肌线粒体功能及PI3K-Akt蛋白的表达影响[J]. 刘绍东,张彦秋,曹江. 中国应用生理学杂志. 2016(01)
[3]甘肃主要马群体遗传多样性及系统发育研究[J]. 潘建飞,史兆国,成述儒,王川,赵生国. 农业生物技术学报. 2014(02)
[4]马——人类忠实的朋友[J]. 崔显义. 集邮博览. 2014(01)
[5]全球气候变化大趋势与次级波动[J]. 靳建辉,刘秀铭,赵国永,祝淑雅,陈斐然,叶桂萍. 亚热带资源与环境学报. 2012(01)
[6]内蒙古马产业发展现状及其现代化进程的研究[J]. 丛密林,王伟平. 体育科技文献通报. 2011(09)
[7]地球气候对哺乳动物更替及人类进化影响[J]. 刘小明. 生物学通报. 2010(07)
[8]世界赛马产业的发展对中国赛马业影响的探析[J]. 丁鹏. 武汉商业服务学院学报. 2010(02)
[9]历史气候冷暖周期性变化与现代气候变暖——针对全球气候变暖观点的质疑[J]. 赵锐. 管子学刊. 2010(01)
[10]内蒙古河套盆地晚更新世晚期化石动物群[J]. 聂宗笙,李虹,马保起. 第四纪研究. 2008(01)
博士论文
[1]中国蒙古马遗传多样性和分子系统进化研究[D]. 李金莲.内蒙古农业大学 2006
本文编号：3254993
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